在密阿雷市，如果遇到什麼敵人，總有一個人出現，大家都稱呼他為火焰雞假面。
兜兜轉轉，小智又回到了最初出發的地方——密阿雷市。布拉塔諾聽到小智回到這裡，馬上給了他一個電話，讓他速速前來研究所，他要把自己最新的研究成果，展示給小智看看。小智年紀輕輕，就成為了博士器重的人，主角光環確實強大。
在研究所中，和布拉塔諾博士羈絆最深的神奇寶貝，就是半神獸烈咬陸鯊，一個龍族加地屬性的神奇寶貝。布拉塔諾博士，收集到一顆超進化石，和一個進化論石。對於超進化，大家都表示很興奮，畢竟超進化就代表神奇寶貝的實力會變強。於是，小智和柚莉嘉都問了博士，自己的神奇寶貝能不能超進化。
博士望了兩人一眼，說：「皮卡丘還不是最終形態，是不能超進化的。」小智聽到這話，估計要失望了，皮卡丘是不想進化的，這就代表小智只能把希望寄托在其他神奇寶貝身上了。皮神要任性，誰都攔不住。至於咚咚鼠，由於咚咚鼠沒法再進化，是最終形態，原則上只要找到合適的超進化石，一樣可以超進化。估計柚莉嘉到了一定年齡後，希特隆就會把咚咚鼠，送給柚莉嘉了。
希特隆的父親，在外人看來，只是一個普通的修理東西的工人，真實身份是守護密阿雷的英雄。他的搭檔火焰雞，變成超級火焰雞後，實力大增，是罪惡份子的噩夢。小智去到哪裡，哪裡就會遭殃，這是為什麼？小智每去到一個地方，火箭兵團就跟到哪裡，一個恐怖的跟蹤狂組織。為了添加自己的戰鬥能力，火箭兵團打起了如意算盤，要把超級烈咬陸鯊搶過來。
火箭兵團以為萬事具備了，因為他們手上有進化論石和超進化石，可是卻忘了一個很重要的東西，那就是神奇寶貝和訓練家之間的羈絆。最終，布拉塔諾博士靠著羈絆，從火箭兵團搶回了烈咬陸鯊，而火焰雞假面的身份也給博士發現了，這個博士真厲害！
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