「御三家」又被稱之為初選寶可夢，是指各地區的博士給予新人訓練家的寶可夢，這隻寶可夢會參與第一次與野生寶可夢或者和勁敵的對戰。
各個地區的「御三家」寶可夢都是不相同的，但是基本上都是三種屬性的，分別是草系，火系和水系。
關東地區御三家：
初代「御三家」寶可夢分別是小火龍，傑尼龜以及妙蛙種子。
這三隻寶可夢是觀眾最熟悉的，其中小火龍的人氣最高，因為之後進化成為噴火龍的它非常霸氣，並且還擁有Mega進化，而後這三隻寶可夢也是小智最初所收集的寶可夢，由於傑尼龜和妙蛙種子進化之後的樣子實在是太醜了，所以它倆的人氣遠遠不如小火龍。
城都地區御三家：
城都地區的「御三家」寶可夢分別是菊草葉、火球鼠、小鋸鱷。
其中菊草葉算是三隻寶可夢中顏值最高的了，不過其他兩隻也似乎挺好看的，小智所收服的是小鋸鱷，不過他的小鋸鱷也是沒有進化，而後火球鼠的人氣似乎並不是很高，這也是因為小火龍的原因，畢竟關東地區的劇情和城都地區的劇情算是第一部的劇情，火球鼠的光芒被小火龍給掩蓋了。
豐緣地區御三家：
豐緣地區的「御三家」寶可夢分別是木守宮、火稚雞、水躍魚。
這三隻寶可夢的造型都非常可愛，小智所收服的是木守宮，而後水躍魚則被小剛所收服，另外一隻火雛雞則被第二部的女主角小瑤所收服，三隻寶可夢當中木守宮和火雛雞的人氣基本上不相上下，但是從外表上來看，還是水系的水躍魚比較好看一些。
神奧地區御三家：
神奧地區的「御三家」寶可夢分別是草苗龜、小火焰猴、波加曼。
這三隻寶可夢當中人氣最高的就是小火焰猴，在劇情中小智就得到一隻，他的小火焰猴實力非常強大，而且勝率也是非常高，而後小智還收服了一隻草苗龜，但是這隻草苗龜在進化之後速度卻變慢了，本來顏值不高的它也因輸掉一次次比賽逐漸被觀眾所嫌棄，另外一直水系的寶可夢波加曼的設定依舊和上面一樣，屬於可愛搞笑類型的，非常討人喜歡。
合眾地區御三家：
合眾地區的「御三家」寶可夢分別是藤藤蛇、暖暖豬、水水獺。
這三隻御三家當中，藤藤蛇和水水獺的形象非常好看，由於暖暖豬的原型是按照豬所設定的，所以這隻寶可夢的顏值肯定是不太高，但是身為火系寶可夢的它實力卻很強大，藤藤蛇給人的感覺非常的傲嬌，而後水水獺則像是一個非常淘氣活潑的小孩子一樣，總體來說是三隻非常容易讓人記住的「御三家」寶可夢。
卡洛斯地區御三家：
卡洛斯地區的「御三家」寶可夢分別是哈力慄、火狐狸、呱呱泡蛙。
這三隻寶可夢的外形基本上都中規中矩，人氣最高的莫過於呱呱泡蛙，至於原因呢？想必大家基本上都非常清楚，這隻寶可夢小智也有收服過，並且還和小智發生了羈絆進化，成功的進化成為了甲賀忍蛙，並且差一點就得到了冠軍的位置，也正是因為這隻寶可夢太過於亮眼了，所以導致其他兩隻「御三家」寶可夢黯然失色。
阿羅拉地區御三家：
阿羅拉地區的「御三家」寶可夢分別是木木梟、火斑喵、球球海獅。
從這一部的神奇寶貝劇情開始，寶可夢發生了改變，設定上勁敵使用玩家會使用與主角屬性克制的寶可夢，並且這一部的神奇寶貝畫風也改變了不少，導致觀眾流失了很大一部分，三隻御三家當中火系的火斑喵依舊是非常強勢，不過草系的木木梟似乎人氣更加高一些，而後水系的球球海獅外形依舊是非常可愛，延續了歷代水系寶可夢最鮮明的特點。
伽勒爾地區御三家：
伽勒爾地區的「御三家」寶可夢分別是敲音猴、炎兔兒、淚眼蜥。
這三隻寶可夢的外形基本上都可以用可愛來形容，隨著神奇寶貝作品的持續播出，動畫製作組似乎明白了老一輩的觀眾逐漸已經流失了很多，所以想吸引一批新的觀眾，所以在設計寶可夢的時候把外表設計得越來越可愛了，小智等人不僅越長越年輕，連寶可夢也逐漸看起來像是一個小孩子一樣了，這也是為了能夠迎合一下低齡觀眾，不過這種寶可夢的畫風讓人看著感覺不怎麼熱血了。