在大家所熟悉的學校都是很熱鬧的，裡面有很多的同學和老師。但是日本有一所「最孤獨」的中學，專門為一個人設立的，他畢業之後這所學校就會「關閉」。
這所學校位於日本的「飛島」，這是一座日本知名的老人島，島上幾乎都是65歲以上的老人。年輕人早已離開，為數不多的孩子也都去了大城市。
10年前，這座小島迎來了島上唯一的學生—澀谷新，新君因父親工作的關係，5歲的他便跟隨父母來到了這座小島。
在新君來到島上之前這裡學校都是休息狀態，那新君上學問題該怎麼解決呢？不用擔心！他的到來直接讓島上一所休校6年的學校「原地復活」！
6年後，新君又直接升入「飛島中學」，學校給他配了5名老師，校長1位、教導主任兼社會、國語老師、班主任兼英語、美術、技術老師、副班主任兼數理、音樂、保體科老師、以及一位生活老師。
而由於只有一個學生，當然課桌椅也就只有一套，所以新君平時就是在老師眼皮子底下上課的，多對一教學（想開小差，不存在的...）
一對一書法課
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一對一劍道課
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一對一手工課
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一對一指導的樂器課
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一對一教導的化學課
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一對一輔導的物理課
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有時候老師們沒事，會聚集起來監督新君上課。（這心理承受能力要多好）
不僅上課，就連午飯時間也和老師「形影不離」...
儘管全島、全校就他一個學生，但是新君的學生時光，或許比許多人都要豐富！
放了學，新君就跟隨爸爸去釣魚，小小年紀早已練就一身，超強的「殺魚技術」。
還會跟村民們學種土豆、種大蔥；幫老人收割田裡的蔬菜。
學習摺紙花、，織毛衣，生活技能一樣都沒落下...
他被一座島的人們愛著，島上的幾乎每位老人都在教育著新君，直到他畢業。
不過畢竟是孩子，在這個需要朋友的年級，島上只有他一個孩子，於是老師想盡辦法安排很多交流活動。讓他去別的學校參加運動會、音樂會、結交同齡朋友。
就這樣，新君不僅收穫了一幫亦師亦友的「忘年交」，也憑藉自己的魅力擁有了不少同齡朋友。
時間飛逝，那個三年前獨自站在講臺上發表入學宣言的新君，如今站在同一個地方發表畢業致辭。
他的畢業典禮，從校長到老師，大家全部正裝出席。許多島上居民也特意趕來，沒有人因為只有一個學生而怠慢。大家用最鄭重、最莊嚴的儀式，告訴這個孩子：恭喜你，畢業了。
他在畢業致辭中講到：雖然沒有前輩和同年級的學生，一直都是一個人，但我並沒有感到孤單寂寞。
大家明白這是發自肺腑的話，因為他真的是被大家寵大的。
拍畢業照時，澀谷新捧著畢業證，坐在第一排中間和大家合影。
而隨著新君的畢業，飛島中學也迎來了再一次閉校，原來學校的老師也都被分派到了其他地方。
對此，澀谷新表示：希望學校只是暫時休校，在將來的某一天還能再開校。
而對於島上唯一的學生將要畢業島上的爺爺奶奶們也表示不舍，記者採訪了一位奶奶，新君畢業是什麼感想...
奶奶回答：「當然很落寞啊」，「以後就聽不到孩子的聲音了」
也許這座島上之後不會再出現小孩，年輕的人之後會越來越少。但是學校為了學生所付出：哪怕只有一人，卻沒有因為人數的關係而懈怠，既教授文化知識，又把在踏上社會後所需要的技能教給他的行為，讓人感覺特別溫暖，也值得我們學習。
教育，既要教書，也要育人，缺一不可。