1919年，五四愛國運動爆發，此時已經成為直系頭號戰將的吳佩孚公開支持學生運動，反對政府在《巴黎和約》上簽字。這一舉動使他獲得了「愛國將軍」的稱號，成為了當時新聞頭條熱門人物，更是成為第一個登上美國時代周刊的中國人。#愛國將軍吳佩孚#
不管吳佩孚的做法是出於愛國情懷還是政治原因（當時北洋軍閥執政總理段祺瑞是親日派，主張在巴黎和約上簽字，吳佩孚也許是為了拆皖系的臺），他的這一舉動有利於國家利益，得到了國人的認可。就在這一年，直系的老大馮國璋病逝，二把手曹錕上前一步成為了一把手。從袁世凱當政的時候開始，曹錕和吳佩孚的仕途是呈正相關的，曹錕升遷吳佩孚必定緊隨其後。如此，吳佩孚便成為了直系軍閥武裝力量的實際掌舵人。
第二年也就是公元1920年，規模空前的直皖戰爭爆發，直奉軍閥聯合倒段。出任前敵總司令的吳佩孚採用側翼包抄的戰術，一舉擊潰皖系軍閥主力。從此皖系軍閥一蹶不振，親日派段祺瑞引咎辭職，直系軍閥成為中國頭號軍閥。
單從影響戰爭的直接因素來看，直皖戰爭的勝利離不開吳佩孚的指揮藝術。如果從深層次角度考慮，直皖戰爭的勝利更得益於吳佩孚「愛國將軍」的稱號。