生物醫學研究院是復旦大學生物醫學領域的研究高地，以創建「中國第一、世界一流的生物醫學學術研究機構」為奮鬥目標，依託先進的生物醫學技術支撐平臺積極開展高水平的學術研究， 研究領域覆蓋表觀遺傳與表觀基因組、蛋白組學與大數據、腫瘤代謝、腫瘤免疫與治療、腫瘤生物學、非編碼RNA、結構生物學、生物信息學、人類遺傳疾病、腸道微生物、微流控晶片與器官晶片、感染與免疫治療、重大疾病的幹預與治療等。近年來，研究院還在積極探索新形勢下基礎研究與臨床科學問題相結合的研究模式，不斷提升研究院開展轉化研究的水平。研究院2009年獲批承擔上海市疾病蛋白質研究技術服務平臺、2016年被科技部認定為 「醫學表觀遺傳與分子代謝國際科技合作基地」、2019年獲批成立上海市表觀遺傳調控重點實驗室。
研究院現有全聘課題組組長（PI）50餘人，其中包括中國科學院院士2名，國家傑出青年基金獲得者8人，長江學者特聘教授5人，國家「萬人計劃」領軍人才5人，國家重點基礎研發計劃、重大專項首席科學家7人，青年長江學者4人，國家優秀青年基金獲得者5人，其它國家高層次人才計劃入選者10餘人。
研究院成立至今，以第一作者（含共同第一作者）或通訊作者（含共同通訊作者）單位在國際頂尖雜誌Nature、Science、Cell、New England Journal of Medicine上發表研究型論文15篇（其中單篇被引超過1000次的論文3篇），在Nature Genetics、Chemical Review、Cancer Cell、Cell Metabolism、Molecular Cell、Nature Cell Biology、Nature Chemical Biology、Nature Microbiology、Nature Protocols、Science Translational Medicine、Cell Research、PNAS、Gene & Development、EMBO Journal等國際高影響力雜誌上發表研究性論文100多篇，研究成果先後入選「中國科學十大進展」（2010）、「中國高校十大進展」（2010）、「中國十大醫學進展」（2016），榮獲教育部自然科學獎一等獎2項、上海市自然科學獎一等獎2項，兩項成果入選國際權威教科書。
生物醫學研究院始終重視人才培養，從研究生的選拔、培養、出國鍛鍊等各個方面為研究生成長為科研工作者鋪路搭橋。目前，生物醫學研究院已成功培養了一批國家生物醫學學科精英人才，三人獲得過華人生命科學在讀博士最高獎項的「吳瑞獎學金」，多人目前已任職國內外多家知名研究機構成為課題組組長、教授。
生物醫學研究院作為獨立招生單位「生物醫學研究院」
（招生代碼151），每年通過本科生推薦免試、全國碩士研究生統考和公開招考博士研究生等方式，招收生物化學與分子生物學、醫學系統生物學和化學生物學專業碩士和博士研究生。研究院相關情況及導師情況，請關注研究院網站http://ibs.fudan.edu.cn。