這部電影講述了一名年輕的網絡黑客尼奧發現看似正常的現實世界實際上是由一個名為「矩陣」的計算機人工智慧系統控制的。尼奧在一名神秘女郎崔妮蒂的引導下見到了黑客組織的首領墨菲斯，三人走上了抗爭矩陣的徵途。不久的將來，網絡黑客尼奧（基努·裡維斯 飾）對這個看似正常的現實世界產生了懷疑。他結識了黑客崔妮蒂（凱瑞-安·莫斯 飾），並見到了黑客組織的首領墨菲斯（勞倫斯·菲什伯恩 飾）。墨菲斯告訴他，現實世界其實是由一個名叫「母體」的計算機人工智慧系統控制，人們就像他們飼養的動物，沒有自由和思想，而尼奧就是能夠拯救人類的救世主。
可是，救贖之路從來都不會一帆風順，到底哪裡才是真實的世界？如何才能打敗那些超人一樣的特工？尼奧是不是人類的希望？這是黑客的帝國，程序和代碼歡迎大家的到來。
一千個人看《黑客帝國》，就有一千種解讀。這已是一個不爭的事實，也因此成為了一種獨特的電影文化現象，並成就了一部神片的誕生。
用以解構《黑客帝國》的方式和理論林林總總。宗教：包括了基督教、佛教、道教甚至生僻的諾斯替教；程序與數學：長久被壓抑的程式設計師與IT男們興奮了，用各種專業術語與數理圖表解析著矩陣的來龍去脈；歐式科幻：與它有關的有《神經漫遊者》、鮑德裡亞以及菲利普·K·迪克等等，影片所涵蓋與設計的科幻小說不計其數，它儼然成為了20世紀的科幻集大成者；港片橋段：東方元素的凸顯讓中國影迷站了起來，除了基努·裡維斯那1/8的華人血統外，影片對眾多港產槍戰與功夫片的抄襲（其實大多原本也是出自袁和平之手）被我們推崇為向港片致敬；
日系動漫：龐大的動漫迷群體更是如節日狂歡般慶祝著影片的上映，他們是有理由的，沃卓斯基兄弟（至少當時是這樣的）的確是不折不扣的日系動漫迷，這從之後推出的《黑客帝國動漫篇》以及日後他們創作的《忍者刺客》就能看出；社會體系：烏託邦也好，無政府主義也罷，影片探討的未來世界充滿了原始的社會構想；劇情謎底：影迷們解讀了各種版本，終極、超終極、超超終極，集中起來完全可以形成一本厚厚的論文集，而關於錫安是不是也是虛擬的疑問更是成為了影迷們永恆的話題
而解讀最多的仍然是哲學的領域，關於虛幻與真實一直是中西方眾多哲學大師探討的終極話題。存在與虛妄，這是一個問題。《黑客帝國》無疑是把這個哲學命題升華到電影領域的一部傑作，沃卓斯基兄弟，包括他們自己，都難以超越。在這方面，有無數大神給出了神一般的解讀和透析，我雖然很感興趣但卻怯於班門弄斧，我只能說《黑客帝國》闡述了我最喜歡的一個老者講述的我最喜歡的一個故事，那就是——莊周夢蝶：
「昔者莊周夢為蝴蝶，栩栩然蝴蝶也。自喻適志與！不知周也。俄然覺，則蘧蘧然周也。不知周之夢為蝴蝶與？蝴蝶之夢為周與？周與蝴蝶則必有分矣。此之謂物化。」——《莊子·齊物論》。
我從來都不是個唯物主義者，雖然多年來被國內的教育體制灌輸著「世界是物質的，物質世界是可以認知的」的理論，我仍然相信宇宙茫茫，千奇百怪，有很多事不能用物質論的觀點來解釋；而思想，有時甚至可以超越肉體，完成一些普通人不能完成的舉動。中學課本上那些對意識世界毫無保留地批判，我認為很多都非常牽強。舉個例子，政治課老師一定告訴過你們「心靜自然涼」這句話是錯誤的吧，因為它掉入了唯心主義範疇；但是在現實生活中，心境平和的確可以讓體溫下降，周身涼爽，炎熱的夏日效果就更加明顯，明明是生活中真實存在的現象，卻硬要去否認，搬出一套說辭來反對，我覺得這是中國教育很不負責任的行為。
從「心靜自然涼」到「我思故我在」，是意識主義的進階。前者只是強調意識可以影響肉體，後者則完全否認了肉體決定意識的觀點，它認為，人的思想才是一切物質的基礎，失去了思想的身體就是行屍走肉，不具有任何意義。這不禁讓我想起早年看的一些玄幻小說，作者普遍認為人的靈魂是一組記憶碼，本身擁有極其強大的能量，反而是肉體的存在束縛了靈魂的力量，作者甚至幻想具有高度文明的外星人已經脫離了形體，全是一組組含有超多信息量的代碼，僅靠「思想」就可以完成一切行為。
《黑客帝國》背後的觀點基於哲學的認識論，比如柏拉圖的洞穴理論和笛卡爾的第一哲學沉思錄。在一個唯我論的著名的實驗中，物體只是缸中之腦：《黑客帝國》裡，Neo是被裝在營養皿中。是否選擇紅藥片，接受真實的選擇類似上世紀70年代的一個美國哲學家羅伯特·諾茲克(Robert Nozick)設想的一個實驗。
對人類考古史進行研究，就會發現其實目前我們的文化是出現過斷層的，也就是史前文明、斷層文明的存在，我們現在是經歷了數次大災難而遺留下來的（英國地質學家，葛瑞姆·漢卡克《上帝的指紋》）。在我的猜想看來，《黑客帝國》導演是想表達世界曾有六次災難，所以才有第六個the one的出現，讓世界又保持和平，這次和平能維持多久？維持到下一次世界毀滅。所以本影片的作者是用「計算機」的概念來給我們描述了現有的世界，我們因自由意志而存在，世界會面臨新的毀滅，不過沒關係，這些都只是幻象，因為真實的我們，是在更高維度的空間裡。
當我們看到電影第一部結尾尼奧以 the One 的身份重回矩陣世界的那一幕，每個人的嘴角都會流露出一些笑容吧。讓我想起了，不管是耶穌成了上帝，還是釋迦摩尼成了佛陀，他們都沒有選擇離開當下世界，沒有去所謂的天堂和極樂世界，而是在世間繼續普法度化眾生，直到生命的終結。
就像尼奧從電話亭中走出，緩慢地戴上墨鏡，注視著這個曾經無比熟悉的世界，一切都變得不再相同。