柴犬的被毛為雙層，外層被毛直而僵硬，內層底毛柔軟而厚實。臉部、耳朵和腿部的毛髮短而平。身軀上的防護性被毛直立著，馬肩隆的毛髮長度約l．5—2英寸。尾巴上的毛髮略長，且直立，像刷子形。柴犬以自然姿態出現，修剪被毛是不允許的。
柴犬的代表色有三種：赤色、黑色和胡麻色，少數為白色和虎色，其中最為大家所熟悉的赤色柴犬佔全體總數的百分之八十。
赤色柴犬
赤色在柴犬中最為標準及常見。人們往往會認為赤柴的毛色是單一的，但其實仔細觀察的話，會察覺到由淺至濃的變化，一般不會全身都是一種顏色，在陽光下被毛金光閃閃。
黑色柴犬
亞光的鐵鏽色是最理想的顏色。且眼睛周圍、鼻子兩側、耳朵內側等處還混有淡褐色毛。黑柴的特徵是眼睛上方有白色或淡褐色的斑點，猶如「四隻眼」。
胡麻色柴犬
赤、黑、白三色攙雜而成的胡麻色，一般只生長在身體的部分位置。渾身均為胡麻色的柴犬極其罕見。也有幼犬時期為亮麗的赤色，長大後漸漸呈現出胡麻色；或反過來幼犬時期為胡麻色，長大後卻成為赤色的例子。
不管是赤色、黑色、胡麻色還是其它顏色，柴犬某些身體部位總會長出白毛。一般分布在兩頰至下顎部分、脖子周圍、前胸、腹部、四肢內側、尾巴裡側等部位，通常呈白色或淺色，這種長有白毛的部位被稱為「裏白」。