2019年，北京清華長庚醫院進入運營的第5年。在1月23日舉行的新聞發布會上，醫院執行院長董家鴻表示，經過4年的發展，醫院已完成一期綜合學科體系的構建，一期1000張病床已經開滿，佔床率達到95%以上，醫院將於2019年啟動二期工程建設，並在清華大學人事制度改革確定臨床醫學教師隊伍建設制度後，再次面向海內外發出「人才召集令」。
啟動二期工程打造「京北區域醫療中心」
作為「回天計劃」的重要工程項目之一，北京清華長庚醫院將在現有院區進行二期工程建設，規劃500張病床。該項目已被納入北京市政府重大項目綠色審批通道，依北京市發展與改革委員會的排程，項目計劃於2020年正式開工，預計4年完工。
婦兒屬於北京天通苑地區需求最大的專科之一，為順應民眾的需要，在北京市醫管局的支持和指導下，醫院在二期工程內加入了「京北婦兒中心」的重點規劃。
值得一提的是，北京清華長庚醫院將作為京北地區急重症救治中心，重點涵蓋卒中、胸痛、創傷與孕產婦救治工作；同時，藉助國家京津冀一體化發展戰略，以二期工程建設為支撐，全面提升醫院整體醫療服務效能，重點打造具有學術與醫療技術持續創新引領力的肝膽胰中心、器官移植中心、神經中心、消化中心、腫瘤中心等優勢學科。
人才工程升級發出人才召集令
北京清華長庚醫院一直以來將人才工作列為重點，醫院一方面已經啟動青年骨幹人才出國培養「百人計劃」，並將在2019年進一步加大力度，另一方面，醫院將配合即將出臺的清華大學臨床醫學人事制度，面向海內外引進醫教研能力突出的人才。「具體人事制度方案將由清華大學發布，在此我代表北京清華長庚醫院向海內外發出人才召集令，加入我們這個具有開拓創新充滿活力的團隊，共同打造國際一流的卓越醫學中心。」董家鴻說。
人事制度改革是當前國家醫改的重要環節，特別是在薪酬體系改革方面，北京清華長庚醫院借鑑臺灣長庚的管理經驗，已經形成成熟的系列方案，並將繼續優化。醫院於2016年5月起推行醫師費制度（Physician Fee，簡稱PF），即根據醫師臨床執業之專業性、獨立性、主導性與責任性，設立醫師專業技術報酬，以醫師技術能力與辛勞付出程度為基準，依醫師投入、風險、技術程度予以核定，核算範圍涵蓋臨床、教學、科研及社會貢獻。
「研究型醫院」工程力推學科建設
董家鴻指出，北京清華長庚醫院自2019年起將以「研究型醫院」建設為重點，以建設國際一流醫學中心為目標，持續升級學科建設。為此，醫院確定2019年為「學科提升年」，以學科建設為引擎，全面提升人才隊伍，醫療、教學、科研和管理水平。醫院將完成高水平的科研與教學平臺建設，紮實推進人才培養工作，在清華大學推行多學科與醫學的交叉創新融合，引領臨床醫學轉化研究。
經過4年，醫院在發展『強專科』拳頭技術的同時，將同時注重人才培養與臨床研究，如肝膽胰中心不僅具有終末期肝包蟲病患者的體外肝切除自體餘肝移植技術，採用精準肝臟外科範式為肝癌患者進行精準肝切除術等，在獲得肝移植資質的一年時間裡，即開展了百餘例肝移植手術，而且同時開展多項臨床研究項目，包括肝包蟲病的防治、精準肝膽外科技術研究等；
北京清華長庚醫院自開院即借鑑臺灣長庚紀念醫院的管理經驗與運營模式，將「以患者為中心」的理念為文化內核，推行具有創新性和借鑑性的改革舉措，2019年將繼續推行改善醫療服務行動計劃，讓患者就醫更有獲得感。