中國海洋大學與南京航空航天大學，屬弱勢的985工程大學與強勢的211工程大學比較，具體如何選擇不能一概而論，兩所學校都是非常優秀的高校，但是還需要對具體學校進行進行具體分析。
錄取分數方面的比較
中國海洋大學與南京航空航天大學如何選擇，可以從山東與江蘇兩省考生的選擇來比較。
2017年、2018年、2019年，中國海洋大學在山東省理科本科一批錄取線分分別為614、619、609分；
2017年、2018年、2019年，南京航空航天大學在山東省理科本科一批錄取線分別為620、627、617分；
2017年、2018年、2019年，中國海洋大學在江蘇省理科本科一批錄取線分分別為365、372、382分；
2017年、2018年、2019年，南京航空航天大學在江蘇省理科本科一批錄取線分分別為375、379、388分。
上述的分數線只是本一批的最低錄取線，可以看出，在山東、江蘇兩省，南京航空航天大學比中國海洋大學的錄取分數線更高，考生對南京航空航天大學的認可度更高。
學校層次方面的比較
如果只是從學校的角度來看，中國海洋大學是985工程大學和雙一流建設A類大學，南京航空航天大學只是211工程大學和一流學科建設高校，兩所學校的層次差了一個臺階。中國海洋大學層次更高，在考研、選調生考試等方面更有優勢。
地理位置方面的比較
中國海洋大學位於青島市，青島是山東省經濟最發達的城市，也是全國5個計劃單列市之一。南京是長三角滬寧杭三角區內的中心城市之一，長三角的經濟前景，比對青島所在的山東半島更好。所以從地理位置上來看，青島不如南京。
專業特色方面的比較
中國海洋大學的特色與強勢學科是海洋科學、水產，這兩個學科在第四輪學科評估中評級都是A+。但是這兩個學科相關專業就業質量一般，不是熱門專業。其他水平較高的專業有食品、環境、藥學等，就業也不是很熱門。相對熱門的計算機類、電子信息類專業水平也不錯。
南京航空航天大學的特色與強勢學科是航空航天、力學、機械等，這3個學科在第四輪學科評估中評級分別是B+、A-、A-。這類專業在就業中，力學就業不夠熱門，機械、航空等專業整體來說就業不錯。學校其他水平較高的專業有計算機類、電氣類、自動化類、軟體工程、交通運輸等，就業質量都是比較好的。
從專業的角度來看，南京航空航天大學就業熱門的高水平專業更多。
綜合以上幾歲個方面，如果考慮直接就業，對於理科生來說，中國海洋大學和南京航空航天大學當中，還是選擇南京航空航天大學比較好。如果考慮考研或選調生，中國海洋大學的機會更多。