在《西遊記》中，很多讀者一直都在爭論元始天尊和玉皇大帝誰的更厲害。有的讀者說在書中三清的地位最高，也有一些讀者說玉皇大帝的地位最高，三清四御只不過是輔佐他的神仙而已。仔細的看完整本書，我們會發現元始天尊在書中是輩分最高的神仙，但是他並不是最厲害的神仙，並且也不是地位最高的神仙。在書中最厲害的神仙是玉皇大帝，地位最高的神仙也是他。
元始天尊乃是三清之首，也有一些說法認為元始天尊是天地間出現的第一位神仙，他還是盤古的化身，但是在《西遊記》中盤古可是太上老君的化身。我們都知道三清分別就是元始天尊、靈寶天尊和太上老君，而在書中盤古又是太上老君的化身，因此元始天尊比盤古出現還要早，因為三清中元始天尊可是太上老君的師公，所以元始天尊的實力應該在盤古之上，從這裡也讓我們知道，在書中比盤古出現還要早的神仙有很多個。
盤古創造了天地萬物，也創造了三界眾生，而玉皇大帝又是三界主宰，按道理太上老君應該比玉皇大帝的地位還要高，但是在書中他只不過是玉皇大帝的下屬而已，並且他只不過是輔佐玉皇大帝的神仙。在《西遊記》中，不僅僅是太上老君是玉皇大帝的下屬，就連元始天尊也是玉皇大帝的下屬。元始天尊的徒孫創造了天地萬物，但是天地主宰為什麼會是玉皇大帝？
記得在第七回中如來佛祖提到，玉皇大帝乃是無極大道的化身，也就是天道的化身，並且他出現的時間比三清還要早，是天地間出現的第一個神仙，但是那時候他以無形無始的狀態存在於太虛宇宙中。無極大道變化出三清尊神，第一個是玉清元始天尊，第二個是上清靈寶天尊，第三個就是太清太上老君，也就是書中的盤古。
這麼說來，玉皇大帝還是三清的祖氣了。在書中玉皇大帝乃是無極大道的化身，在《道德經》中也說「道生一，一生二，二生三，三生萬物」，其中的道就是無極大道，所以三清乃是玉皇大帝變化而來，因此在書中他才是最厲害的神仙。太上老君開天闢地之前，玉皇大帝以無形無始的狀態存在於混沌宇宙。盤古開闢鴻蒙以後，也就是太上老君創造三界以後，他在天地之間才有了人形，並且還當上了三界主宰。
但是三界乃是太上老君創造出來，而元始天尊又是太上老君的師公，因此玉皇大帝成為了天地主宰以後，他也要尊敬元始天尊和太上老君，因此在書中輩分最高的神仙就是元始天尊了，但是他乃是玉皇大帝的前身變化出來，因此他並不是玉皇大帝的對手，也比不過玉皇大帝厲害，並且玉皇大帝還是三清的祖氣，所以在書中元始天尊也是玉皇大帝的臣子。