第一，申請開辦診所的範圍有所不同：兩種證書都是由國家政策引導下進行的考試或者考核，在拿證後都具備開診所的資質。區別在於中醫(專長)醫師資格證能直接在當地開診所，直接備案;而持有執業醫師資格證的人員相對來說多了一道門檻——5年在其他醫療機構從業經歷，滿足條件後才能順利開業。
第二，執業範圍不同！專長醫師資格證執業範圍僅限於報考的某個特長，會什麼～考什麼～用什麼。中醫類別執業醫師執業範圍服務更全面，屬於全科執業。
第三，報考條件上的差異：1.中醫專長醫師資格證要求（新專長）：通過師承方式學習中醫或者經多年實踐有專業中醫技術的民間中醫，醫術確有專長的人員（有老專長證），可以申請參加中醫醫術確有專長人員醫師資格考核。2.中醫類執業醫師資格證：參加中醫執業醫師資格考試的考生分為三類：一類是具有國家承認全日制大專以上學歷的中醫學或者針推專業畢業生；一類是國家認可的以師承方式學習的人員（三年出師考助理再考執業醫師）以及有確有專長證的人員（老專長）；一類是符合報名條件的外籍人員和臺港澳居民。無論哪一類都必須符合學歷方面的要求！更多問題請@淘哥說中醫