北宋年間，大內文官黃裳因雕刻《道藏》而領悟一套絕世神功，其後為朝廷徵討明教，因一時之氣孤身上了明教連殺數位法王、使者後，全家遭中原武林門派高手所殺，他自己帶著重傷之身逃到了深山之中，閉關四十多年，總結自身武功，匯成一部《九陰真經》秘籍。其後多年，真經重現武林，引發一場武林豪傑，全真王重陽、東邪黃藥師、西毒歐陽鋒、南帝一燈大師、北丐洪七公等相約華山論劍，這部秘籍最終為王重陽所得，後經輾轉，落入郭靖、黃蓉手裡。
其時宋、蒙大戰，襄陽不可守，郭靖、黃蓉夫婦為了給後世江湖俠義之輩留一線希望，遂將《武穆遺書》、《九陰真經》等藏於刀劍之中。百年後，峨眉傳人周芷若從滅絕師太口中得知了刀劍秘密，後用計從張無忌手中偷得倚天劍、屠龍記，按著刀尖上圖譜所示，上了桃花島，《九陰真經》這部秘籍經過一百多年的顛沛流離，終於落入了她手裡。
得到秘籍後的周芷若幾乎發了瘋，手段極其殘忍，所謂多行不義必自斃，周芷若最終還是被張無忌陰差陽錯下化掉了體內的《九陰真經》內力，而她懷裡的《九陰真經》秘籍也被趙敏順手牽羊拿走了，自此，《九陰真經》又落入了張無忌手裡，自《倚天屠龍記》結束後，這部秘籍終於失去了蹤跡。
《九陰真經》、《九陽真經》乃金庸筆下兩部絕世秘籍，學會任何一部，都足以傲視武林，所謂「陰陽合一」，因此許多讀者往往很想見一見練了《九陰真經》、《九陽真經》的人的武功水平會達到什麼境界，可惜張無忌還是讓讀者失望了，小說結尾他並未修煉《九陰真經》上的武功。張無忌體內的「九陽神功」十分了得，天下武功均不離其藩籬，而「乾坤大挪移」又是天下運勁使力的不二法門，按理說兩套神功合在一起，他可以複製任何武學，可為何他沒學《九陰真經》呢？
張無忌本人已經說出了答案，當日趙敏將真經交給張無忌，張無忌讀完之後有了這樣一番感慨：
張無忌隨手翻閱《九陰真經》，讀了幾頁，只覺文義深奧，一時難解，然決非陰毒邪闢的武學，說道：「這經上所載武功，其實極是精深，依法修煉，一二十年之後，相信成就非同小可，若是只求速成，學得一些皮毛，那就害人害己了。」
按張無忌所講，要想《九陰真經》大成，必須修煉一二十年之後才能有非凡成就，如此一來便可以解釋為何張無忌沒有修煉了，他體內的九陽神功已經夠用，又何必再花一二十年的時間去修煉《九陰真經》呢？所謂月盈則虧，人生又何必太圓滿？