這得分兩種情況來回答，如果算上綜合大學醫學院的話，毫無疑問，四川大學華西醫學院是四川最好的醫科大學(學院)。如果華西醫科大學不與川大合併，那華西醫科大學應當是全國一流的獨立醫科大學，尤其是口腔醫學，屬於全國頂尖水平，在教育部第四次學科評估中，川大口腔醫學評為A+。前段時間雲南一位學霸放棄清華大學，就讀川大口腔醫學專業，四川大當華西醫學院實力真的很強，四川第1，無爭議。
但這個問題問的是四川最好的醫科大學，應當是指獨立的醫藥類大學，在四川，比較知名的獨立醫藥類大學有成都中醫藥大學，西南醫科大學，川北醫學院，成都醫學院等，哪所最強?軟科排行榜和校友會排行榜有分歧，軟科認為西南醫科大學最強，校友會認為成都中醫藥大學更強，來看看具體排位比拼。
在軟科四川最好醫科大學排名中，西南醫科大學位居全國醫科大學第37位，四川省第1位(不含川大華西醫學院，下同)，成都中醫藥大學位居全國第43位，四川省第2位。
在校友會醫藥類大學排行榜中，成都中醫藥大學排全國第16位，四川省醫藥類大學第1位，西南醫科大學排全國51位，四川省第2位。
這就明顯了，從成都中醫藥大學和西南醫醫科大學二選一，再來對比一下。
成都中醫藥大學是雙一流世界一流學科建設高校，國家中醫藥管理局與四川省共建高校，中國最早的四所中醫藥大學之一。擁有3個一級學科博士點，21個二級學科博士點，7個一級學科碩士點，49個二級學科碩士點。擁有四個國家重點學科。
西南醫科大學，即原瀘州醫學院，四川省2011計劃高校，四川省雙一流高校，卓越計劃高校，有7個一級學科碩士點，9個專業碩士學位類別。
比較而言，四川省最好的獨立醫藥類大學應為成都中醫藥大學，以上回答僅供參考。謝謝。