「人類是原子，即使每一個個體都很平凡，無自覺的活在世上，然而一旦成為結合體，就會戲劇性地實現物理法則。這個世界上沒有任何個體不具有存在的意義，沒有任何一個。」
法國的數學家拉普拉斯曾經提出過一個假設，他認為，如果有一個人能知道某一刻所有自然運動的力和所有自然構成的物件的位置，假如他也能夠對這些數據進行分析，那宇宙裡最大的物體到最小的粒子的運動都會包含在一條簡單公式中。對於這個人來說沒有事物會是含糊的，而未來只會像過去般出現在他面前。這樣的人，被後人稱為拉普拉斯妖。而東野圭吾的《拉普拉斯的魔女》正是講述的有這樣一種「超能力」的人。
小說的開頭，是兩起溫泉中的硫化氫導致意外死亡的案件。雖然警察在這兩起案件中發現有共同點，但是並沒有證據證明這是謀殺案。協助調查的教授也認為這不可能是人為的。這兩起案件的死者都是影視領域的，而且在調查中，教授發現有一個女生出現在了兩個案發現場，於是他開始調查這個女生。在與這個女生，圓華，的幾次相處中，教授發現她有預測的能力，而且圓華的父親是一個非常有名的腦科學家。最終，教授也從圓華的父親羽原博士那裡得知了事情的真相。
幾年前，羽原博士曾治好過一個植物人，謙人。謙人不僅從植物人的狀態中甦醒過來，甚至出現了預測的超能力，在羽原博士以及其他科學家的研究及改造下，謙人成為了那個拉普拉斯的惡魔，這個改造的計劃被命名為拉普拉斯計劃。而那兩起看起來像是意外的硫化氫中毒案件，就是謙人通過精密的計算及預測完成的不可能的謀殺案。圓華自願參加了拉普拉斯計劃，改造後成為了拉普拉斯的魔女。她也猜測到謙人與那兩起案件有關。
謙人之所以這樣做，是因為他的父親才生。才生是個追求完美的導演，因為自身性格上的缺失，他一直認為自己的家庭是不完美的。雖然才生在博客上塑造出了一個完美的家庭，但實際上他和家人的關係並不好。才生認為，如果一個人不夠完美，那麼這個人對世界就是無足輕重的。為了讓他的家人變得完美，為了可以拍出一部完美的電影，才生用硫化氫殺死了妻子和女兒，兒子則成了植物人。他用這個案件編造出一個戲劇化的故事出版，並且電影化。在才生看來，原本平庸的家人在他的幫助下完美了。最初兩起案件中的死者就是才生的共犯。這一切都是才生親口告訴謙人的，謙人因此對父親充滿了仇恨，在成為拉普拉斯的惡魔後，他開始了復仇計劃。計劃的最後一步就是才生。在與才生對峙的時候，謙人說，「推動這個世界運轉的並不是一小部分天才，或是像你這種瘋子，那些乍看之下很普通，看起來好像沒有價值的人才是重要的構成要素。人類是原子，即使每一個個體都很平凡，無自覺的活在世上，然而一旦成為結合體，就會戲劇性地實現物理法則。這個世界上沒有任何個體不具有存在的意義，沒有任何一個。」最後謙人被圓華阻止，才生卻選擇結束了自己的生命。
在整個故事中，我們可以看到謙人和圓華在獲得超能力後作出了不同的選擇。謙人因為恨開始復仇，而圓華選擇做一個好人。這個選擇跟從小長大的環境不無關係。謙人一直跟父親關係不好，更何況父親還是個有性格缺失的完美主義，才生不愛他的家庭，不愛他的家人。圓華成長在一個幸福的家庭，雖然小時候她和母親曾遭遇颱風，在颱風中，母親為了救圓華去世了。圓華之所以想成為拉普拉斯的魔女，也是想推算出當年不讓母親遇害的方式。
在擁有超能力之後選擇做一個好人，做一個英雄是需要很強大的責任感的。就算有了超能力，也不代表必須要幫助他人，或者拯救世界。我們在電影中看到的超級英雄們每一個都有著對自己城市的人，甚至是全人類的無私的愛。他們願意為了保護那些素不相識的人犧牲自己。雖然《蜘蛛俠》中有一句話，能力越大，責任越大。至於要不要承擔起這個責任，還是得看個人的選擇。也有人選擇用超能力滿足自己的欲望，甚至做出不好的事情。
超能力的不同用法是因為每個人有不同的想法。心中究竟是善還是惡，是利益還是愛，這些都是一念之間的選擇。