1.超期發票是否能予抵扣
根據國家稅務總局《關於增值稅一般納稅人取得防偽稅控系統開具的增值稅專用發票進項稅額抵扣問題的通知》（國稅發[2003] 17號）的規定：增值稅一般納稅人申請抵扣的防偽稅控系統開具的增值稅專用發票，必須自該專用發票開具之日起90日內到稅務機關認證，否則不予抵扣進項稅額。並且自2003年11月1日起執行。以前執行的國家稅務總局《關於加強增值稅徵收管理工作的通知》（國稅發〔19951 015號）中的規定「工業生產企業購進貨物，必須在購進的貨物已經驗收入庫後，才能申報抵扣進項稅額」在抵扣時間方面的規定已停止執行。
2.聯運發票能作抵扣憑證嗎
《國家稅務總局關於印發<增值稅問題解答>（之一）的通知》（國稅函[1995] 288號）第一條第二項規定：「準予抵扣的貨物運費金額是指在運輸單位開具的貨票上註明的運費、建設基金，不包括隨同運費支付的裝卸費、保險費等其他雜費。」根據上述原則，國家稅務總局又以國稅函[1999] 598號文件，對運輸費用的抵扣做了更加具體的規定，即鐵路公路聯運發票因為記載的「金額」可能含有運輸代理部門的服務費，不準做進項抵扣憑證。因此，《全國聯運行業貨運統一發票》，按上述規定屬於不準抵扣的憑證。
3.快運運單上列明的運輸費用可以進行進項抵扣嗎
根據《國家稅務總局關蓄鐵路運費進項稅額抵扣有關問題的補充通知》（國稅函「2003] 970號）規定，對增值稅一般納稅人購進或銷售貨物取得的《中國鐵路小件貨物快運運單》列明的鐵路快運包幹費、超重費、到付運費和轉運費，可按7％的扣除率計算抵扣進項稅額。
4.地稅局代開的貨運發票可以抵扣嗎
《關於加強增值稅徵收管理若干問題的通知》（國稅發[1995] 192號）中規定，增值稅一般納稅人外購和銷售貨物（固定資產除外）所支付的運輸費用，準予抵扣的運費結算單據（普通發票），是指國營鐵路、民用航空、公路和水上運輸單位開具的貨票，以及從事貨物運輸的非國有運輸單位開具的套印全國統一發票監製單的貨票。準予計算進項稅額扣除的貨運發票種類，不包括增值稅一般納稅人取得的貨運定額發票。也就是說，除了以上所規定的外，其他的貨運發票均不能抵扣進項稅額。因此，地稅局代開的貨運發票不能抵扣。
5.銷貨清單與票面名稱不符可否抵扣
由於填寫失誤，銷貨清單與票面名稱不符，這種情況下可以進行進項稅額抵扣嗎？根據《增值稅暫行條例》規定，匯總填開專用發票，必須附有銷售方開具並加蓋的財務專用章或發票專用章的銷貨清單。銷貨清單應填寫購銷雙方的單位名稱、商品或勞務名稱。因此，銷貨清單上的商品名稱與專用發票上的商品名稱必須相符，否則不允許抵扣。
6.銷售舊貨能否抵扣進項稅
根據財政部、國家稅務總局《關於舊貨和舊機動車增值稅政策的通知》（財稅字[2002] 29號）規定，從2002年1月1日起，納稅人銷售舊貨（包括舊貨經營單位銷售舊貨和納稅人銷售自己使用過的固定資產），無論是增值稅一般納稅人或小規模納稅人，也無論是否為批准認定的舊貨調劑試點單位，一律按4％的徵收率減半徵收增值稅，不得抵扣進項稅額。