消毒劑是指用於殺滅傳播媒介上病原微生物，使其達到無害化要求的製劑，它不同於抗生素，它在防病中的主要作用是將病原微生物消滅於人體之外，切斷傳染病的傳播途徑，達到控制傳染病的目的。人們常稱它們為「化學消毒劑」，按照其作用的水平可分為滅菌劑、高效消毒劑、中效消毒劑、低效消毒劑。
滅菌劑：可殺滅一切微生物使其達到滅菌要求的製劑。包括甲醛、戊二醛、環氧乙烷、過氧乙酸、過氧化氫、二氧化氯等。
高效消毒劑：指可殺滅一切細菌繁殖體(包括分枝桿菌)、病毒、真菌及其孢子等，對細菌芽胞也有一定殺滅作用，達到高水平消毒要求的製劑。包括含氯消毒劑、臭氧、甲基乙內醯脲類化合物、雙鏈季銨鹽等。
中效消毒劑：指僅可殺滅分枝桿菌、真菌、病毒及細菌繁殖體等微生物，達到消毒要求的製劑。包括含碘消毒劑、醇類消毒劑、酚類消毒劑等。
低效消毒劑：指僅可殺滅細菌繁殖體和親酯病毒，達到消毒劑要求的製劑。包括苯扎溴銨等季銨鹽類消毒劑、氯己定(洗必泰)等二胍類消毒劑，汞、銀、銅等金屬離子類消毒劑及中草藥消毒劑。
最常用的化學消毒劑按其化學性質不同可分為九大類：
含氯消毒劑是指溶於水產生具有殺微生物活性的次氯酸的消毒劑，其殺微生物有效成分常以有效氯表示。次氯酸分子量小，易擴散到細菌表面，並穿透細胞膜進入菌體內，使菌體蛋白氧化導致細菌死亡。含氯消毒劑可殺滅各種微生物，包括細菌繁殖體、病毒、真菌、結核桿菌和抗力最強的細菌芽胞。這類消毒劑包括：無機氯化合物，如次氯酸鈉(10%—12%)、漂白粉(25%)、漂粉精(次氯酸鈣為主，80%—85%)、氯化磷酸三鈉(3%—5%)；有機氯化合物，如二氯異氰尿酸鈉(60%—64%)、三氯異氰尿酸(87%—90%)、氯銨T(24%)等。無機氯性質不穩定，易受光、熱和潮溼的影響，喪失其有效成分，有機氯則相對穩定，但是溶於水之後均不穩定。它們的殺微生物作用明顯受使用濃度、作用時間的影響，一般說來，有效氯濃度越高、作用時間越長消毒效果越好。PH越低消毒效果越好；溫度越高殺微生物作用越強；但是當有機物(如血液、唾液和排洩物)存在時消毒效果可明顯下降。此時應加大消毒劑使用濃度或延長作用時間。但是高濃度含氯消毒劑對人呼吸道黏膜和皮膚有明顯刺激作用，對物品有腐蝕和漂白作用，大量使用還可汙染環境。因此，使用時應詳細閱讀說明書，按不同微生物汙染的物品選用適當濃度和作用時間，一般說來，殺滅病毒可選用有效氯1000mg/L，作用30min。此類消毒劑常用於環境、物品表面、食具、飲用水、汙水、排洩物、垃圾等消毒。
過氧化物類消毒劑：由於它們具有強氧化能力，各種微生物對其十分敏感，可將所有微生物殺滅。這類消毒劑包括過氧化氫(30%—90%不等)、過氧乙酸(18%—20%)、二氧化氯和臭氧等。它們的優點是消毒後在物品上不留殘餘毒性，但是，由於化學性質不穩定須現用現配，使用不方便，且因其氧化能力強，高濃度時可刺激、損害皮膚黏膜、腐蝕物品。其中過氧乙酸常用於被病毒汙染物品或皮膚消毒，一般消毒物品時可用0.5%，消毒皮膚時可用0.2%—0.4%作用時間為3min。在無人環境中可用於空氣消毒，用2%過氧乙酸噴霧(按8ml/m3計算)，或加熱過氧乙酸(按1g/m3計算)，作用1小時後開窗通風。二氧化氯可用於物品表面消毒，濃度為500mg/L，作用30min。臭氧也是一種強氧化劑，溶於水時殺菌作用更為明顯，常用於水的消毒，飲用水消毒時加臭氧量為0.5—1.5mg/L，水中餘臭氧量0.1—0.5mg/L維持10min可達到消毒要求，在水質較差時，應加大臭氧加入量，3—6mg/L。
醛類消毒劑：包括甲醛和戊二醛。此類消毒為一種活潑的烷化劑作用於微生物蛋白質中的氨基、羧基、羥基和巰基，從而破壞蛋白質分子，使微生物死亡。甲醛和戊二醛均可殺滅各種微生物，由於它們對人體皮膚、黏膜有刺激和固化作用，並可使人致敏，因此不可用於空氣、食具等消毒。一般僅用於醫院中醫療器械的消毒或滅菌，且經消毒或滅菌的物品必須用滅菌水將殘留的消毒液衝洗乾淨後才可使用。
醇類消毒劑：最常用的是乙醇和異丙醇，它可凝固蛋白質，導致微生物死亡，屬於中效水平消毒劑，可殺滅細菌繁殖體，破壞多數親脂性病毒，如單純皰疹病毒、B型肝炎病毒、人類免疫缺陷病毒等。醇類殺微生物作用亦可受有機物影響，而且由於易揮發，應採用浸泡消毒，或反覆擦拭以保證其作用時間。醇類常作為某些消毒劑的溶劑，而且有增效作用。常用濃度為75%，據國外報導：80%乙醇對病毒具有良好的滅活作用。近年來，國內外有許多複合醇消毒劑，這些產品多用於手部皮膚消毒。
含碘消毒劑：包括碘酊和碘伏，它們賴以滷化微生物蛋白質使其死亡。可殺滅細菌繁殖體、真菌和部分病毒。可用於皮膚、黏膜消毒，醫院常用於外科洗手消毒。一般碘酊的使用濃度為2%，碘伏使用濃度為0.3%—0.5%。
酚類消毒劑：包括苯酚、甲酚、滷代苯酚及酚的衍生物，常用的煤酚皂，又名來蘇爾，其主要成分為甲基苯酚。滷化苯酚可增強苯酚的殺菌作用，例如三氯強基二苯醚可作為防腐劑已廣泛用於臨床消毒、防腐。
環氧乙烷又名氧化乙烯，屬於高效消毒劑，可殺滅所有微生物。由於它的穿透力強，常將其用於皮革、塑料、醫療器械、用品包裝後進行消毒或滅菌，而且對大多數物品無損害，可用於精密儀器、貴重物品的消毒，尤其對紙張色彩無影響，常將其用於書籍、文字檔案材料的消毒。
此外，還有雙胍類和季銨鹽類消毒劑，它們屬於陽離子表面活性劑，具有殺菌和去汙作用，醫院裡一般用於非關鍵物品的清潔消毒，也可用於手消毒，將其溶於乙醇可增強其殺菌效果作為皮膚消毒劑。由於這類化合物可改變細菌細胞膜的通透性，常將它們與其他消毒劑復配以提高其殺菌效果和殺菌速度。