哈哈，這個問題有意思了，火影中如果綱手留住自來也火影的故事會不會改寫？個人認為這種情況下自來也和鳴人的後續情況變化就比較多了，下面具體說明一下。
情況一：既然自來也沒有去雨忍村的話鳴人學習仙人模式的進度也不會那麼快，因此佩恩襲擊木葉村的時候最後鳴人可能會完全暴走九尾化。
如果從火影忍者原有的劇情發展來看，佩恩去木葉村完全是去為主角成長送經驗值得。雖然佩恩表面上殺傷了大量木葉村的有生力量，自來也也死在佩恩手上。但是由於鳴人有嘴遁一通洗腦以後佩恩居然犧牲了自己利用輪迴天生復活了被其殺死的木葉村忍者，因此實際上這個階段木葉村的損失大部分是物質上的東西。
原有的劇情走向是這樣的：自來也跟綱手告別前往雨忍村刺探佩恩的能力情報→與佩恩遭遇雙方激戰→自來也初步了解佩恩的能力特點→被佩恩弄死，有關情報傳回木葉村→木葉村開始研究佩恩的能力特點→鳴人加快修行速度去妙木山研究仙人模式→鳴人回木葉村對抗佩恩→佩恩被感化木葉村解除危機。
所以如果自來也不去雨忍村刺探情報的話，與佩恩的對決就會轉移到木葉村內，這個階段鳴人也有可能留在木葉村。因此佩恩為了抓九尾肯定一開始就是下死手了，所以自來也即使有其他同伴的支持，想要幹掉六道佩恩並不現實。
綱手需要治療其他在襲擊過程中受傷的忍者，因此對於自來也的幫助並不會太多，這個階段木葉村的高端戰鬥力就只有卡卡西，自來也和鳴人了，而且由於是在木葉村作戰自來也有可能放不開，這樣一來面對佩恩的特殊技能自來也同樣束手無策。
比如地爆天星這種封印忍者能力的技能，當初在曉組織老巢佩恩沒有用全力，現在在木葉村就沒有那麼多顧忌了。因此自來也作為木葉村為數不多能夠和佩恩硬碰硬的忍者死亡的概率依舊非常高。
即使自來也不去雨忍村，佩恩為了收集尾獸還是要到木葉村找鳴人，因此二人的對決依舊不可能避免，最後自來也依舊會輸在佩恩手裡，自來也可沒有鳴人的主角光環加持，嘴遁效果也沒有漩渦鳴人那麼好。
情況二：劇情和原著有所改變，得益於鳴人的嘴遁自來也有可能撿回一條命，而佩恩依舊是過來送經驗的。
火影忍者的整體風格還是屬於常規範疇的勵志型熱血動漫，因此從劇情發展角度來看反派角色是佔不到整體優勢的，而正篇角色也不可能輸得一塌糊塗，總會有辦法的逆襲的。因此如果自來也沒有去雨忍村，最後有可能撿回一條命來。關鍵在於鳴人的特殊能力和長門的性格特點方面，一方面鳴人擁有嘴遁，火影中最強的洗腦技能，只要鳴人一開口基本上就確定主角贏了。
因此即使在佩恩入侵木葉村的初始階段因為不清楚佩恩的能力特點讓木葉村戰鬥力損失慘重，最後依靠鳴人的嘴遁也可以讓佩恩發動輪迴天生。所以對於木葉村的忍者來說，只要保證鳴人或者就行了，其他主要角色死了沒事。
卡卡西和自來也有可能為了掩護鳴人而犧牲，這個階段的鳴人不啟動九尾模式的話依靠掌握不完整的仙人模式是打不了佩恩六道的，只能夠依靠仙人模式的感知能力儘快尋找佩恩的本體位置，只要找到了佩恩的本體後面的劇情基本上就和以前的沒多少差別了。
無非就是前面加一點打鬥的橋段：自來也和卡卡西對抗佩恩→被佩恩弄死→鳴人發飆和佩恩硬碰硬發現也打不過→趕緊使用仙人模式的感知能力找到佩恩的本體→佩恩被洗腦使用輪迴天生復活自來也和卡卡西。
長門其實內心並沒有太多的權力欲望，他努力提升自己的實力是希望能夠保護對於自己最重要的人。因此佩恩在某些方面並不能說是一個傳統意義上的反派角色，他的人生道路是被宇智波斑強行安排的，利用輪迴眼的特殊能力能夠讓宇智波斑最後復活，所以長門的本性並不是那種十惡不赦的角色，這樣一來才能夠被漩渦鳴人順利洗腦。
情況三：自來也和鳴人對來抓九尾的佩恩動之以情曉之以理讓佩恩取消計劃，皆大歡喜。
佩恩和小南之所以走向黑化的過程與其小時候的各種經歷有關係，加上宇智波斑的暗中操作讓二人對於火影忍者世界的原有格局失望了。因此迫切希望建立所謂的新世界，但是實際上二人只不過是被宇智波利用的工具而已。
所以如果有人能夠把二人對於未來預期的困惑說清楚佩恩（長門）是有可能放下以前的執念的。畢竟體驗痛苦的話鳴人一路走來的經歷並不比佩恩少，這樣一來在佩恩入侵木葉村的初始階段讓自來也發現佩恩的特點以後和鳴人配合開始進行洗腦的過程，由於有自來也的加入搭配鳴人和卡卡西還是勉強能夠和佩恩僵持一下的。
最後的結果有可能就是佩恩被鳴人感化，開始反對宇智波斑的陰謀計劃。畢竟佩恩在劇情中的作用除了推進劇情發展以外就是送經驗的，只要鳴人出現反派角色基本上都會受到克制，導致原本的實力發揮不出來。
最後總結一下，如果自來也不去雨忍村刺探情報後續劇情的發展變化是非常多的，不過個人認為還是會以鳴人說服長門的情況比較靠譜，當然也不排除鳴人最後完全失控自來也犧牲的情況發生，畢竟每一個火影迷對於劇情走向的發展看法是不一樣的，分析不到位地方請見諒，各位有其他想法歡迎留言討論。