6月29日，由武漢大學臺灣研究所、臺灣兩岸統合學會、中國戰略文化促進會、香港中國評論通訊社聯合主辦的「甲午雙甲子學術研討會」在武漢大學珞珈山莊召開，來自海峽兩岸的40餘位著名學者、嘉賓參加會議。
武漢大學黨委副書記黃泰巖、海協會駐澳門辦事處主任王憲、兩岸統合學會理事長張亞中、香港中國評論通訊社副社長王平等出席大會開幕式並致辭，湖北省臺灣同胞聯誼會會長江利平、湖北省臺辦副主任郭化夷等蒞臨大會現場，開幕式由中國戰略文化促進會臺灣問題研究中心主任、武漢大學臺灣研究所學術委員會主任餘克禮主持。
武漢大學臺灣研究所所長、人文社科資深教授馮天瑜先生在大會基調發言中指出，中日甲午戰爭的歷史教訓至今猶在切身，以史為鑑，可知向近代文明轉型的速與遲，主動、認真與被動、敷衍，切關民族國家的生死存亡。我們亦應清醒地認識到，對外擴張是日本固有國策，有著深遠的歷史文化淵源，這種文化傳統至今仍在日本發生作用。
大會圍繞以下主題進行了四場研討，第一場研討會議以「甲午雙甲子與中華民族的發展」為題，中國社會科學院雷頤研究員指出，甲午時期因中國尚為一前現代國家，日本則已步入現代國家，中國失敗實有其必然性，然中華士人痛定思痛，汲取戰敗之教訓，開始反思制度文化，開啟了從依附性社會向倫理性社會的轉化歷程。臺灣海洋大學黃麗生教授以甲午戰敗臺灣被割讓與日本之事件為切入點，回顧了歷史上中國在「分裂時代」的國家認同意識，並探討兩岸中華民族的未來發展問題。湖北大學何曉明教授以「遲到的覺醒」為題，回顧和梳理了李鴻章在馬關條約籤訂前後的斡旋與作為。臺灣成功大學黃清賢副教授剖析了甲午雙甲子以來華夏兩岸所面臨的共同命運，並為未來的「兩岸統合」機制建言獻策。由湖北大學周積明教授主持會議，周積明教授尚提交論文，對日本歷史教科書中對甲午戰爭的論述進行了介紹和分析。
第二場研討會以「甲午雙甲子臺灣社會認同的變遷」為題，臺灣元培科技大學朱榮智教授對甲午戰爭後臺灣對國家認同意識的變遷進行了反思，並對兩岸交流方面的諸多問題提出了見解。臺灣師範大學潘朝陽教授提出，「乙未慘變」（馬關條約籤定）之後的臺灣，民眾中出現了忠貞與叛逆的兩種身份認同傾向，應予深刻反思。華中師範大學何卓恩教授從甲午後日據、國民黨統治、兩黨政治的三個階段著眼，分析了臺灣社會中的悲情意識與社會認同問題的相關性。臺灣佛光大學謝大寧教授探討了臺灣在甲午後百年內之六個時期的國家認同狀況的變遷。由兩岸統合學會理事長、臺灣大學張亞中教授主持會議。
第三場研討會以「甲午雙甲子日本對外性格與戰略的變與不變」為題，臺灣中央研究院林泉忠副研究員通過回顧雙甲子以來軍國主義在日本社會中的影響，對日本國運的興衰歷史進行了剖析和省思。武漢大學李少軍教授通過釐清1898年日本佔用漢口馬王廟碼頭長達20餘年的歷史，回顧了甲午戰爭後日本對中國長江流域航運的強權控制。臺灣東海大學陳永峰助理教授以「大陸國家」與「海洋國家」的歷史性抗拮為視角，分析了中日關係的當前狀況。日本千葉商科大學趙軍教授指出，清末海軍興起近代化歷程的同時，日本國權主義亦由此抬頭，並剖析了日本民間右翼派別的形成歷程。由武漢大學歷史學院任放教授主持會議。
第四場研討會以「東亞前瞻」為題，臺灣中山大學辛翠玲教授通過區域合作、中美關係等視角，分析了21世紀東亞發展局勢。美國加州大學聖地牙哥分校周錫瑞教授從一個美國學者的角度，對甲午戰爭提出了一些新看法。臺灣成功大學陳欣之教授著眼於中國大陸與日本、菲律賓及越南等國的海洋領土爭端，探討了未來的東亞區域戰略格局的走向。中國人民大學王英津教授通過歷史回顧，分析了當前海峽兩岸在南海問題上合作的助力、阻力與路徑。由中共中央黨校趙書剛教授主持會議，趙書剛教授尚提交論文通過回顧釣魚島主權歸屬的歷史，呼籲呵護這一份「中華民族的祖傳家業」。
兩岸學者在一整天的學術交流中各抒己見，從不同的學術領域和視角對「甲午」這一中日近代史上的關捩點展開細緻的辨析，深入剖析與反思了自甲午以來臺灣地區的社會認同問題的變遷，並對「甲午」如何深刻影響了其後的東亞政治、經濟、文化等方面的歷史走向進行了回顧與前瞻。與會學者一致認為，在甲午雙甲子來臨之際，我們痛定思痛，更加深刻地認識到中華民族當奮起、當團結，應排除種種幹擾和阻力，在現代文明軌道上銳意精進。
會議期間，還先後舉辦了「國臺辦主任張志軍赴臺交流之意義及兩岸關係前瞻」座談會、「中華傳統文化教材編纂研討會」等研討活動。6月30日上午，在武漢大學研究生院院長、兩岸及港澳法制研究中心主任、法學院周葉中教授主持下，邀請兩岸統合學會理事長、臺灣大學張亞中教授以「兩岸統合與和平發展」為題舉辦講座。