北京中醫藥大學是一所以中醫藥學為主幹學科的全國重點大學，是唯一進入國家「211工程」建設的高等中醫藥院校，也是國家「985優勢學科創新平臺」建設高校，直屬教育部管理，由教育部、國家衛生和計劃生育委員會、國家中醫藥管理局和北京市共建。學校現任黨委書記谷曉紅，校長徐安龍。
北京中醫藥大學始建於1956年，前身為北京中醫學院，是國務院批准最早創辦的高等中醫藥院校；1960年，被中央確定為全國重點高校；1971年，與中國中醫研究院合併；1977年，兩院分開，恢復獨立辦學；1993年，更名為北京中醫藥大學；1996年，入選國家「211工程」重點建設大學；2000年，與北京針灸骨傷學院合併，組建新的北京中醫藥大學；2011年，入選國家「985工程優勢學科創新平臺」建設高校。學校現有3個校區，分別為和平街校區、望京校區和良鄉校區。
在長期的辦學實踐中，學校秉承「勤求博採、厚德濟生」校訓，倡導「人心向學、傳承創新」理念，堅持「立德樹人、以文化人」宗旨，弘揚「追求卓越、止於至善」精神，彰顯特色、強化優勢，是我國培養高層次創新型中醫藥人才的教育基地、高等中醫藥教育改革的示範基地、中醫藥知識創新和技術創新的研究基地、防治重大疾病和疑難疾患的醫療基地、弘揚優秀傳統文化的人文基地、推進中醫藥走向世界的國際交流基地，為人類健康事業發展和文明進步做出了重要貢獻，已經成為在國內外享有盛譽的集教學、科研、醫療於一體的著名中醫藥高等學府。
學校現有教職工4481人，專任教師1179人，其中具有高級專業技術職務者佔62.68%，具有碩士以上學位者佔80.58%，有博士生導師397名。學校有「國醫大師」5人，「首都國醫名師」9人，現有「長江學者」特聘教授3人，國家傑出青年科學基金獲得者2人，優秀青年科學基金獲得者1人，「973」項目首席科學家4人，「萬人計劃」科技創新領軍人才2人，國務院學科評議組成員3人，百千萬人才工程國家級人選8人，國家級有突出貢獻中青年專家8人，中醫藥高等學校教學名師4人，享受政府特殊津貼專家125人，形成了一支以國內外著名專家學者和國內有影響的中青年教授為主的師資隊伍。
學校現有全日制在校生10596人，其中本、專科生6635人，碩士研究生3281人，博士研究生680人，研究生佔37.39%，境外學生佔10.02%。另有繼續教育學生3042人，遠程教育學生15655人，目前全校各類在校生達29293人。
學校現設有中醫學院、中藥學院、生命科學學院、針灸推拿學院、管理學院、護理學院、人文學院、馬克思主義學院、國學院、國際學院、臺港澳中醫學部、第一臨床醫學院、第二臨床醫學院、第三臨床醫學院、第四臨床醫學院、第五臨床醫學院、第七臨床醫學院、研究生院、遠程教育學院、繼續教育學院、體育教學部等教學機構。學校致力於構建面向未來的以高層次教育為主的人才培養體系，目前設有中醫學、中藥學、中藥製藥、藥學、針灸推拿學、康復治療學、公共事業管理（衛生事業）、藥事管理、信息管理與信息系統、護理學、英語、法學（醫藥衛生）12個本科專業。
學校是全國高等中醫藥院校中首批建立博士學科點和博士後科研流動站的單位之一，設有中醫學、中藥學、中西醫結合3個博士後科研流動站。中醫學、中藥學、中西醫結合均具有一級學科博士學位授權，囊括42個二級學科博士學位學科授予點，並有45個碩士學位學科授予點。學校現有一級學科國家重點學科2個，涵蓋二級學科國家重點學科15個；有國家中醫藥管理局重點學科48個；一級學科北京市重點學科2個，二級學科北京市重點學科8個；重點學科建設在全國中醫藥院校中保持領先地位。
學校現有省部級以上科研基地48個，其中國家級國際科技合作基地2個，教育部重點實驗室3個，教育部工程研究中心2個，高等學校學科創新引智基地2個，國家中醫藥管理局三級實驗室14個，國家中醫藥管理局重點研究室11個，北京市重點實驗室6個，北京市教委工程研究中心1個，北京市國際科技合作基地6個，北京中醫藥文化研究基地1個。
學校現有東直門醫院（第一臨床醫學院）、東方醫院（第二臨床醫學院）、第三附屬醫院（第三臨床醫學院）、棗莊醫院（第四臨床醫學院）、深圳醫院（第五臨床醫學院）、孫思邈醫院（第七臨床醫學院）6所直屬附屬醫院。學校有國家臨床重點專科15個，國家中醫藥管理局重點專科35個。建設國醫大師傳承工作室5個，全國中醫學術流派和全國名老中醫藥專家傳承工作室42個，北京中醫藥「薪火傳承3+3工程」名醫傳承工作站37個。另有臨床教學基地36所，承擔著全校學生的臨床教學、見習、實習工作。
自建校之初，學校在全國高等中醫藥院校中率先接收外國留學生，已為世界91個國家和地區培養了2萬餘名中醫藥專門人才，並先後與30個國家和地區的117所知名大學和研究機構建立了良好的合作關係，建立了北京中醫藥大學聖彼得堡中醫中心、北京中醫藥大學澳大利亞中醫中心、北京中醫藥大學美國中醫中心，與日本法人兵庫醫科大學合作建立了中醫藥孔子學院。
學校主辦有國家級學術期刊《北京中醫藥大學學報》、《現代中醫臨床》、《中醫教育》和《中醫科學雜誌》（英文），是中醫藥學術交流的重要園地。
面對高等教育和中醫藥事業發展的新常態，學校正加快發展步伐，主動適應國家經濟建設和社會發展的需求，堅定不移地走教育創新和內涵發展之路，為建設「有特色、高水平、國際知名的研究型大學」而努力奮鬥。