兩院的院士稱號是我國學術界的最高榮譽。「中國科學院院士」數量與「中國工程院院士」基本一致，均800人左右，且兩年增選一次，增選人數也均在60人左右。中國科學院是我國自然科學領域最高榮譽性、諮詢性學術機構。中國工程院是中國工程科技界最高榮譽性、諮詢性學術機構。然而，科研無高低，無論基礎自然科學研究還是應用工程研究的每一名院士均是其領域的頂尖人才、集大成者。從院士規模而言，兩家單位並無高低之分。且從行政級別來看，中國科學院和中國工程院均是國務院直屬的正部級事業單位。
那麼，為什麼感覺中國科學院（中科院）的新聞報導、影響力要完勝中國工程院，且坊間也常說：中國科學院好於中國工程院，中國科學院院士含金量高於中國工程院？這是為什麼呢？
最強師資、最高學府：300多名院士、招收全國1/9的博士
中國科學院不僅是國家級諮詢機構，還是高等教育培養單位，是自然科學領域的最高學府。中科院下屬有三家高等院校：中國科學院大學（原中國科學院研究生院）、中國科學技術大學、上海科技大學（與上海市政府共建）。不提後兩個大學，但就中國科學院大學（國科大）而言，隸屬於中科院各研究所的院士師資隊伍數量即超過300人，高於清華大學、北京大學、浙江大學三所中國最頂尖高校的院士數之和。
中國科學院（研究生院）不僅師資力量是最雄厚的人才培養單位，其每年招生的碩士生數、博士生數以及研究生總數也是高居榜首，基本相當清華大學和北京大學之和！在眾多高校苦苦爭取一個碩士點、博士點，開始招收碩士、博士的時候，中國科學院研究生院就已經有眾多碩士點、博士點了。在讀研究生（碩士、博士）是中國科研的主力軍之一。研究生越多，意味著能從事的科研（能幹的活）也就越多，出成果的概率也就越大。小編這裡有近來某一年的研究生招生計劃數量並統計了研究生招生人數超過5000人的這16家科研院校（所），可以看出：中科院大學無論碩士招生人數、博士招生人數、研究生總數均高居榜首，比第二名高近一倍。如果再加上中科院下屬的中國科學技術大學，該年份研究生招生人數接近2萬人，博士生招生人數有8000人！博士生招生人數佔全國博士生總招生人數的九分之一！
而中國工程院不是人才培養單位，不招生。
遍及全國的科學研究所、企業
中國科學院一共有12個分院、100多家科研院所以及270多個野外觀測臺站：既有位於北京繁華都市的物理研究所、計算機技術研究所，也有專注地區研究的新疆生態與地理研究所、西雙版納熱帶植物園；既有研究生命的植物研究所、動物研究所，也有研究非生命的自然科學史研究所、信息工程研究所；等等。
眾多的研究所，不僅研究基礎科研，也研究跟工業、農業緊密聯繫的應用科學研究。許多研究所與企業、事業單位、高校建立聯繫，成立產學研教之類的實體或授牌。許多企業也極其願意掛靠中科院以作宣傳、推廣之用。
並且，中科院（院級）也成立了眾多的公司，
最有影響力的是：中國科學院控股有限公司（國科控股）。國科控股集團目前控股企業多達26家，如聯想控股股份有限公司均是高新技術企業。在出版領域的實體單位有：中國科技出版傳媒集團有限公司、《中國科學院院刊》（中文版）、《科學通報》、細胞研究、國家科學評論、植物學報、動物學報、環境科學學報等等。
而中國工程院不是主要的科研單位，專注於國家工程領域的戰略諮詢。此外，中科院下屬研究所也有許多企業。
總之，中國工程院基本只是國家工程領域的最高諮詢機構，而中國科學院不僅是國家科學技術領域的最高諮詢機構，還是：自然科學領域最高學府、研究生高等人才最強培養單位、高新技術產業研究發展中心等等。有如此眾多頂尖的教師、學生、企業、研究所、報社等，這也是為什麼中國科學院的新聞報導、影響力要完勝中國工程院的主要原因。