作為名偵探柯南中的最大設定，工藤新一吃下毒藥身體縮小然後隱姓埋名，以江戶川柯南的身份藏身並調查黑衣組織。雖然自己的身份不能對外公布，但是所謂天下就沒有真正的秘密，這麼長時間下來，也是有不少人知道了柯南的真實身份就是新一。
阿笠博士是最早知道這個秘密的人，倒不是他聰明，而是柯南主動說明的，因為他在第一時間就找到了博士尋求幫助。作為除了父母最信任之人，博士是縮小後的新一唯一能夠依靠的了。
作為新一的父母，工藤夫婦自然是最擔心兒子安危的人了，不過這兩位的登場倒是頗具風格。合夥博士搞了出聯合惡作劇，最後想把兒子帶去美國卻被新一拒絕，逃避可不是這個血性男兒的風格。
服部平次與新一是永遠的對手和搭檔，在外交官密室案件中，服部的推理無懈可擊，但還是被因酒精作用恢復大人身的新一看破真相。不過，作為偵探的服部還是推斷出了柯南就是新一的真相，就此服部和平次就成為了新一最交心的夥伴。
灰原哀原名宮野志保，是黑衣組織研究出讓新一縮小這種的毒藥的首席科學家，最終她也在這種藥物的作用下變成了小學生並逃出組織。與新一有著相同目標和命運，也就此成為了少年偵探團裡唯一不拖後腿的小夥伴。此外，灰原哀的親姐姐，同樣是組織成員的宮野明美，在臨死之前得到新一的親口說明，也得知了他的真正身份。
黑衣組織裡最神秘的人物貝爾摩德，也是對新一最感興趣的人，從劇情中可以得知他已經知道了柯南就是新一，只是尚不可知她不向組織報告的原因。
本堂瑛佑是描繪黑衣組織主線劇情中花費大量篇幅講述的中心人物，最終前往美國接受了保護計劃，並在離開日本前推理出柯南的身份，還設計逼著柯南承認了。
赤井秀一在新一的幫助下假死逃過組織的耳目，並以衝矢昂的新身份入住到新一的家中，至於新一的身份他自然也是知曉的。
此外，劇場版中的黑羽快鬥（怪盜基德），諾亞方舟（人工智慧），愛爾蘭（組織人物，已死）也知道新一的身份。
細數下來，居然已經有這麼多人知道柯南就是新一了，而離得最近的小蘭卻依舊不知，傻傻地等待著。也有一種說法，其實小蘭早就知道了自己所愛之人就在自己身邊，但她裝作渾然不知，默默守候著，那麼，小蘭將在何時來戳穿新一的謊言呢？