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名偵探柯南：絕海的偵探，新蘭同心找間諜，網友：有意思
在煙霧朦朧的京都，一起有關國家大事的國家安全的大事即將發生，一艘疑似裝載爆炸物的，可疑船隻靠近港灣，通過對船上相關數據和零件考察，科學家們判斷船很有可能來自於海外。消息一出立刻引起日本上下全部人都恐慌。名偵探柯南：絕海的偵探，新蘭同心找間諜，網友：有意思
在同一天，毛利小五郎以及少年偵探團等人一同觀摩海上自衛隊組織對空作戰演習，他們史無前例地登上了宙斯盾艦與全國各地相聚而來一起的孩子們，被裝備了電子武裝的高科技宙斯盾艦，帶來的巨大魄力所震撼，誰知道演習途中突然發生意外，艦艇檢測到未知型號，未知國籍的不明目標，讓原本平靜的操作室立刻緊張起來。
無論信號如何識別，都得不到對方艦船的回應，且還急速接近柯南他們這艘艦船，為了看清對方艦船，發射了反潛閃光魚雷。原來只是虛驚一場，並不是什麼潛水艇，只是某個遇難的漁船而已，這也太不靠譜了吧，之後自衛隊隊員，發現了一個不知道是誰的左臂，但是從衣著來判斷是自衛隊隊員的手臂，而根據手錶和袖章推測出這隻手臂是一位組長的，手錶停在了凌晨5點半，而另一邊在附近的造船廠發現了失去了左臂的死者，不用問，肯定就是他了。接二連三的異常事件，迫使大阪府警察乘坐直升機趕來，與京都當地的警察協同展開調查。
手機上提示的通話記錄也是5點半左右，並且警方對屍體調查的死亡時間也在4點到6點，那麼在死者死的時候還在這艘船上，這是柯南看到可疑的女性自衛隊員齊海，他趁著眾人調查的期間流進哪間找是找著一些資料，等他走了以後，柯南也在電腦上拷貝了一份他要的資料，隨後這位可疑的女隊員被抓住了，他也承認他的他是搜查代號為x的間諜。
而另一邊柯南將之前獲取的資料傳給了阿笠博士，發現這份資料是宙斯盾的數據資料，而柯南推斷之前演習突然出現的遇難船，可能就是間諜故意設置的一次調虎離山，引開艦長再去偷取情報，而這個人極有可能就是當時不在現場的那個人，於是她找到那個號稱是勇氣的父親的那個人，指出他的破綻，說他就是那個間諜x但是一旁的勇氣卻阻止了河南原來x威脅勇氣，如果不乖乖聽話就要殺掉他的父親，很快勇氣這個小孩子又被奪走了，小蘭正好目擊了勇氣被奪走的場景，跑去攔截和x扭打在一起，卻不小心被繩子絆倒。
柯南將所有線索連在一起，其實x並不是殺掉死者的兇手，他們發現手機其實是個偽證，只是被人放在船上，故意造成他在船上的假象，真正的兇手其實是自衛隊的滄田，證據就是在洩露給間諜聲音是有金屬的聲音，那其實是警棍和手銬相互碰撞的時候，原來他不是有意殺害死者的，他在巡邏的時候發現了，發現了正在出出賣的死者，最後滄田認罪了。
可是園子和小孩們卻跑來說小蘭不見了，另一邊x也說出了他將小蘭扔進海裡的事實，這時柯南他們緊急調頭試圖去營救小蘭，如此大的大海怎麼去尋找自衛隊，調來一架飛機搜尋，隨著時間的流逝，時間越久小蘭生還性就越低，柯南想到了小蘭帶的是電波表，可以從艦艇發射出來的電波定位到小蘭，檢測到了小蘭的位置，並且用直升機將他救了上來，事情也就結束了。