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隨著消費者對果品品質要求的提高，果農們也越來越重視有機肥製作和使用，從事果園生產也必須保證充足的有機肥供應。但是生產中經常發生有機肥肥害問題，主要是有機肥沒有腐熟好造成燒根，其次是畜禽類有機肥中的化學物質，主要是其中用於消毒的火鹼等，造成果樹燒根。目前，有機肥無害化處理方法主要有物理方法、生物方法等幾種。現分別介紹如下：
生物處理方法
由於使用的微生物不同，有機肥生物無害化處理的堆、漚方法也有很多。
1.自製發酵催熟堆腐法
按米糠重量14.5%、油粕14%、豆渣13%、糖類8%、水50%、酵母菌0.5%的比例，先將糖類放在水中攪拌溶解，然後加入米糠、豆渣、油粕和酵母粉，在30℃左右的溫度中進行45天的發酵，最後用草木灰按1：1的比例摻混稀釋，攪拌均勻，即製成堆肥催熟粉。將糞便與稻草等膨鬆物按10：1的比例混合後，每100公斤混合肥中加入1公斤催熟粉進行堆腐。堆積10天進行第一次翻混，再隔10天進行第二次翻混，再過一周，堆肥熟化即完成。
2.酵素菌堆肥
原料配比是秸稈：麩皮：鈣鎂磷肥：酵素菌擴大菌：紅糖：幹雞糞=50：6：1：0.8：0.1：20(是原料公斤數，不是百分比)。將麩皮、鈣鎂磷肥、紅糖、酵素菌擴大菌摻混均勻後，再和雞糞一起依次撒在用水溼透的秸稈上，拌勻後堆於池內，稍微鎮壓，每天觀察堆肥的溫度、溼度。適宜的堆溫為60～65℃，溼度為50%～60%。堆肥呈黑褐色腐爛狀態且有光澤無任何異味時，即說明酵素菌堆肥堆制完成。堆漚時間20～30天。
3.EM多功能發酵菌堆腐法
把各種有機肥源如米糠、稻殼和麥秸(粉碎品)等充分拌和均勻→調整含水率30%～40%→將材料平鋪高度20～30公分→均勻噴灑「EM多功能發酵菌」→上面蓋透明的聚乙烯薄膜→溫度達到45～60℃時翻動3～4次→產生白色絮狀毛，無臭氣，即為發酵完成。夏天3～5天可完成，春季10～15天可完成，冬天適當加50℃的溫水以加快完成。發酵完成後仍要堆放數周后再施用，這樣可以把病原菌、蟲卵、草籽殺滅，把臭氣除去，同時可使肥料腐熟，提高肥效。
4.商品催腐劑堆肥
堆制技術要領是「水足、藥勻、封嚴」。水足：按秸稈與水1：1.7的比例，使秸稈溼透，確保發酵期的水分需要。藥勻：按溼透後的秸稈量的0.12%施足催腐劑，用噴霧器均勻噴施，邊噴邊拌。封嚴：將施藥後的秸稈堆垛成寬1.5米、高1米的秸稈堆，拍實，用土和泥密封，泥厚2公分。堆漚時間20～30天。
5.「301」菌劑堆肥
「301」菌劑生長周期短、繁殖快、易培養。可在短時間內使秸稈充分腐熟成秸稈肥，殺除病菌、害蟲、草籽。堆腐要點是「喝足、吃飽、蓋嚴」。喝足指秸稈必須充分溼透，水分充足是纖維素水解的關鍵。吃飽指要用足「301」菌劑和尿素。堆制時，將溼透的秸稈分三層堆積，一、二層各厚50～60公分，第三層厚30～40公分，在各層上部撒上「301」菌劑和尿素，用量比自下而上為4：4：2。蓋嚴是指堆積結束後，做好泥封，若冬季堆積，堆頂可蓋地膜增溫，或在堆內加少量驢糞、馬糞，以利前期提溫。夏秋季堆漚時間20～40天，冬季50～60天。
物理方法
高溫處理法
主要適用於堆肥，是利用有機物質分解釋放出的能量來提高溫度，以殺死肥料中的病蟲。高溫堆肥應掌握以下技術要點：
(1)堆制堆肥要求含水量是乾材料的60%～75%，即用手緊握材料時能有水滴擠出，表示水分適度。
(2)在堆肥堆制前期，要保持良好的通氣條件，必要時可設通氣塔、通氣溝等，後期要保持厭氣條件，可拆除通氣塔、堵塞通氣溝等，可壓緊、封泥、蓋塑料布等方法，以保存養分和促進腐殖質的積累。
(3)堆肥內部溫度可控制在50～60℃。當溫度高於65℃時，可翻堆或加水降溫，以利於氮素的保存。
(4)堆肥材料的碳氮比為25：1，以利於微生物對有機物質的分解，可在秸稈類肥料堆制過程中適量加入尿素。
(5)控制適宜的pH值。在堆制堆肥時，每50公斤秸稈加入1～1.5公斤的石灰等鹼性物質，以將堆肥的pH值調節在7.5左右。高溫堆肥的衛生標準是蛔蟲卵死亡率達95%～100%，有效控制蒼蠅孳生，堆肥周圍沒有活的蛆、蛹或新羽化的成蠅。
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