一、C9是什麼？
九校聯盟（C9 League），簡稱C9，是中國首個頂尖大學間的高校聯盟，包括北京大學、清華大學、復旦大學、上海交通大學、南京大學、浙江大學、中國科學技術大學、哈爾濱工業大學、西安交通大學共9所高校。
二、入選C9的依據？
（一）上層建築需要
劃重點，「國家首批985重點建設的一流大學」，這句話背後的深意是什麼？C9高校的選取是國家上層建築決定的結果，即能入選C9高校實力是一定的，關鍵還要符合上層建築需要，這裡的上層建築具體就是這段話：「為了實現現代化，我國要有若干所具有世界先進水平的一流大學。」1999年，國務院批轉教育部《面向21世紀教育振興行動計劃》，「985工程」正式啟動建設。」即當時的高層選擇了上述9位種子選手去衝擊世界一流高校。把時間倒退到，90年代，這幾所高校的選擇是時代和歷史的必然。
（二）社會發展需要
90年代，最大的口號是什麼「四個現代化」、」科教興國，人才強國」戰略，具體到教育領域就是理工科主導的大學辦學格局，學好數理化走遍世界都不怕，在90年代甚至21世紀初都還是整個社會的共同認識。
題外話：當下最熱門的財經類專業，在當時並不是最熱門的專業，如80年代，改革開放初期，哲學、文學等專業其實並不像現在這樣偏冷門，理工科是大熱門，關鍵是大學並未擴招，真正競爭壓力大的是你進入大學之前，「學歷在手，天下我有」，當時本科生畢業拿到「鐵飯碗」的工作並不像現在這麼難，因此大家在選擇入學專業，沒有大家現在這麼講究。
三、同濟等名校為什麼沒能進入？
（一）為什麼是這九所高校？
清北不做討論，其實復旦、上交也是不需要討論的，簡要說下：
1.上海交通大學：就學科實力上，上交絕對配得上C9,又處於定位為經濟中心的上海，入選當之無愧。
2.復旦大學：和上交類似，此外九十年代復旦的社會影響力絕對是僅次於清北的存在，九十年代沒有發達的網絡，人們對於大學的認知非常簡單，甚至都有可能是別人的一句話，所有才有某落後地區高考生，填報志願時，只知道清華北大。
3.浙江大學：考慮下時代背景，浙大應該是我國大學中最早開啟院校合併的知名大學。合併後的浙大學科實力大增，甚至有部分排名都在清北之上，當時入選無異議。至於沒合併的浙大能否入選，這個誰也回答不了，就好比關公戰秦瓊，不可能的事情，何必假如呢。
4.南京大學：有老中央大學的底子，主要文理尤其是部分理科專業太牛逼，這麼說吧，合併大學浪潮過後，南大的綜合排名仍是前七，合併大潮過程中他只是個旁觀者，可想而知南大當時有多麼強大。
5.中科大：考慮到當時的社會背景及中科大的江湖地位，其實其入選無異議。
題外話，其實中科大在理工科的地位，類似於人大在人文社會科學中的地位。
6.西安交大：當時的中西部第一高校。不要問我武大？武大當時還沒合併，現在的排名都是整合過後的兩校了。
7.哈工大：工科的地位僅次於清華，當時「科教興國，人才強國」發展理工科的大背景，其入選並未不妥。看下哈工大的發展裡程，簡直就是一路開掛，每次重點大學建設計劃，都沒錯過。
題外話：90年代，東北還沒衰落，那時候應該算是除了沿海部分地區外發展水平很好的地區，人才流失相較於現在應該並沒有這麼嚴重。
（三）同濟及其他高校為何未入選
先分析下其他實力院校，先後順序與實力無關：
武漢大學：武大當時只有現在的文理部分，測繪、水利、醫學還沒有，即使現在武大的工科仍是其比較薄弱的學科，一個文理強勢，工科薄弱的武大，在當時是無法撼動西交和哈工大的。至於2000年四校合併後的武大就不做討論了，木已成舟，討論有何意義。
吉林大學：吉林大學情況和武大類似，其實目前的吉大相較於老吉大已發生了質的變化。
題外話：中國人民大學都沒進，東北人民大學可以暫緩下，太扎心了，老鐵！
中國人民大學：人大的人文社會科學太強大，未入選主要是認識原因。
南開大學：南開的實力毋庸置疑，90年代，在信息很閉塞的鄉下，就聽過清華、北大、復旦、南開、交大，其實知道交大的都很少，所以南開真的是個謎，交給評論區的大神吧！
題外話：南開在90年代無論知名度還是學科實力都是有的，但為什麼沒進，真的是和天大合併才能進，感覺多少有點牽強，關鍵是無確切佐證的事實，估計對大家來說都是個迷，評選首批985的時候，當時信息又閉塞，如今20年過去了，估計只能是個謎了。
中山大學：題主是北方人對中大相對了解少一點，但純學科實力來講，當時中大並未合併中山醫科大學，就工科實力和西交、哈工大還是有差距的，中大偏文理經管等專業，這倒是其一。其二，即使20年後的今天，中山大學的區域影響力可只還局限於廣東，輻射部分廣西地區，沒辦法珠三角的經濟太發達了，中山大學畢業生完全可「自產自銷」，這在為學生提供便利的同時，也使得中山大學的影響區域一直受限。南開（華北）、吉大（東北）、武大（華中）的影響力是區域性的，南開甚至是全國性的。其實，中山大學沒能在學科實力上做到全國前五，可以稱得上中國高校史的「哥德巴赫猜想」了，經濟基礎好、國際化程度高，高校發展的各項有利條件都具備，這些應該是題外話了。總結下，中山大學和武大、吉大 是類似的，當時也沒合併，理工相關專業還無法撼動西交和哈工大的。
題外話：同濟為何沒能進入首批985的真實原因
同濟大學的實質是所理工科院校，但與其他理工科院校又不同，其強勢的專業幾乎都完美的避開了科學技術是第一生產力這句話，在學科實力方面與C9當中的哈工大、西交其實差距並不是特別大，只是在當時需要技術發展的大背景下 ，以建築、土木等學科為主幹的同濟入選C9顯然無法服眾。