巫妖大戰是遠古時期最慘烈的一戰，當時天地間實力最強大的是妖族；那妖族是怎麼來的呢？當時東皇太一奉鴻鈞法旨鎮壓鴻蒙穩定洪荒，於是東皇太一和哥哥帝俊一起，歷經無數徵戰，最終使得洪荒萬族盡歸其統，並統稱為「妖族」。
在妖族問世後，東皇太一和帝俊為了更有效的管理洪荒諸族，於是就建立了天庭，使得妖族成為天地正統；之後，東環太一和帝俊又立下天規律法，最終開創了曠古絕今的無上霸業。或許有人會問，當時的人族在幹嘛？人族乃是女媧娘娘所創，而女媧娘娘乃是當時的妖皇，所以當時的人族自然是妖族的附庸，而且是最「鐵」的那種。
雖然妖族使得洪荒萬族盡歸其統，但並不說其他諸族就很弱，就比如當時的巫族；巫族乃是創世神盤古的精血所化，雖然先天不足無法成聖，但肉身強大無比，而且還會很多神通，能操縱風水雷電，填海移山、改天換地；尤其是血脈最純正的十二祖巫，不僅擁有元神，而且組合起來還能布下十二天神煞大陣，召喚盤古肉身，威力之強，不在天道聖人之下。
但巫族天生好戰，尤其是內鬥不斷，始終無法統一，所以只得臣服妖族；但東皇太一和帝俊內心還是十分忌憚巫族的實力，所以一直以來都在想辦法削弱巫族的實力，甚至有時候還主動挑起巫族內戰。不負東皇太一和帝俊所望，十二祖巫中的火神祝融和水神共工，就在一次內鬥中雙雙命隕，還撞斷了不周山。
十二祖巫只剩十個祖巫了，按理是無法布十二天神煞大陣了；而在天庭，東皇太一從東皇鍾中悟得周天星鬥大陣，帝俊從河圖洛書中悟得混元河洛大陣，用這兩座大陣守護天庭，所以妖族也就漸漸放鬆了警惕。
在巫族衰落後，東皇太一和帝俊認為沒有什麼威脅了，便常年閉關，想要早日證得混元，成就聖人之位；天庭就交給了東皇太一的兒子東君和帝俊的十個兒子去管理，東君做的還算不錯，但帝俊的十個兒子那就不一樣了，性格頑劣，囂張跋扈，經常一起出去玩。
他們出去玩不要緊啊，他們還現出真身去玩，他們的真身可是三足金烏啊，身上燃燒的都是太陽之火，也就相當於十顆太陽出現在天空，這可讓地上的諸族們難受了，河流枯竭，大地乾裂，生靈塗炭；而巫族也是深受影響，大巫夸父暴脾氣上來了，想要追上這十隻三足金烏，結果反而渴死了。
夸父的好朋友，大巫后羿決定替朋友報仇，最終射下了九隻。這下可了不得了，殺了天庭的太子，妖族怎能忍受？一場曠日持久的大戰就此逐漸展開，起初只是下層交手，雙方實力不分伯仲，後來逐漸至中層，乃至高層；據神話記載，雙方在無數年月裡，小戰無數次，大戰五次。
在第五次大戰時，妖族的東皇太一和帝俊也參與了大戰；巫族雖然只剩十位祖巫了，但仍然拉上了另外兩位實力最強的大巫，勉強布出了殘缺版的十二天神煞大陣，這是雙方的終極大戰；但是就在十位祖巫被困於混元河洛大陣時，妖師鯤鵬臨陣脫逃，而且還偷走了河圖洛書；帝俊措不及防之下被眾祖巫聯手所殺。
東皇太一獨戰對方九位祖巫（帝江被人族聯手所殺）；東皇太一祭出東皇鍾，以無上法力殺了其中八位祖巫，但東皇太一自身也是傷痕累累，實力大損；而巫族這一方剩下的是最強的玄冥，玄冥見取勝無望，萬念俱灰之下自爆元神，與東皇太一雙雙隕落。
至此，由於雙方的頂層皆戰死，故而沒有勝利者；巫妖兩族元氣大損，人族強勢崛起，成為天地主角。其實，如果不是妖師鯤鵬臨陣脫逃，並偷走河圖洛書的話，說不定十位祖巫還被困在陣中，那這次大戰的結局，就說不準了。