《猿人爭霸戰：猩兇崛起》其實是2011年的《猿人爭霸戰：猩兇革命》的續集，今集的故事背景是發生於上集的十年之後，上集的結尾埋下了伏線，「猿流感」致命病毒令地球上的人類所剩無幾，而在這十年期間，智力與人類相近的猿人首領Caesar，從舊金山市逃到對岸的森林山頭之後，慢慢築起了部落，建立猿人文明。而在頹敗的舊金山市中，有一群對猿流感有抗體的人類生還者聚居，努力尋找世界各地其他僅存的人類。
在山頭的猿群，與舊金山市的人類，本來是河水不犯井水，相安無事，但舊金山市的電力即將耗盡，人類需要尋找新的能源以維持城市的生活。因此，一隊人類探險隊，打算修復一座位於附近的水力發電站，誰不知那裡原來是猿群地盤的範圍，埋下了今集的導火線。
在第一次探索的時候，探險隊其中一位成員用槍擊傷了一隻猿猴，導致已經十年沒有與人類接觸的Caesar，率領猿群到舊金山市中示威，要求人類不要再到猿群山頭，否則就會全面與人類開戰。猿群領袖Caesar當時不打算向人類報仇，可能是因為它從小便由人類長期良好地照顧，對人類有一定的感情，認為猿人與人類開戰只會兩敗俱傷，甚至對猿群不利，所以選擇了「人不犯我，我不犯人」的外交手段。
可是，舊金山的人類群已經無法放棄城市生活，的確需要新能源的補給，否則人類群可能會滅亡，而水力發電站是唯一的選擇，所以人類群的其中一位領袖Malcolm決定再次率領探險隊，冒險前往猿人部落進行談判，希望Caesar讓他們維修水力發電站。
由於觀眾早已知道人類群與猿人群最終會互相仇殺，所以在觀看這齣電影的時候，難免會感到十分痛苦，不忍心「迎接」殘忍的畫面。善良的Caesar決定讓人類維修水力發電站，條件是要探險隊交出所有武器，而探險隊也接受了這個條件，在維修發電站的時候，更出現猿人拯救人類的感人場面。當大家以為人類與猿人可以和平相處之際，猿人發現其中一名探險隊成員沒有遵守約定，偷偷地帶武器進入猿人部落，導致維修計劃差點告吹。
正所謂「一山不能藏二虎」，同一個地球上不能同時存在兩種高智慧生物，人類一直能夠稱霸地球，全靠高智慧，以及高智慧所帶來的武力。在電影中，雖然猿人智慧不及人類，但它們的體能極佳，令人類群與猿人群的整體實力相約。不信任所帶來的威力實在不容忽視，人類對猿人的不信任，再加上猿人對人類的不信任，一點一滴漸漸促成了人類與猿人之間的大戰。為什麼會出現那種「不信任」呢？主要原因是人類一直將猿猴當成實驗品，又曾虐殺猿猴，讓猿群心底裡想向人類報仇。而一直抑壓著猿群怒火的，正是Caesar。
電影其中一個好看的地方是角色很立體和多元化，當猿猴「進化」獲得了智慧和人性之後，有些好像Caesar一樣善良，比人類更有「人性」。但人性也有醜惡的一面，有些猿人則學習了人類的缺點，變得邪惡。人類群與猿人群各自也有善良和邪惡的代表，Caesar與Malcolm是和平主義者，心地善良，假若所有猿人和人類都與他們類近的話，就一定會世界和平，而猿人Koba與人類領袖Dreyfus則是相反的例子。
電影告訴我們，世界和平似乎只是一個夢，因為人性是有缺憾的，有善則有惡。醜惡奸詐的猿人Koba是電影最重要的歹角，曾被人類傷害的它極不信任人類，經常反對Caesar的和平路線，更一直想從Caesar手中奪權，反映出它有強烈的權力欲。它潛入人類城市搶走機關槍之後，插贓嫁禍人類槍擊Caesar，藉此煽動猿群向人類展開戰爭，代表著人性中邪惡的一面壓倒善良的一面。
電影中段開始描寫人類與猿群之間的戰爭，十分緊湊，沒有悶場。猿人軍騎著馬，拿著機關槍，甚至駕駛裝甲車向人類開火，特技場面壯觀，但觀眾未必會因而產生興奮，因為場面實在令人痛心。猿人軍很快便攻陷了人類的城市，Koba更成為了典型的獨裁者，打壓異見猿人，甚至殺死同類，違反了「Ape shall not kill ape」 的原則，其醜惡程度與它所憎恨的人類一樣，實在諷刺。
電影的結局令人感到悲觀，或許這正是導演想向觀眾傳送的訊息。Caesar與Koba決鬥，Caesar稱Koba已不是猿人，放開手讓Koba從高處墜下，變相殺死了Koba。連最善良的Caesar也違反了「Ape shall not kill ape」 的原則，代表著Caesar心態上的轉變，認為在必要的時候可以除去某些同類，放棄了絕對的善。最終，Caesar重奪猿群的領導權，但它並沒有打算結束與人類之間的戰爭，或許它也知道自己已沒有能力阻止這場戰爭，與Malcolm道別後離去。
物質決定意識，在相同物種的族群裡面也會出現互相殘殺，更何況是不同物種呢？河水不犯井水、相安無事的日子或許只是夢想，就算沒有Koba這類奸詐的猿人，但猿人與人類之間的利益發生衝突，也是遲早出現的事情，因為人類的生活模式是建基於，人類是地球「大佬」的事實，戲中的高智慧猿人終有一天會威脅到人類的利益，兩者互惠互利的難度相當高，因為人性中帶有劣根性。
電影借人類與猿人的戰爭，來比喻現實中人類與人類之間的衝突和戰爭。雖然故事結尾告訴觀眾，世界和平似乎是一個不太可能達到的理想，但觀眾也能感受到戰爭的可怕，和平並非必然，希望我們能珍惜眼前短暫的和平，並努力嘗試尋找一條會帶來和平的道路，追求這個理想。