1.馬來亞大學
馬來西亞排名最高的大學是馬來亞大學，這是一所公立研究型大學，總部位於馬來西亞聯邦首都和最大城市吉隆坡，吉隆坡也是QS最佳學生城市。馬來西亞歷史最悠久的大學馬來亞大學成立於1949年，由鄰近的幾所現有學院合併而成。學校開設各類課程，在校本科生14580餘人，研究生13700餘人。
馬來西亞大學在最新的QS亞洲大學排名中排名第24位，在2019年QS世界大學排名中並列第87位。受到很多國際學生的選擇，尤其是研究生階段的國際學生人數很多。2017年，超過20%的研究生來自馬來西亞境外的國家。
2.馬來西亞國民大學
馬來西亞排名第二的大學是馬來西亞國民大學，也被稱為馬來西亞國立大學。與馬來西亞大多數頂尖大學一樣，馬來西亞國民大學是公立大學，有相當多的本科生和研究生入學，教授廣泛的學科，並且有實力很強的研究重點領域。它的主校區位於吉隆坡以南雪蘭莪地區的小鎮班吉。
馬來西亞國民大學在QS亞洲大學排名中排名第43位，在QS世界大學排名中並列第184位。馬來西亞國民大學成立於1970年，也是QS全球50所50歲以下大學的排名之一。該校在吸引海外教師方面的成績尤其突出，在該指標上排名亞洲第12位，比馬來亞大學高出兩名。
3.馬來西亞博特拉大學
馬來西亞博特拉大學是另一所公立研究型大學，位於吉隆坡以南的沙登鎮，在亞洲排名第36位，在世界排名第202位。馬來西亞博特拉大學最初是一所農業學院，專注於農業和林業領域的研究和教學，但現已發展成為一所綜合性大學，提供所有學科領域的課程。與馬來西亞其他頂尖大學一樣，該校招收了大量國際學生，尤其是研究生。
4.馬來西亞理科大學
其次是馬來西亞理科大學，在亞洲排名第46位，在世界排名第207位。作為一所涵蓋廣泛學科領域的公立研究型大學，馬來西亞理科大學的主校區位於檳榔嶼的喬治敦，另外兩個校區分別位於馬來西亞半島大陸的西部和東部，專注於工程和醫療。馬來西亞理科大學擁有馬來西亞最高的每名教師發表的研究論文得分，以及第二高的每篇論文的研究引用分數，僅次於馬來西亞沙撈越大學，反映了其作為該國頂尖研究中心之一的地位。
5.馬來西亞理工大學
馬來西亞理工大學是一所以工程和技術為重點的公共機構，它有兩個主要校區：一個位於聯邦首都吉隆坡，另一個位於柔佛州巴魯，這是馬來西亞大陸南端的一座城市。它教授各種專業的本科和研究生課程，大多數學院都在工程和技術領域，但也有專門從事科學、生物科學和醫學工程、管理和人力資源的學院。馬來西亞理工大學在最新的QS亞洲大學排名中排名第49位，在QS世界大學排名中排名第228位。
6.馬來西亞石油大學
馬來西亞石油大學是馬來西亞另一所最年輕的大學，成立於1997年，僅21年，在亞洲排名第101位，在世界排名第521-530位。這所大學是馬來西亞國家石油天然氣公司的子機構，提供了大量以行業為重點的工程、科學和技術項目，涵蓋所有研究層次。在QS星評體系中，學校整體得分為五星，教學、設施、就業能力、國際化水平均為五星。
7.馬來西亞北方大學
馬來西亞北方大學在亞洲排名第131位，在全球排名第601-650位，主要位于吉達州的新託克，但它在吉隆坡也有一所非住宅校區。它成立於1984年，是馬來西亞唯一一所專門從事管理教育的大學。它的主校區佔地1061公頃，周圍環繞著美麗的風景，包括107英畝的森林向所有人開放，有高爾夫球場、卡茲賽道和馬術場地等設施。
馬來西亞其他的頂尖大學
其他進入了亞洲前250名的馬來西亞大學包括：泰萊大學、瑪拉工藝大學、馬來西亞國際伊斯蘭大學、馬來西亞多媒體大學、思特雅大學、管理與科學大學、林國榮創意科技大學、馬來西亞玻璃市大學、馬來西亞沙巴大學、馬來西亞國家能源大學和馬來西亞沙撈越大學。