近日，山東省教育廳與菏澤市人民政府日前籤署了共建菏澤學院協議，雙方就積極推動籌建菏澤大學，建立菏澤學院校地合作發展新機制，促進菏澤學院走產教融合、校企合作辦學之路三方面達成共建目標。
根據協議內容，山東省教育廳將在菏澤學院產教融合、校企合作，牽頭組織省內重點高校分學科對口幫扶，發展新機制建設，加快內涵建設，加快應用型學科專業群建設，與地方共建牡丹學院、教師教育學院，人才隊伍建設等方面給予支持。
菏澤市人民政府將在菏澤學院的建設和發展，建立校地合作新機制，建立校地人才培養、科技創新、文化傳承緊密合作關係，促進科研機構校地協作，應用型學科專業群建設，幹部培訓、教師培養以及建立校地互動交流機制等方面給予積極支持。
另據早前消息，菏澤學院將實行二級管理體制改革，內部院系進行全面調整，部分「系」被撤銷或合併，並組建新的 「學院」。根據調整方案，該校共設置教學機構22個，增設一科研機構——「水滸文化研究院」。二級單位學院制的建設是高等教育改革和發展新階段的必然趨勢，也是地方社會經濟建設發展的需要，有利於菏澤學院建設成特色鮮明的高水平應用型大學。
菏澤學院思想政治理論教研部更名為馬克思主義學院；原社會科學系被拆分，其思政、行管專業劃歸政法學院，其歷史專業劃歸人文與新聞傳播學院； 新成立教師教育學院，下設學前教育系、小學教育系、心理學系、單縣分校、鄆城分校和東校區教學部6個系部；
成立體育與健康學院，下設體育系與武術系 成立人文與新聞傳播學院，下設中文系、歷史系和新聞傳播系 成立外國語學院，下設英語系、日語系 成立數學與統計學院，下設數學系、統計系 成立物理與電子工程學院，下設物理系和電子工程系 成立化學化工學院，下設化學系和化工系
菏澤學院前身是始建於1949年初的冀魯豫區第二師範學校。1949年8月，定名為平原省立菏澤師範學校。1952年12月，更名為山東省菏澤第一師範學校。1958年8月，經山東省人民委員會批准，改建為菏澤師範專科學校。2002年1月，經山東省人民政府批准，原菏澤師專、菏澤教育學院、菏澤電大、菏澤師範、菏澤農校五校合併，籌建菏澤學院。