《棋魂》中最讓傷心的一幕莫過於SAI的消失。而為他的離去徒添悲傷的是，背景樂的哀婉與臺詞的契合簡直會讓人崩潰。尤其是年齡小一些的時候看，就仿佛跟主角小光一樣親身經歷了這種離散的悲痛。
小光能夠走上圍棋選手的道路，完全出於藤原佐為的介入。作為的魂魄附著在小光爺爺家一個古老的棋盤上，當小光無意中接觸到這個棋盤的時候，佐為有了感應，出現在了小光的面前，或者應該說，在那一刻就進入了小光的靈魂，與小光進行了「神識共享」？總之，佐為此後就開始「陰魂不散」，受他的影響，小光開始接觸圍棋，並且逐漸開發出了潛能。而SAI，他參與了小光人生中最重要的幾年，看著他從零到變成一直連勝的塔矢名人都指明要和他對弈。
SAI離開的前夕是充滿遺憾的，所以令人於心不忍這樣無可奈何的離去。他還想下更多的棋，他還想繼續看著小光成長，看著他變成一頭人人懼怕的雄獅，成為圍棋界的光芒四射的明珠，上天卻終止了他的時間。明明他在世間徘徊了千年漫長的時光，可是能和小光在一起的時間，卻偏偏只有短短幾年。
雖然，佐為的消失是必然，他與小光命運般的相遇以及為何相遇，在佐為和名人唯一一局的正式對弈後也給出了答案。這也是老K我無比佩服作者的一點，通過佐為的離去，將整部動漫的寓意進行了升華。延續了千年時光的魂魄，在動漫中多次感嘆了時光這個東西，感懷於很多東西雖然變了，但四季還是四季，櫻花仍是櫻花，棋局的對弈還是和千年前一樣，充滿了寧靜的喧囂。
佐為消失後，小光一度陷入消沉，消沉到無法重新拿起棋子。他後悔沒有讓佐為多下幾盤棋，後悔為什麼自己總佔著棋盤讓佐為越來越沒機會下棋，後悔佐為消失的那天自己為什麼要睡著，後悔自己為什麼不好好聽他說話。然而在經歷了這個過程之後，他又在棋盤中看到了佐為的影子。佐為的出現，就是為了小光，小光的出現，也是為了某個人吧。過去連接著現在，現在連接著未來。我們的存在既是一種傳承，又是一種接續。
只是每個人都有出現和離去的時間，這無可奈何，也無能為力。佐為走了，小光則是作為一個人傳承了他的信念和棋風，不是借虎次郎之手來代替佐為下棋，而是帶著佐為的經驗，變成更加厲害的棋手。終有一天，他們一定會重新相聚，那時候，便是最喜歡的對手。所以當年為佐為消失而不忍看後續幾集的夥伴們不必再難過，消失，也是重生的開始。