懸崖上的金魚姬，是來自日本漫畫家宮崎駿的作品。
一如宮崎駿先生往常的作品一樣，這也是一部充滿了想像力和童真的動漫，讓人仿佛回到了童年，再一次重溫了孩提時代的爛漫、質樸的善惡觀。
五歲的宗介與媽媽理莎，住在一個靠海小村莊的山崖上。身為船長的爸爸常年出海，留下宗介與媽媽一起生活。每當父親的船經過的時候，宗介和媽媽都會用燈語和父親交流。
這天，當他在山崖下下的海灘上玩耍時，他遇到了被困在玻璃瓶裡的小金魚，宗介救出了它，並取名為波妞，小心翼翼地將她養在水桶裡。
由於父親的長期離開，宗介其實是一個缺少父母陪伴的孩子，也正是因為如此，逐漸養成了孤僻不愛說話的性格，但是波妞的出現改變了這一現狀。
波妞與宗介相互著迷，，宗介跟波妞說：「別擔心，我會保護你、好好照顧你。」。
宗介將自己的吃的，好玩的玩具都拿給波妞分享。兩人的感情也逐漸升溫，兩人成為了彼此內心深處的牽掛。但是波妞的父親魔法師藤本，逼著波妞跟他回海裡。波妞堅決不肯並開始大吵大鬧，她心意已決，要變成人類小女孩回到宗介的身邊，於是波妞偷走了父親的魔法藥劑，將其倒在了海水之中，在藥劑的作用下，波妞逐漸從一條金魚變成了一個人類小女孩。
但是這個舉動也造成極大的動蕩，海平面開始快速上升，波妞的妹妹們都變成了魚形的巨大海浪併吞噬了宗介住的小鎮，還差點連宗介山崖上的家都波及。但是波妞終是回到了宗介的身邊，他們相擁在一起，喜悅和思念溢於言表。
夜晚，宗介的媽媽給兩人煮了拉麵，因為知道波妞喜歡吃煎蛋宗介將自己碗裡的煎蛋給了波妞。
兩人吃完拉麵，便相擁睡去。一覺醒來，卻發現媽媽由於大水被困在了工作的養老院。於是波妞用魔法將宗介的玩具船變成了真的小船，兩人就這樣坐著船出發了，踏上了尋找媽媽的旅途。在旅途中，他們遇到其他坐船逃離的家庭，在看到一位母親需要吃的時候，波妞毫不猶豫地給出了自己包中愛吃的食物，童真便是如此的美好，乾淨。
但是，由於魔法藥劑的作用逐漸消失，小船變回了玩具船，波妞也陷入了沉睡，但是宗介選擇背著波妞繼續趕路。在電影的最後，宗介終於和媽媽重聚，而波妞的父親也被宗介和波妞兩人的感情觸動，放下對於人類的成見，最終不再幹擾兩人的感情。
電影中，波妞的父親問願不願意為了宗介而失去魔法，波妞毫不猶豫地回答願意。而宗介的母親在問宗介介不介意波妞是一條金魚的時候，宗介的反應也是毫不猶豫的不介意。兩個人的感情是沒有任何雜質的，純粹而令人嚮往。