手把手教你繪製火山圖與韋恩圖

　　解螺旋公眾號·陪伴你科研的第1793天

　　現在的文章，圖越來越多，也越來越唬人。

　　火山圖（Volcanoplot）是經常出現在晶片、測序等組學結果中用來展示差異表達的基因或蛋白的一種圖片類型，常與熱圖、韋恩圖（Venndiagram）等同時出現。火山圖包含2個重要概念：顯著性與差異表達倍數。

　　顯著性一般設置P

　　-log10（0.05）約等於1.30103，-log2（1.2）約等於0.263。使用R語言可以繪製火山圖，那麼不會R語言的小夥伴該如何繪製出漂亮的火山圖呢？今天給大家分享使用Origin繪製火山圖與韋恩圖的完美攻略。

　　軟體準備

　　使用Origin軟體為2018版：

　　火山圖繪製步驟

　　1. Volcano plot APP下載與安裝

　　進入Origin官網https://www.originlab.com/，點擊APP：

　　Volcano plot APP的安裝，打開Origin2018軟體，將下載好的APP點擊軟體最右側的AddAPPs即可自動安裝，安裝好後在APPs下可見Volcanoplot APP：

　　2. 在Origin軟體中Book1中輸入數據，X1為基因名，X2為Fold Change取log2負對數值，Y軸為P值取log10負對數。

　　3. 選擇所有數據，點擊Volcanoplot APP，進入以下界面：

　　設置P-value閾值為0.05，Fold change為1.2，點擊OK，得到火山圖：

　　本次繪圖數據來自Nat Commun.2017; 8: 14356補充材料，僅用來演示火山圖的繪製，大家也可自行下載進行繪圖練習。繪製出的火山圖只有幾個點變化倍數下調了因此不是太美觀請大家諒解。

　　軟體得到的原始火山圖中，-log10（0.05）約等於1.30103，P值越小Y軸值越大，-log2（1.2）約等於0.263。圖中紅色的點顯示上調，為符合P＜0.05，變化倍數上調1.2倍的差異基因，綠色點顯示下調，但本次數據無符合條件的下調基因。

　　4. 美化火山圖

　　雙擊右上角legend，Text Object中僅留下1,3即表示上調下調的圖標，其餘刪除，點擊OK。

　　得到效果如下：

　　去除圖中多餘的±0.26303數字：

　　滑鼠左鍵選中後，右鍵Delete即可：

　　現在火山圖效果如下：

　　將變化倍數在±1.2倍之間的棕色基因設置為灰色，雙擊數據點，更改符號顏色（Symbol Color）即可：

　　現在火山圖效果如下：

　　-log10（0.05）約等於1.30103，依照文獻中將P-value=0.05，直接雙擊改為P-value

　　還可根據需要調整圖中藍色虛線寬度，方法為直接雙擊後設置。

　　最後在Volcano plot得到的繪製表格中可以獲取有多少基因上調、下調：

　　本次沒有基因表達符合下調閾值，上調基因（Up Regulated）有767個，可使用右側文本工具火山圖中標註：

　　韋恩圖的繪製

　　Origin繪製韋恩圖的方法很簡單，打開Origin後輸入數據：

　　上圖數據A列包含1個元素，B列包含1個元素，共有的只有A和C。選中數據，點擊Volcano plot APP，點擊OK。

　　即可得到漂亮的韋恩圖，調整顏色稍作美化即可：

　　總結

　　Origin繪製火山圖與韋恩圖都非常簡單實用，希望對大家有所幫助，謝謝大家。