1月28日上午，載有28名中國遊客的遊艇在馬來西亞失聯事件發生後，國家旅遊局認真落實中央領導重要批示精神，緊急啟動應急機制，全力配合馬方和我外交部以及駐哥打基納巴盧總領館做好遊客信息排查、家屬安撫和善後等各項工作。截至1月31日，涉事遊客信息排查完畢，受傷遊客已得到妥善救治，馬方正全力搜索其餘失聯人員。
第一時間啟動應急機制 派出人員趕赴現場1月28日晚，中國駐馬來西亞沙巴州首府哥打基納巴盧總領館接到領保電話稱，1艘載有約20名中國遊客的快艇，在哥打基納巴盧市前往沙巴著名旅遊景點環灘島途中失去聯繫。獲悉此事後，國家旅遊局高度重視，立即啟動應急機制。由於我局在馬來西亞沒有成立辦事處，李金早局長要求我駐新加坡旅遊辦事處（馬來西亞屬該辦事處所轄市場）負責人立即趕赴事故現場，配合總領館和當地有關部門做好相關工作，相關業務司室全面排查遊客具體信息。國家旅遊局緊急成立由副局長杜江牽頭的應急小組，全力做好相關處置工作。
1月29日，國家旅遊局駐新加坡辦事處負責人周政抵達馬來西亞後連夜趕往事故搜救指揮中心，了解核實有關情況，協助總領館開展工作。
1月30日下午，受李金早局長、杜江副局長委託，國家旅遊局國際司司長張利忠緊急與馬來西亞旅遊局副局長鍾玉霞通電話，就船隻失聯事件向馬方提出交涉，希望馬方繼續全力做好失聯人員的搜救工作，及時向中方通報搜救工作進展，全力救治並悉心照料獲救人員，積極做好遇難遊客後續處置工作。同時，要求馬方儘快對船隻失聯事件進行公正、客觀的調查，查明事件真相。
1月31日，馬來西亞駐華大使館旅遊參贊致電國家旅遊局，對遇難中國遊客表示哀悼，表示馬方正全力搜索其餘失聯人員，並全力救治受傷遊客。使館將與國家旅遊局保持密切溝通，及時通報最新信息。
全力排查核實遊客信息 妥善做好善後工作事故發生後，國家旅遊局抓緊利用旅遊應急指揮平臺和全國遊客團隊服務管理系統，通過相關地區旅遊部門和旅遊企業篩查了解遊客信息。
經初步核實，涉事遊客均為「自由行」散客。28名遊客中，2名湖北遊客是出發前在天貓百程國旅購買的沙巴一日遊產品，21名遊客是落地後在網上購買我國內旅行社或在線企業代理的沙巴一日遊產品，其中深圳浪花朵朵國旅12名（廣州遊客5名，江蘇遊客7名），螞蜂窩旅行網9名（江蘇遊客2名，廣東遊客3名，安徽遊客2名，四川遊客2名）。以上23名遊客「沙巴環灘島一日遊」產品，均由馬來西亞沙巴超自然旅行社提供。另外5名遊客是沙巴船家在當地招攬的中國遊客。
在初步核實上述情況後，國家旅遊局進一步採取了以下措施：一是與廣東、深圳、湖北、北京等有關省市旅遊部門主要負責同志直接聯繫，要求他們督促涉事的深圳浪花朵朵國旅、百程國旅、螞蜂窩旅行網積極協助做好善後；二是與深圳浪花朵朵國旅、百程國旅、螞蜂窩旅行網主要負責人直接聯繫，要求他們積極做好善後並督促馬方旅行社積極配合事故處理。
目前，深圳浪花朵朵國旅、百程國旅、螞蜂窩旅行網以及為深圳浪花朵朵國旅12名遊客提供赴馬「機票+酒店」服務的淘寶旅行飛豬等相關旅遊企業已委派高管陸續抵達沙巴，協助開展善後工作。
加強遊客安撫和隱患排查 切實保障假日安全截至目前，28名中國遊客已有20人獲救，其中傷勢較輕12人，中等傷情8人（醫院確定為Yellow級）；3人遇難；5名遊客和1名船員失聯。受傷遊客均已得到妥善安置和及時治療。
1月31日，受李金早局長、杜江副局長委託，國家旅遊局駐新加坡辦事處負責人周政看望了正在沙巴當地醫院接受治療的獲救遊客，向他們轉達了習總書記和中央領導的親切慰問。遊客情緒普遍穩定，對各方面的救助和關心表達了深深謝意。
目前失聯遊客的搜救工作仍在進行中。國家旅遊局下一步將繼續配合外交部門督促馬方加大對失聯遊客的搜救，並及時向我方提供信息；配合做好獲救遊客的治療和情緒安撫工作；協助做好遊客家屬的聯絡、接待、安撫工作；進一步督促有關地方和企業配合做好善後工作，督促馬方儘快查明事故緣由，明確事故責任。
為有效防範和堅決遏制旅遊重特大事故的發生，確保假日旅遊安全，1月30日，國家旅遊局緊急印發《關於進一步加強旅遊安全工作的通知》。目前，各地旅遊部門和旅遊企業正按照通知要求，進一步加強冰雪旅遊、濱海旅遊和載客車船、遊樂設施等旅遊風險點和遊客密集場所的安全排查，徹底排查安全隱患，確保人民群眾度過一個安定祥和的新春佳節。