醫藥不分家，多年來一直是困擾各國發展的難題，為了破解以藥補醫，對整個亞洲而言，各國在醫療改革中都走過艱難的「醫藥分開」改革之路，但日本在這方面的成就是非常大的。
與亞洲不同，從商業社會基礎上發展起來的歐洲和北美，早在13世紀時便出現了診療和藥品行業分離的法律。所以對於西方國家來說，先找醫生開處方，再找藥劑師拿藥，早已順理成章。
但對於經數千年中醫文化薰陶的東亞國家如中國、日本、韓國等，「醫藥合一」這一理念深入骨髓，我們認為大夫身兼醫師與藥劑師兩職，既看病也開藥，這種模式是理所當然的。但這樣做有一嚴重的弊端，那就是在於醫生與患者對弈時患者方面處於完全的下風，而醫生一家獨大，這就可能導致醫生為了多收錢而故意增加檢查項目導致醫患衝突。
因此，要將原本一體的診療和藥品行業剝離，建立現代醫療制度，必然要面對複雜的利益關係。日本從明治年間1874年頒布首次寫入「醫藥分業」內容的《醫制》，直至平成年間2007年醫藥分離率達到59.7%，用了上百年時間才基本完成「醫藥分離」的改革，其中的艱辛可想而知。
那麼完成「醫藥分離」後的日本的醫療現狀又是什麼樣子呢？
如今的日本已經達到了很高的醫藥分離率，自然也就和字面意思一樣，在日本看病時，先醫後藥，除了綜合醫院的某些特殊藥物外，普通的日本醫院裡是沒有藥房的。不僅如此，由於醫藥分離的機制，很多方面都分擔了醫生的壓力，還伴隨著人性化的管理，有效了改善了醫患關係。
就說說分診吧，在日本有很多私人醫院和小診所，當日本人有想感冒發燒、頭痛腦熱的情況出現，他們第一個想到的是去小診所，而不是一股腦的往大醫院去。日本的小診所大夫整體素質水平還是很高的，除診療方便外，便是因為日本小診所的醫生可以信任，這些醫生大多是積累了一定資質的東大畢業生、安全可靠，甚至某些日本小診所的專業水準比大醫院還要高。
而在小診所裡診斷不清或者治療條件不足時，那麼醫生就會為你寫一封推薦信，推薦你去大醫院進一步治療，還會附上你的症狀和診斷情況，這種情況再去大醫院，總比盲目的往大醫院擠要方便的多。如果你被推薦給了大醫院，由於那裡的醫生基本是完全預約制的，所以一般會有那裡的護士帶著你做完一套檢查，比如身高體重血壓，驗血驗尿的，一套下來半個小時過去了，才會把你交給醫生手中。
不過有這半個小時的功夫，護士們便可以完成病人們的分流和檢查，到了醫生處就只剩下診斷了。這和國內醫生一人需要完成檢查、詢問、診斷等所有的工作不同，不僅患者不需要在醫生和檢查處多次往返，還極大的減少了醫生們的看病壓力，增加了看病的效率。
醫生的工作結束了，剩下的便是藥店的工作了，患者們拿著醫生的處方買藥，一方面不會出現醫生開藥多收錢的情況，同時遏制了藥店亂拿藥的可能，醫院和藥店兩大獨立體互相牽制，政府方面只需控制好藥品價格，做好抽查，同時鼓勵市民在固定的藥店買藥，形成了一種較為完善的日本醫藥分離體系，患者不用再擔心看病貴，醫生和藥劑師在去掉灰色收入之後，反而成為有機會「名利雙收」的高薪職業。在此基礎上，日本基本上破除了「以藥補醫」現象。