按照慣常的理解,校名為「**大學**學院」「**大學**分校」的都是三本性質的獨立學院,也就是通常所說的「三本」,是民辦性質。但在高考志願填報中,甚至在教育部「陽光高考」平臺「院校庫」中,都有一些校名貌似獨立學院,卻是公辦性質院校在招納生源。
1998年,原浙江醫科大學、浙江大學、杭州大學、浙江農業大學合併成立新的浙江大學,並於次年重組成立了浙江大學醫學院和藥學院。2009年浙江大學實行大部制,將醫學院和藥學院重組,成立浙江大學醫學部。2014年浙江大學實施學部制優化改革,醫學部更名為醫藥學部,醫學院和藥學院獨立建院。
2000年,原上海醫科大學、復旦大學合併組建成為新的復旦大學。2018年,教育部、國家衛健委、上海市政府共建託管復旦大學上海醫學院及其直屬附屬醫院。2019年,復旦大學上海醫學院高水平地方高校試點建設正式啟動。
2005年,原上海交通大學、上海第二醫科大學合併組建新的上海交通大學。後來,在原上海第二醫科大學和原上海交通大學醫學院基礎上,組建上海交通大學醫學院,並由教育部、上海市政府重點共建。2010年,上海交通大學醫學院成為衛生部與教育部合作共建的第一批10個重點高校中的一員。
這些醫學院都是當時高校合併共建的產物。也許是醫學院校的特性使然,與學校的其它院系相比,其行政級別較高,話語權也比較大,其獨立自主性顯得較為突出。如2012年新的上海醫學院成立時便明確其作為復旦大學黨政的派出機構,根據學校的授權,在大醫口的人才培養、科學研究、學科建設、發展規劃、資源配置、對外交流等方面行使相對獨立的管理權限。查詢官網可知,復旦大學醫學院、上海交通大學醫學院的黨委書記、院長分別由復旦大學、上海交通大學的黨委副書記、副校長兼任,浙江大學醫學院黨委書記由浙江大學副校長兼任。
目前,復旦大學上海醫學院與復旦大學、上海交通大學醫學院與上海交通大學、浙江大學醫學院與浙江大學在高考招生工作中都是一個學校兩個招生代碼,分別編制計劃,分別設定提檔分數線、分別錄取新生。畢業時所頒發的學歷證書和學位證書的學校名稱分別統一為「復旦大學」「上海交通大學」「浙江大學」。
東北大學秦皇島分校的前身秦皇島冶金地質職工大學是一所成人高校,1987年被東北工學院(現東北大學)整體接收後掛「東北大學秦皇島分校」校牌,但因和東北大學同屬當時的冶金工業部管理,與東北大學是兄弟院校,是並列關係而不是包含關係,因此獨立性較強。曾經很長一段時間裡都是以東北大學秦皇島分校的名義招生辦學。
1984年成立的山東大學威海分校是山東大學與威海市政府合作推動當地高等教育發展的產物。威海分校雖然也接受山東大學的管理,但享有較大的人事、財務、教學、管理權限,發「山東大學威海分校」的畢業證書,1992年還曾經增掛「威海大學」校牌。
目前,東北大學秦皇島分校與東北大學、山東大學威海分校與山東大學雖然都分別使用招生代碼和招生計劃,但分別由東北大學、山東大學頒發完全統一的、沒有任何區別的畢業證和學位證,是只有辦學地點不同的一家人。有意思的是,山東大學已經將威海分校更名為山東大學(威海),「學信網」也已經從山東大學威海分校更改為山東大學,但教育部高校招生仍然使用「山東大學威海分校」名稱。
內蒙古科技大學包頭師範學院和內蒙古科技大學包頭醫學院是一對難兄難弟,再加上原來的包頭鋼鐵學院,就如一根藤上的三個瓜。除了學校名稱共享之外,沒有任何的隸屬關係,是中國高等學校體制中僅有的「邦聯制」。2003年,原包頭師範學院、包頭鋼鐵學院、包頭醫學院追隨當時合併更名升格的潮流,合併組建為內蒙古科技大學。可能是由於三校原來的行政級別差異、實力懸殊等原因,在合併重組過程中磨合不好,矛盾比較大,再加上內蒙古自治區的特殊性,一年半後的2004年12月,內蒙古自治區政府批准內蒙古科技大學分為三個具有獨立法人資格的辦學實體,原包頭鋼鐵學院保留內蒙古科技大學校名,原包頭醫學院冠名為內蒙古科技大學包頭醫學院,原包頭師範學院冠名為內蒙古科技大學包頭師範學院。三個辦學實體的畢業證書使用的學校名稱分別為:「內蒙古科技大學」「內蒙古科技大學(包頭師範學院)」「內蒙古科技大學(包頭醫學院)」。
三校的分離狀況雖然早就得到內蒙古自治區政府的認可,目前也分別有冠名為「內蒙古科技大學(http://www.btu.edu.cn)」「包頭師範學院(https://www.bttc.edu.cn)」「包頭醫學院(https://www.btmc.edu.cn)的官方網站,在高考志願填報時也分別有獨立的招生代碼、招生計劃,但是從教育部所公布的普通高等學校名單看,教育部並不承認三家高校分離,三者仍然屬於同一所學校--內蒙古科技大學。
浙江大學城市學院和浙江大學寧波理工學院都曾經是浙江大學與當地政府或企業共同主辦的民辦獨立學院,是獨立學院的雙子星。其中,1999年由浙江大學與杭州市人民政府聯合創辦的浙江大學城市學院被認為是中國最早的獨立學院。2020年1月,教育部批覆同意浙江大學城市學院轉設為浙大城市學院,浙江大學寧波理工學院轉設為浙大寧波理工學院,校名縮減兩個字,但辦學性質卻由民辦逆轉為公辦,是當前獨立學院轉設中少有的公辦院校。
轉設後的新校名之所以還保留「浙大」二字,一是基於在招生、就業等方面對浙江大學「985工程」「211工程」「雙一流」品牌的仰仗和借重。二是基於與浙江大學的緊密關係。根據浙江大學「立交橋」政策規定,浙大城市學院和浙大寧波理工學院每年從一年級新生中推薦品學兼優的學生,從二年級開始轉入浙江大學學習,錄取名額不超過學校當年普通本科招生總數的1%。此外,浙大寧波理工學院同時也是浙江大學寧波校區的有機組成部分,從浙大寧波理工學院當年招收的優秀學生中選拔組建新工科求是班,實施高水平本科生創新人才培養計劃。