蚌埠醫學院，位於安徽省蚌埠市。是安徽省屬普通全日制本科院校。學校創建於1958年7月，由現上海交通大學醫學院部分專業遷至蚌埠，並抽調現安徽醫科大學部分教師創建了蚌埠醫學院。1968年更名為蚌埠反修醫學院。1970年併入安徽醫學院。1974年獨立建制，復名蚌埠醫學院。
安徽農業大學，位於安徽省合肥市，是安徽省屬重點大學，省部共建高校。學校前身是1928年創辦的省立安徽大學。現安徽農業大學是1954年安徽大學農學院獨立建制的安徽農學院。1995年升級為安徽農業大學。2013年成為安徽省重點支持的四所高水平大學之一。
蚌埠醫學院建校之初標準較高，而且實力也比較強，但是要跟安徽農業大學相比還是略有差距，主要是因為安徽農業大學是系出名門。蚌埠醫學院在後來的發展過程中受到過衝擊，而且一度被合併，失去獨立辦學的機會。同期的安徽農業大學雖也受到部分衝擊，但是並不嚴重，而且始終堅持獨立辦學，教研積澱和教學經驗並沒有丟失，相對要比蚌埠醫學院更完善一些。近些年隨著醫療改革，各地區醫學院的病患比較緊張，尤其是疑難病或相對較重的病症都去了省會治療，這就使得地方醫學院病患減少，尤其是能出課題和項目的病患減少，從而使得地市級醫學院的教學能力整體下降。
根據教育部第四輪學科評估結果來看，安徽農業大學有3個B類學科，7個C類學科，最高評級為B級的生物學；蚌埠醫學院有2個C類學科，且都是最低評級的C-級學科，分別是基礎醫學、臨床醫學。兩相對比，兩校的學科建設方面差距明顯。
綜合來看，安徽農業大學的實力完勝蚌埠醫學院。