其實，瑪雅人並沒有消失，現在還存在於世界上，人類學家研究後發現，瑪雅人的血統還存在，瑪雅人的後裔繼承了他們的體貌特徵，比如說嘴唇豐滿，鼻梁挺直，額頭較寬，這和瑪雅人遺留下來的雕像的體貌特徵很吻合。
而消失的只是瑪雅文明，瑪雅文明也不是在一夜之間消失的，是西方殖民主義者的入侵，加上他們自身的一些原因而消失的，其實是中斷了。
瑪雅人是指印第安人的一族，生活在墨西哥南部和中美洲北部，這樣一群與世隔絕的人類，卻具有著高度的文明。他們精通數學和天文，通過觀察掌握了太陽、月亮、金星的運行周期，制定了曆法。
瑪雅人種植的農作物主要是玉米，他們非常熱衷於宗教，建有高大祭祀場所，崇拜太陽神，還有祖先崇拜，認為靈魂不滅。他們建有各種建築，設計精巧，規模宏大，經過考古專家和建築專家，用計算機對瑪雅人的建築遺蹟進行復原，復原圖令很多建築師都自嘆不如。
可見那個時代的瑪雅人創造的文明成果是很燦爛的，他們創造出燦爛文明，古代的時代相當於中國的春秋時期。經過考古研究發現，瑪雅人建成了大批的城市，這些城市可容納幾千至幾萬名瑪雅人生活。而城市裡有比較完善的市政設施，還有祭祀場所和運動場——可以打球。
在一個相對封閉的環境中創造如此輝煌的文明是很不容易的，為了解開瑪雅文明之謎，很多人都進行了研究並提出了各自的觀點。
有人認為，瑪雅文明是外星文明，只有外星人在那個時代可以創造出如此輝煌的文明成果。其實瑪雅人也有一個類似的傳說，傳說神靈們乘坐飛船到達了瑪雅人生活的地區，向他們傳授了先進的科學技術，然後乘坐飛船飛向宇宙深處。這個傳說很浪漫，但是也是難以考證的。
近年來，考古發現將人們的視線引向了另一個偉大國度，那就是中國。在考古過程中，專家發現了一些在美洲地區不可能出現的文物，因為這些文物屬於中國，屬於古老的商朝。
傳說商朝在武王伐紂的時代（在今天的山東地區）還有二十五萬大軍，這支軍隊既沒有回援朝歌，也沒有被消滅，更沒有就地建立政權，而是分作五支艦隊東渡大海去了美洲，這些人就在當地紮根生活，發展成了殷福族，即印第安Infubu人。
很可能他們帶去了先進的中華文明在美洲落地生根發芽開花，最後結出了瑪雅文明的碩果，殷商移民不忘故國殷地安陽，大家相約見面時相互問候「殷地安」，於是就有了「印第安人」（Indian）一名的由來。
除了理論上的分析，考古上也有了一些證據。1977年，兩隻圓柱形、一隻三角形的石制船錨在美國的加利福尼亞州近海海底被打撈出水，經過中美兩國研究機構的鑑定，制錨的石灰巖與中國南海和臺灣東部海岸的石灰巖一致，但是這種巖石並不存在於北美洲的太平洋海岸。1996年，北京一位商代史專家陳漢平將1955年出土於墨西哥拉文塔的玉圭上刻寫的四個甲骨文認讀了出來。
另外，早在清朝末年，由於墨西哥革命很多清朝人士被殺，清政府派使者歐陽庚前往墨西哥索賠，就有當地的殷福人向歐陽庚說明自己是中華殷人後代，要求清政府保護，歐陽庚回國後還向攝政王載灃報告過，不過最後不了了之。
所以，瑪雅人很有可能是到達美洲的商族人的後裔，繼承了華夏文明並創造了燦爛的文明成果。1519年西班牙殖民軍徵服了尤卡坦和瓜地馬拉，地處偏遠的伊察人反抗西班牙殖民者，直至1627年整個瑪雅地區始被徵服。到此時，這個在美洲開花結果的中華文明的分支的發展進程徹底被打斷，於是瑪雅文明消失，其起源也就成了千古之謎。