清華大學是我國34所副部級高校之一。所謂「副部級高校」是目前中國最頂尖的國家重點大學，清華大學校長是副部級別領導（副省級）清華大學是國家重點大學，是教育部直屬的，校長是副省部級，校長的行政級別是極高的。中國大學分三類,第一類即所謂的國家級重點大學,其中又有三十一所大學是國家確定的副部級高校，這些高校的黨委書記和校長為副部長級。
這些高校的校長、書記等高層領導由中央組織部任命而非教育部任命。一般在學校介紹中說「中央直管」，就是副部級大學，也稱副部級高等學校（簡稱「副部級高校」）、中央直管高校等。另外，清華大學領導級別：副部級：黨委書記、校長正局級：黨委常務副書記、常務副校長副局級：黨委副書記、常委常委、副校長、教育長、總務長、秘書長。正處級：各學院的分黨委書記和院長，黨委行政直屬部門正職，教輔單位書記、主任。
2、目前全國有31所大學是副部級即：北京大學、清華大學、中國人民大學、北京理工大學、北京航空航天大學、北京師範大學、中國農業大學、哈爾濱工業大學、復旦大學、上海交通大學、中國科學技術大學、西安交通大學、西北工業大學；浙江大學、南開大學、天津大學、南京大學、武漢大學、四川大學、中山大學；吉林大學、廈門大學、大連理工大學、山東大學、同濟大學、華中科技大學、東南大學、中南大學、重慶大學、蘭州大學、西北農林科技大學。另外，國防科大是副大軍區級（相當於副部級）。
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