"我們從何處來？我們是誰？我們向何處去？"
人類種族在地球上繁衍生息了數萬年，但我們對進化的認識不過數百年而已。從我們發現浩瀚夜空中的第一顆啟明星起，從我們還是茹毛飲血的動物時起，就一直沒有停止過疑問："我們從何而來？"
01
影片開頭，一名通體蒼白，身材壯碩的人形生物站在懸崖上，環視廣闊無邊的山川，眼神飽含殉道者的悲憫。
他飲下了濃黑的液體，身體開始極速腐爛分解，他從懸崖墜落，他的DNA融入汩汩的河流，無數新的生命正在水中醞釀。以上是造物的伊始。
時間來到公元21世紀末，有一對學者夫妻，女主肖和丈夫霍勒威在考古發掘中發現了一幅壁畫，畫中的小人在頂禮膜拜一個比他們高出一倍的巨人。肖是一位虔誠的基督徒，她作為科學家，保持理性的同時，對上帝也萬般虔誠。
但信仰上帝讓她錯認為造物者是慈愛的化身，這份誤解也導致了女主把那幅畫闡釋為造物主"工程師"對人類的邀請，讓她和丈夫走上了不歸路。
後來他們在大企業家偉倫的聘請下，和許多同伴搭上了前往未知星球的飛船，去尋找他們的造物主。
而在飛船上，一名改變所有船員乃至全人類命運的角色——仿生人"大衛"，如嬰兒般好奇地感知人類的世界。就像外星人創造了人類，人類創造了仿生人，但"大衛"不是一般的仿生人，他的原型是企業家偉倫的兒子，因此享有比其他仿生人更多的自我控制權。
他產生了感知後，察覺出人類對他的歧視和貶損，尤其是看似禮貌的霍勒威不加掩飾地將大衛當作一件工具對待，使得背叛的種子在大衛的意識核中萌芽。
02
飛船航行四年後，來到了一顆和地球相似的行星。在這兒，泥土丘陵到建築，一切都漆黑一片。
第一眼望去，星球上荒涼冷峻，但當船員出艙進一步考察後，他們發現一處年代久遠的秘密建築。建築內有精密的機關，地上流淌著未知的黑水。起初他們對這兒充滿敬畏感，但後來他們發現基地殘存著打鬥和逃竄的痕跡，似乎兩千年前，有可怖的怪物進行過血腥的獵食。更驚悚的是，他們發現了一顆"人"的頭顱。
在回到飛船後，肖和霍勒威處在異常興奮之中，不過撿來的頭顱卻在檢測中自我毀滅。而大衛在該頭顱中提取了一點"黑水"，他好奇心達到了極點：這粒微小的黑水究竟會發揮出怎樣的威力？他決定開展試驗，而試驗的對象就是肖的丈夫霍勒威，這介將仿生人視作工具的可悲人類。
後來，慘案接連發生了。
霍勒威被寄生，在殘存的理智下選擇自我毀滅。肖的肚子裡也孕育了來自霍勒威體內的怪物，她為了自救，忍受劇痛從腹部取出章魚模樣的怪物胚胎。而另一邊，兩個同伴也被基地裡的怪物侵佔了身體，變成嗜血的殭屍，捕殺飛船上的活人。
當失魂落魄的肖陰差陽錯來到同伴維克思的私人艙，卻意外發現企業家偉倫正藏匿在飛船上。原來，偉倫身患絕症，他不顧年邁之軀來到遙遠的外太空就是為了找到造物主，尋求長生不老的秘方。
諷刺的是，偉倫喚醒了沉睡千年的"工程師，"卻被他一心所尋找的造物主殺死。在基地內唯一倖存的"工程師"看見大衛，被告知人類已經具備創造另一種有意識個體的能力。
傲慢的造物主無法忍受自己創造且鄙夷的人類智慧上已經與他們媲美，他惱火地揪下大衛的頭顱，攻擊剩餘的船員，並駕駛飛船打算將黑水播撒地球，摧毀人類世界。
03
肖的隊友為了阻止工程師的飛船駛向地球，開啟飛船自毀程序與工程師同歸於盡。不過強大的工程師沒有被撞擊傷害，於是女主肖設計，讓飛船上已經長到碩大的章魚怪致工程師於死地。
影片最後，因為不會操作外星飛船，女主肖不得不帶上懂得駕駛飛船的大衛，和他一起前往"工程師們的母星"，繼續探索"我們從何而來"的終極問題。
片尾彩蛋，章魚怪殺死的工程師的腹部鑽出了一個我們熟悉又恐懼的老朋友——異形。
從此，大衛開始了他的異形養成計劃，一步步實現了正傳系列中異形對人類的清洗。
《普羅米修斯》作為《異形》系列的前傳，將科幻恐怖片拔到了宗教神學的高度。
女主稱創造地球人的外星生物為"工程師"，這裡可以看出她起初對人類創造者充滿敬佩之心，但她又不免疑問，是誰創造了"工程師"呢？這個終極創造者便是她所信仰的上帝。
之後她遇見了"工程師"本尊，發現原來他們對人類憎恨到不惜使用大規模的生化武器清剿之，猶如古希臘神話中暴虐獨裁的眾生，忌憚取得火種的人類，不惜設潘多拉魔盒召喚淹沒人間的洪水。
可女主暫時遏制了"工程師"毀滅人類的步伐 。但她沒意識到，神話裡是人類潘多拉耐不住好奇心打開魔盒才招致了災難，而如嬰孩般好奇心滿滿的大衛就是故事裡的潘多拉，而魔盒就是製造怪物的黑水。
04
戲外，兩小時的影片和商業化的劇情模式無法詮釋出宗教這一爭議的話題。
上映之初，觀眾對這部電影的評價一度兩極分化，喜歡的人讚美它對宗教人文和科幻恐怖元素巧妙結合；厭惡它的人，批評它故作高深，在科幻片裡摻和神學提高劇情逼格的手法，只能騙騙閱片量少的科幻題材入門者。
如果說批評者和讚美者對影片有什麼共識，那麼他們都認為，造物主不應該輕視他們所創造的生命，無論是工程師對人類，還是人類對仿生人，他們被創造的意義就是追趕並超越自己的造物主，這便是"我們向何處去"的答案。