概況
數碼寶貝系列連載了20多年，人氣度最高的自然是以初代和二代為主的DA體系，DA世界觀好看嗎？好看！但是坑也不少，我們知道的初代八人組並不是真正意義上的初代，在他們之前還有一個五人組，數碼寶貝tri倒是把這個坑給填了，但也只填了一半，另外三個人是誰？是死是活？不知道。
初代的坑並不算多，二代的坑是又多又深，達高獸是怎麼回事？黑暗之海是怎麼回事？秋山遼和千年獸詳細的經過是什麼樣的？無可奈何的坑讓官方一次又一次的出劇場版來填，結果劇場版又出新坑，坑坑相填何時了？
未解之謎不光只有這些，官方設定就讓部分數碼寶貝很迷，這些迷坑了20年，我們期待tri填，失望了，我們期待數碼寶貝大冒險LAST EVOLUTION ·絆來填，根據小道消息來看估計也無望，唯一能寄希望的還剩數碼寶貝大冒險的重製版，多的不說了，我們來看看還有哪些未解之謎。
最終千年獸的封印是誰下的？
千年獸在動漫中還有一閃而過的鏡頭，最終千年獸在動漫中都未曾提及，如果把最終千年獸算在DA體系之下的話，那麼它作為新作的最終BOSS倒是很合適，但結果並不是。
最終千年獸的身上有一串綠色的咒語，這串咒語是用來封印它的，據說該封印解開之日，就是數碼寶貝世界滅亡之時，是誰下的封印？不知道，但顯然是要比最終千年獸更強的角色才能做到。
防火牆的另一邊是誰？
這個坑來自初代，防火牆另一邊一部分的黑暗力量形成了啟示錄獸，啟示錄獸將一部分力量分給了黑暗四天王，小丑皇組建了噩夢軍團，惡魔獸又是噩夢軍團的一員。
主角團一開始就在和防火牆另一邊有關係的數碼寶貝在戰鬥，其中至少三次是靠主角光環才挺過來的，一部分黑暗力量所產生的連鎖就讓主角團三番兩次開掛，那防火牆另一邊的全部力量該有多強大？
有網友就猜測防火牆的另一邊有可能就是最終千年獸，這個猜測有幾分道理，但是也有悖論，因為機械邪龍獸和最終千年獸不可能同時存在，不過最終千年獸擁有穿越時空的能力，如此一來這不可能的事情也有幾分可能。
魔神獸的目的？
魔神獸也就是究極魔獸，它在02中出場了3集就殺青了，直到現在還在黑暗之海呆著，它看起來是被打進黑暗之海的，但實際上好像是自願進入。
究極魔獸在進入黑暗之海之前曾說道蠢貨們啊，總有一天你們會後悔的，這是指的什麼？是指眼前的及川悠紀夫？還是指它日後從黑暗之海回來後的報復？
究極魔獸搶黑暗種子應該是要復活某個超究極體，我們根據《數碼獸大冒險V馴獸師01》以及究極魔獸的設定來看，這個要復活的對象應該是阿卡迪獸，但這只是猜測，事實真相如何我們只能靜候佳音。