嬰幼兒腹瀉：取乾淨紗布一塊，摺疊成4-6層置於患兒肚臍處，將藿香正氣水置水中預熱，待藥溫適宜時倒入紗布上，以充盈不溢為度，用塑料布覆蓋紗布後，再用醫用膠布固定，2-3小時後取下，每日2-3次，一般2日即可見效。
暈車暈船：乘坐車、船前，可用藥棉蘸取藿香正氣水敷於肚臍內，也可在乘車前5分鐘口服一支藿香正氣水(兒童酌減)，可預防暈車暈船。
蚊蟲叮咬：夏日若不慎被蚊蟲「侵襲」，可用藿香正氣水外塗患處，半小時左右可減輕或消除瘙癢感。
足癬：將患足用溫水洗淨擦乾，將藿香正氣水塗於足趾間及其他患處，早晚各塗一次，治療期間最好穿透氣性好的棉襪、布鞋，保持足部乾燥，5天為一療程，一般1-2個療程即可見效。
小兒痱子：用藿香正氣水治療小兒痱子，效果較好。可取藿香正氣水1支按比例加涼開水或生理鹽水稀釋，稀釋濃度為：不滿3個月者，藥液與水比例為1：3；4個月-12個月者，藥液與水比例為1：2；超過1歲者，藥液與水比例1：1。用藥之前先用溫水將局部洗淨擦乾，然後用消毒藥棉蘸稀釋後的藥液塗擦患處，每日2-3次。
溼疹：每日用溫水清洗患處後，直接用藿香正氣水外塗患處，每天3-5次，連用3-5天。
慢性蕁麻疹：患者可口服藿香正氣水10毫升，每日3次，連服2周為1療程(若伴有喉頭水腫、休克、發熱者、近2周來曾用過皮質激素治療者以及陰虛火旺者不宜採用此方法)。
外陰瘙癢：外陰瘙癢者，可將藿香正氣水用涼開水稀釋50倍後清洗外陰(男女皆可用)，洗後不但瘙癢等症狀緩解或消失，而且局部有清爽感。
外痔：取藿香正氣水20毫升，加涼開水1000毫升稀釋後，以藥棉擦洗，每日2次，有消炎止痛的作用。
俗話說「是藥三分毒」，藿香正氣水也不例外，個別患者服用本品後出現過敏性皮疹、過敏性休克、過敏性紫癜以及心動過速等不良反應，在此提醒廣大患者使用本藥時注意用藥安全，特別是有過敏體質者，最好在醫生的指導下服用本藥。