醫學系歷史悠久，與古老的安徽醫科大學共同走過了七十多年的風雨。建系以來，秉承"團結、勤奮、求實、創新"的校訓，始終遵循嚴謹治學的精神，主動適應社會發展需要，不斷改革人才培養模式，注重培養德智體美全面發展的創新型人才。設有臨床醫學、康復醫學、麻醉醫學、影像醫學四個專業。校友遍布世界各地，許多人已成為醫療衛生行業的骨幹力量。
（1）臨床醫學（七年制）專業
本專業培養適應二十一世紀醫藥衛生事業建設需要的德、智、體全面發展的具有紮實醫學理論知識和實際工作能力、達到碩士水平的創新型高級醫學人才。實行"七年一貫，本碩連讀，加強基礎，注重素質，整體優化，面向臨床"的培養方式，七年共計將有450餘名教授、副教授參與學生的素質培養與理論教學，加強對學生醫學基礎理論和基本知識的傳授，注重學生對疾病的預防、診斷、治療等方面能力的基本訓練，要求學生具有對人類疾病的病因、發病機製作出分類鑑別的能力，同時具有較強的外語和計算機應用能力。
本專業主要開設高等數學、物理學、化學、生物學、人體解剖學、組織胚胎學、病原生物學、免疫學、生物化學、生理學、病理學、藥理學、診斷學、醫學心理學、內科學、外科學、兒科學、婦產科學、預防醫學等課程。另外開設選修課30門左右供學生選修。教學分基礎、臨床兩段式進行。基礎階段要求學生掌握基礎醫學的基本理論知識和實驗技能，主要培養學生的科研素質和創新能力；臨床階段主要培養學生對常見病、多發病，特別是疑難雜症的分析和診治能力，具有一定的科研能力，並完成碩士學位論文。
（2）臨床醫學專業
本專業學制五年，主要培養綜合素質較高，基礎知識雄厚，專業知識豐富，具有創新精神，能適應醫療、教學、科研工作需要、適應終身教育的高級醫學人才。要求學生紮實地掌握本專業所必備的基礎理論、基礎知識和基本技能，並能運用所學的知識和技能防治常見病、多發病及處理一般疑難急重病症；初步掌握中醫的基本理論和基本技能；能閱讀一種外文專業書刊；具有初步科學研究能力。畢業後主要在醫療衛生機構、醫藥衛生管理機構、藥品生產及營銷機構工作，還可在醫學教育和科研機構就業。
本專業主要開設人體解剖學、細胞生物學、組織胚胎學、免疫學、病原微生物學、生理學、生物化學、病理學、藥理學、診斷學、內科學、外科學、婦產科學、兒科學、精神病學等課程。實習一年。
（3）臨床醫學（康復醫學）專業
本專業學制五年，主要培養知識面寬、品學兼優、身體健康，能對臨床上各種急慢性疾病引起的功能障礙和殘疾人獨立進行康復機能評價和康復治療的高級專門人才，要求學生在學習基礎醫學和臨床醫學理論的基礎上，掌握康復醫學基礎理論和專業技能，學生畢業後具備初步科研能力，能從事康復機能評價和康復治療工作，可適應醫療機構、體育衛生單位、藥品營銷企業、健身康復機構和康復訓練器材生產營銷企業的工作。
本專業主要開設基礎醫學、臨床醫學、康復醫學、康復臨床學、康復治療學、體育鍛鍊方法學、康復技能評估、社區康復。實習一年。
（4）醫學影像學專業
本專業學制五年，培養具備基礎醫學、臨床醫學和現代醫學影像學基本理論知識和能力，能在醫療衛生及科研單位從事醫學影像診斷、介入放射和醫學成像等臨床和科研工作的醫學高級專門人才。要求學生通過五年的在校學習，掌握醫學專業基礎理論和基本技能；掌握現代醫學影像學的基本原理、特點和初步臨床應用；並具有初步的科學研究能力。畢業後具有從事醫學影像診斷、介入放射和醫學成像技術工作能力，能在醫院影像、介入放射、同位素等科室從事醫療、科研和管理工作。
本專業主要開設基礎醫學、臨床醫學、醫用電子學基礎，影像診斷學、超聲診斷學、核醫學、影像技術學、介入放射學、影像解剖學、影像設備結構與維修、放射學維護等課程。實習一年。
（5）麻醉學專業
本專業學制五年，主要培養具備基礎醫學、臨床醫學和現代醫學麻醉學基本理論和能力，能在醫療衛生及科研單位從事臨床麻醉、重症監護（ICU）、疼痛治療、手術治療、手術室護理等方面工作的麻醉醫學高級專門人才。要求學生掌握本專業基礎理論、臨床醫學知識和操作技能，並能運用所學的知識和技能為臨床手術病人提供無痛、安全、良好的手術條件以完成手術治療；能通過所掌握的復甦急救知識和技術，對各種病人，特別是危重急症病人進行急救處理，且具有初步科學研究能力。畢業後可在醫院麻醉、疼痛治療等科室從事醫務、科研及管理工作。
本專業主要開設基礎醫學、臨床醫學的相關課程外，還開設麻醉解剖學、麻醉生理學、麻醉設備學、麻醉藥理學、臨床麻醉學、危重病醫學、疼痛診療等專業課程。實習一年。
2、公共衛生學院
公共衛生學院於2000年正式成立。其前身是安徽醫科大學衛生系。目前已成為集教學、科研為一體，學科門類集中、人才梯隊較為合理，在國內外具有一定影響的公共衛生學院。學院的毒理中心實驗室是安徽省計量認證單位、安徽省食品與健康相關產品認證單位，公開出版發行《疾病控制雜誌》，流行病學與衛生統計學為安徽省重點學科，預防醫學、流行病學為安徽省省級重點課程。目前全院有教授15人，副教授16人，高級實驗師3人，中級職稱20餘人，聘任國內外知名專家學者5人為客座教授，省內著名專家29人為兼職教授、副教授。學院成立以來，發表學術論文800餘篇，學術專著40餘部，主編全國規劃教材一部，參編全國規劃教材5部，二十餘項科研成果獲省級以上獎勵。
幾十年來，學院共培養預防醫學本科畢業生1605人，畢業碩士生70人，絕大多數已成為安徽省各級衛生防疫機構的骨幹，部分畢業生成為國內科研院所、大專院校的學科帶頭人。有120餘人被全國兄弟院校和研究所錄取為博士、碩士研究生。出國深造多人，多名校友已成為國內外具有一定知名度的專家學者或企業家。
(1)預防醫學專業
本專業學制五年，培養德、智、體全面發展的既能適應臨床，又能適應預防保健技術與技能發展的高級專業人才。畢業後能夠勝任疾病控制、衛生防病、衛生監督、職業病防治及科研、教學等方面的工作。通過四年的理論學習和一年的專業實習，熟練掌握醫學基礎知識、相關臨床專業知識和技能、預防保健專業知識和技能。
本專業主要開設基礎醫學、預防醫學、免疫學、內科學、兒科學、傳染病學、皮膚性病學、流行病學、衛生統計學、營養與食品衛生學、兒童青少年衛生學、勞動衛生學、環境衛生學、衛生化學、衛生毒理學、公共衛生監督學、衛生管理學、健康教育等課程。實習一年。
（2）預防醫學（婦幼衛生）專業
本專業學制五年，培養德、智、體全面發展的既能從事臨床（特別是婦產科、兒科）工作，又掌握預防保健專業技術與技能的高級婦幼衛生專業人才。主要從事婦幼保健、計劃生育技術服務、醫學科研、教學等方面工作。通過四年的理論學習和一年的專業實習，熟練掌握醫學基礎知識、相關臨床醫學專業知識和技能、預防專業知識和方法及婦幼衛生專業知識和技能。
本專業主要開設基礎醫學、臨床醫學、預防醫學、遺傳與優生學、人口與計劃生育學、婦幼營養學、兒童保健學、婦女保健學、婦幼衛生管理學、婦幼心理衛生學等課程。實習一年。
（3）臨床醫學（全科醫學）專業
本專業學制五年，培養具備基礎醫學、臨床醫學、預防醫學及全科醫學的基礎理論知識、臨床操作技能、防病保健和衛生宣教技能，能勝任社區衛生服務網絡預防、保健、醫療、康復和健康教育工作的高級專門人才。學生經過規範的學習後要求掌握以下技能：（1）社區常見暫時性健康問題的處理；（2）慢性病的篩查、行為幹預和管理；（3）重點人群的保健；（4）社區健康教育、健康促進；（5）社區診斷、人群死因監測和疾病監測等。學生畢業後能在醫院、疾病控制中心、社區衛生服務中心等單位，從事醫療及預防的教學、科研工作。
本專業主要開設人體解剖學、組織胚胎學、生理學、生物化學、免疫學、病原微生物學、診斷學、內科學、外科學、兒科學、婦產科學、老年醫學、流行病學、衛生統計學、康復醫學、急救醫學、預防醫學、全科醫學概論、健康教育等課程。實習一年。
（4）醫學檢驗專業
本專業學制五年，培養具備基礎醫學、臨床醫學、預防醫學和醫學檢驗等基本理論知識，掌握臨床與衛生檢驗分析、實驗室基本操作技術和技能，能在醫療、衛生防疫、醫學科研機構從事臨床檢驗、衛生檢驗以及其他醫學相關檢驗工作的高級專門人才。通過基礎醫學、臨床醫學、預防醫學和檢驗醫學的基礎理論的學習，能掌握現代醫學檢驗診斷技術，學會運用已學到的理論和方法探討和研究新的分析方法。畢業後在醫院、疾病控制中心、血液中心、血防站、商檢所、技術監督局等醫學及衛生管理機構就業。
本專業主要開設醫用物理學、分析化學、分子生物學及檢驗、有機化學 、儀器分析、醫學統計學、核醫學技術、婦產科學、兒科學、內科學、預防保健學、寄生蟲學和寄生蟲學檢驗、免疫學和免疫學檢驗、微生物學和微生物學檢驗、臨床生物化學和生物化學檢驗、血液學和血液學檢驗、生物材料檢驗、水質檢驗、空氣檢驗、食品理化檢驗等課程。實習一年。
3、口腔醫學院
口腔醫學院前身為上海東南醫學院牙科，1978年籌建口腔系，1984年開始招收口腔醫學專業本科生，是安徽省最早培養口腔醫本科生的基地。1997年設立安徽醫科大學附屬口腔醫院， 2001年口腔系改為口腔醫學院，實現兩院合一，2002年起招收口腔醫學碩士。由一批知名專家構成師資隊伍，目前已發展成為安徽省口腔醫學教學、醫療、科研中心。
（1）口腔醫學專業
本專業學制五年，培養德才兼備、身體健康、能適應口腔醫療、預防、教學、科研工作需要的高級口腔醫學人才。學生在學習基礎醫學和臨床醫學知識及實驗技能的基礎上，掌握口腔常見病、多發病的診治、修復和預防臨床操作技能；具有口腔醫學醫療和科研能力。畢業生主要在醫院口腔科、牙防所和衛生保健機構就業。
本專業主要開設基礎醫學、臨床醫學、口腔修復學、口腔正畸學、口腔解剖生理學、口腔組織病學、口腔材料學、口腔內科學、口腔頜面外科學等課程。實習一年。
4、衛生管理學院
衛生管理學院是我國第一所、也是目前全國規模最大的培養衛生管理專門人才的學院，在國內最早開展衛生事業管理專業的研究生及本、專科教育，建院於1988年，由國家衛生部和安徽省人民政府共同投資建設，時任衛生部部長的陳敏章教授為學院建院題詞："立足華東，面向全國，為培養更多更好的衛生管理人才而努力。"建院十餘年來，學院努力發展中國特色的衛生管理教育，普通教育與成人教育，堅持多方向的衛生管理科學研究，現已發展為集教學、科研和社會服務於一體的多元化的衛生管理學院。中華預防醫學會、衛生事業管理學會、中華預防醫學會初級衛生保健學會等學術機構及《中國農村衛生事業管理》雜誌社等掛靠在學院。
學院承擔並完成了WHO、衛生部及安徽省科技廳、教育廳、衛生廳科研課題20餘項，其中8項獲國家教育部、衛生部和安徽省科技進步一、二、三等獎。在國家級學術刊物上發表學術論文近500篇，並與多所國外大學保持良好的科研協作關係。
（1）公共事業管理（衛生事業管理）專業
本專業學制四年，通過管理知識與技能的系統教育，培養基礎紮實、知識面寬、專業技能強、能適應我國衛生事業改革與發展需要的衛生管理專門人才。主要學習現代衛生管理科學等方面的基本理論和基本知識，接受一般管理方法、管理人員基本素質和基本能力的培養和訓練，初步掌握現代衛生管理理論、技術與方法，能從事公共衛生事業單位的管理工作，具有規劃、協調、組織和決策方面的基本能力。畢業生主要在各級衛生行政部門、醫院業務管理部門和藥品營銷企業就業。
本專業主要開設基礎醫學、臨床醫學相關課程、管理學基礎、衛生事業管理學、領導科學、社會醫學、醫院管理、衛生經濟、流行病學、衛生統計學、計算機應用等30餘門課。實習半年。
（2）公共事業管理（醫療保險）專業
本專業學制四年，通過醫療保險理論與業務技能的系統教育，培養能勝任我國醫療保險事業發展需要的醫療保險經營與管理的專門人才。主要學習現代管理科學的基本理論和基本知識，接受醫療保險管理方法、管理人員基本素質和基本能力的培養和訓練，掌握醫療保險管理理論、技術與方法，能從事醫療保險事業的管理和經營，具有規劃、協調、組織和決策方面的基本能力。學生畢業後主要在社會保障、醫院、大型企事業單位、商業保險公司等部門從事醫療保障的經營與管理工作。
本專業主要開設醫學、管理學、保險精算學、保險會計學、醫療保險原理與方法、人壽保險等近30門課程。實習半年。
（3）公共事業管理（醫藥信息與計算機應用）專業
本專業學制四年，通過醫藥信息科學與計算機應用技術的系統教育，培養能應用計算機技術開發、利用醫藥信息資源，提高醫藥衛生系統管理功效的專門人才。主要學習醫藥信息科學與計算機應用技術以及現代管理理論，接受一般技術開發和管理能力的培養和訓練，能從事醫藥信息技術的開發與管理工作，具有規劃、協調、組織和決策方面的基本能力。學生畢業後主要在醫藥衛生行政、醫藥衛生業務、教學、科研、情報等部門從事醫藥及衛生信息的管理與開發工作。
本專業主要開設基礎醫學、相關臨床醫學課程、公共管理、計算機基礎、管理學、醫藥衛生信息管理、藥事管理、管理信息系統、醫院信息系統等信息學知識；以及程序設計、資料庫系統、軟體工程、計算機網絡等30餘門課程。實習半年。
5、藥學系
藥學系籌建於1998年。1999年在全國率先招收藥學（臨床藥理）本科學生。以我校臨床藥理學科為依託，相繼引進一批藥學相關人才，已形成一支基礎理論紮實，業務精湛，結構分布合理的師資隊伍。擁有博士生導師8名、碩士生導師15名；在課程設置上，以我校優勢專業--臨床醫學為基礎，融藥學專業知識為一體，以培養社會亟需的醫藥複合型高級人才為目的，擁有藥劑、藥物化學、天然藥化、藥理學、藥物分析、藥物毒理學、臨床藥理學、分子藥理學實驗室和研究室。目前承擔國家及省部級科研項目20餘項。
藥學（臨床藥理）專業
本專業學制五年，培養適應我國社會主義現代化建設需要的，德、智、體全面發展的，既能從事臨床藥物治療工作，又能從事臨床藥理學研究的，熟悉藥政法規的高級醫藥人才。要求學生具有較寬的自然科學知識和一定的社會科學知識，掌握醫學基礎、藥學基礎知識、臨床藥理學基本理論和臨床醫學知識，熟悉有關藥政法規，能應用臨床藥理學基本理論從事臨床藥物治療工作和臨床藥理研究。學生的主要就業去向為醫療衛生部門、藥品監督與管理部門、醫藥院校、醫藥科研機構、醫藥企業。
本專業主要開設高等數學、物理學、無機化學、有機化學、物理化學、分析化學、生理學、生物化學、解剖學、組織胚胎學、免疫學、病原生物學、病理學、藥理學、診斷學、內科學、外科學、兒科學、婦產科學、藥物分析化學、植物化學、藥物化學、藥劑學、臨床藥理學等33門臨床及藥學課程。實習一年。
6、護理系
護理系籌建於1998年，擁有一支基礎理論紮實、業務精湛、愛崗敬業的高素質教師隊伍，以教學醫院為依託，以提高教學質量為中心，把理論教學和臨床實踐緊密結合，高水平、高品質地培養護理教育、護理科研、護理管理和臨床護理等行業的專業人才。
護理學專業
本專業學制四年，培養具備人文社會科學、醫學、預防保健的基本知識及護理學的基本理論知識和技能，能在護理領域內從事臨床護理、預防保健、護理管理、護理教學和護理科研的高級專門人才。學生主要學習相關的人文社會科學知識和醫學基礎、預防保健的基本理論知識，以及護理學的基本理論、基本知識和接受臨床護理技能的基本訓練。熟悉國家衛生工作方針、政策及法規；具有一定的科學研究能力；具有對服務對象實施整體護理及社區健康服務的基本能力。畢業生主要在醫院、學校、社區醫療服務機構從事醫務、護理教育和科研工作。
本專業主要開設人體解剖學、生理學、生物化學、生命倫理與法規、臨床營養、護理心理學、藥理學、護理學基礎、人際交流、預防與保健導論、內外科護理學、婦兒科護理學、精神科護理學、老年護理學、文獻檢索、護理管理學等課程。實習一年。
7、基礎醫學院
安徽醫科大學基礎醫學院現有15個教研室、3個校級中心實驗室、1個基礎醫學研究所和1個科技開發公司。目前，有2個省級重點學科：藥理學、病原生物學；3個省級重點課程：人體解剖學、藥理學、人體組織與胚胎學。藥理學專業具有博士學位授予權，生理學等10個專業有碩士學位授予權。
學院師資力量雄厚，擁有一批學術造詣高、治學嚴謹的高級專業技術人才。現有教授22人、副教授（副研究員）38人、高級實驗師12人；有博導3人、碩導31人；具有博士、碩士學位的教師佔63.7%。基本上形成了一支以老專家、教授為學術帶頭人，中青年專家、學者為學科帶頭人和一批青年教師為學術骨幹的師資隊伍。幾年來，學院共承擔國家、省、部委課題30餘項，分別獲得省、部級科技進步獎、自然科學獎等50餘次。
（1）生物技術專業
本專業學制四年，培養具有生命科學的基本理論和較系統的生物技術的基本理論、基本知識和基本技能，能在科研機構從事生命科學研究和醫療衛生、醫藥企事業行政管理部門從事與生物技術有關的應用研究、技術開發、生產管理和行政管理等工作的高級專門人才。
本專業主要開設物理學、化學、生物學、英語、高等數學、生物化學、細胞生物學、微生物學、分子生物學、遺傳學、基因工程、生物工程下遊技術等課程。
（2）基礎醫學專業
本專業學制五年，培養具有自然科學、生命科學和醫學科學基本理論知識和實驗技能，富有創新精神的、能夠在高等醫學院校和醫學科研機構等部門從事基礎醫學各學科的教學、科學研究及基礎與臨床相結合的醫學實驗研究機構工作的醫學高級專門人才。
本專業主要開設人體解剖學、組織胚胎學、細胞生物學、生理學、神經生理學、生物化學與分子生物學、醫學遺傳學、微生物與免疫學、病原生物學、生物醫學實驗技術、英語、計算機、教育學、教育心理學等課程。
8、應用心理學（醫學心理學）專業
本專業學制五年，是心理學與生物學以及醫學等多學科融合的專業。主要培養心理學醫師、神經精神科醫師以及其它與心理學有關的專門人才。設有健康心理學，臨床心理學，認知神經心理學等實驗室。本專業已經獲得安徽省自然科學基金以及安徽省優秀青年科技基金的重點資助，開展記憶及情緒的認知神經機制方面研究。
本專業主要使學生具備基礎醫學，基礎心理學，臨床醫學及醫學心理學紮實的專業基礎知識和一定實踐專業技能，從事認知神經科學的教學研究工作能力，成為能在衛生健康領域從事健康心理學、臨床心理學（含心理諮詢與治療）、社區心理學及認知神經科學等方面臨床，教學、科研工作的的高層次的醫學心理學專門人才。
本專業主要開設生理學、藥理學、生物化學、內科學、外科學、兒科學、婦產科學、診斷學基礎及影像診斷學、神經病學、精神病學、心身醫學、普通心理學、認知神經心理學、社會心理學、健康心理學、人格心理學、臨床心理學、心理測量、心理諮詢與治療等課程。實習一年。
四、專科（高職）專業
臨床醫學（病理檢驗）：
培養目標：培養從事臨床病理與醫學檢驗工作的實用型人才
主幹學科：基礎醫學、臨床醫學、臨床病理學與檢驗技術
主要課程：生理學、病理學與檢驗技術、組織學與切片技術、生物化學與臨床生化檢驗技術、病原生物與免疫學檢驗技術、血液學檢驗、醫學統計學、診斷學、內科學、外科學、婦產科學、計算機基礎與應用
學制年限：三年（專科）
畢業去向：各級醫院病理及檢驗科室
臨床醫學（醫學美容）：
培養目標：培養從事美容醫學的應用型專門人才
主幹學科：基礎醫學、臨床醫學、美容醫學
主要課程：醫學美學概論、形象設計、美容外科學、美容中醫學、皮膚美容學、口腔醫學美容、實用臨床美容技術、外科學、皮膚病學、中醫學、麻醉學
學制年限：三年（專科）
畢業去向：各級各類專科或綜合醫院
護理學：
培養目標：培養適合我國現代化建設需要的德、智、體全面發展的實用性護理人才。
課程設置：三年制護理學（專科）以基礎醫學、臨床醫學、護理學為主幹學科，開設主要課程有英語、計算機、基礎醫學、臨床醫學、護理學基礎、急救護理學、內、外、婦、兒科護理學及其他選修課。
修業年限：三年（專科）
畢業去向：各級醫院從事臨床護理、預防保健、護理管理等工作。
臨床醫學：
培養目標：培養德、智、體全面發展的具有實踐技能的臨床醫學人才。
課程設置：臨床醫學類（專科）開設主要課程有英語、計算機、人體解剖學與生理學、微生物學與免疫學、生物化學、診斷學、內科學、外科學、婦產科學、兒科學等必修課以及其他選修課。
修業年限：三年（專科）
畢業去向：可到各級醫療衛生部門從事醫務工作，就業面較廣。
藥學：
培養目標：培養從事藥物製劑、藥物分析、臨床藥學等方面工作的、德智體全面發展的藥學應用型人才
主幹學科：藥學、化學、藥事管理學
主要課程：有機化學、生物化學、藥物化學、藥劑學、藥理學、藥物分析、藥事管理學、臨床醫學概論
學制年限：三年（專科）
畢業去向：各級各類醫療衛生單位、藥廠、藥檢所等部門
康復醫學
培養目標：培養能從事康復醫療服務的應用型康復人才
主幹課程：基礎醫學、臨床醫學、康復醫學
課程設置：英語、計算機基礎及應用、人體解剖與生理學、微生物學與免疫學、生物化學、診斷學、內科學、外科學、婦產科學、兒科學、運動學、康複評定學、康復療法學、康復工程學、臨床康復學。
學制年限：三年（專科）
畢業去向：各級各類專科或綜合性醫院
醫學檢驗：
培養目標：培養能夠從事臨床檢驗以及衛生檢驗及相關醫學檢驗工作的應用型人才。
主幹課程：基礎醫學、臨床醫學、預防醫學、檢驗技術
課程設置：英語、計算機基礎與應用、無機化學、有機化學、分析化學、生理學、生物化學、藥理學、病理學、診斷學、內科學、預防醫學、寄生蟲學及檢驗、微生物學及檢驗、免疫學及檢驗、臨床生化及檢驗、衛生學及檢驗、衛生毒理學及檢驗。
學制年限：三年（專科）
畢業去向：各級各類醫療衛生服務單位