扁桃體結石多發生於扁桃體上隱窩中，如此處長期阻塞，分泌物引流不暢，乾酪樣物積聚，致不易溶解的鈣、鎂等無機鹽沉積而成結石。其核心可為小異物、脫落的上皮細胞或細菌等。在有纖毛菌絲的周圍亦常可發生結石。
結石可為一個或多個，從芝麻至核桃大小，有報告一扁桃體結石重6.4克，散布於咽壁淋巴組織的結石，形小、質軟、易碎；扁桃體結石則較大，堅硬如石。包埋於黏膜下的結石，表面多呈結節狀。黏膜表面可因受壓糜爛，發生流膿瘻管，常使扁桃體上隱窩和舌顎弓粘連。
症狀如慢性扁桃體炎。若結石周圍有化膿感染，可有咽痛不適與反射性耳痛；重者感吞咽困難，言語含糊不清，口涎增多，張口受限等。有感染時，常自覺口臭。有時結石可自扁桃體上陷窩或舌顎弓處破出。
小結石可用刮匙或鉗子挖出，大結石須在表面麻醉下切開黏膜取出，但須防止墜入呼吸道。