PCIe是現在電腦上面通用的數據接口，而M.2是取代基於mini PCIe改良而來的mSATA固態硬碟。PCIe數據直接通過總線與CPU直連，而M.2接口可以支持SATA和PCIe的通道，簡單來說PCIe是現在電腦上面通用的數據接口，而M.2是取代基於mini PCIe改良而來的mSATA固態硬碟。
PCIe
如果說SATA固態硬碟是固態硬碟中的老大哥，PCIe接口就是固態硬碟接口中的貴族，與快閃記憶體顆粒可以說是天生一對，能夠非常好的展現快閃記憶體的讀寫速度。
PCIe是PCI Express的簡寫，是新一代的總線接口，是由20多家業界主導公司共同起草並完成的新技術規範，採用點對點的串行連接，可以將數據傳輸率提高到一個很高的頻率，以此提供更高的帶寬。
而PCI Express的接口根據總線位寬不同，還可分為X1、X4、X8和X16。目前使用較多的是PCIe X4，市面上流通較多的是PCIe 2.0版本和3.0版本，對應的X4帶寬為16Gbps/32Gbps，折算成傳輸速率約為2GB/s和3.93GB/s，相比SATA接口，這已經是非常恐怖的速率了。
當然，另一方面，PCIe接口的固態硬碟其價格也相對會貴一些。
M.2
M.2原名為NGFF接口，標準名稱為PCI Express M.2 Specification。它是為超極本（Ultrabook）量身定做的新一代接口標準，以取代原來基於mini PCIe改良而來的mSATA固態硬碟。無論是更小巧的規格尺寸還是更高的傳輸性能M.2都遠勝於mSATA。隨著SATA接口瓶頸不斷凸顯，越來越多的主板廠商也開始在自家產品線上預留M.2接口，主流的M.2接口有三種尺寸，分別是M.2 2242、2260、2280。
M.2接口可以同時支持SATA及PCI-E通道，後者更容易提高速度。這裡需要注意的是，M.2的連接器有三種類型，被稱為Socket 1、2、3。Socket1由於尺寸比較特殊，比較少用，最多是Socket 2和3。Socket 2支持SATA和PCIe X2接口，Socket 3則只支持PCIe X4接口。
如果是SATA通道，那麼傳輸速率就和SATA 6Gbps一模一樣，沒有區別，如果是走PCI-E通道，才能享受到超過SATA的高速。另外通常我們把支持NVMe協議的高性能SSD叫做NVMe M.2 SSD。NVM Express（NVMe），或稱非易失性內存主機控制器接口規範(Non-Volatile Memory express)，是一個邏輯設備接口規範，通常是指使用PCIe通道的SSD的一種協議規範，此規範目的在於充分利用PCIe通道的低延時以及並行性，還有當處理器、平臺與應用的並行性，在可控制的存儲成本下，極大的提升固態硬碟的讀寫性能，降低由於AHCI接口帶來的高延時。