R語言學習第6天-boxplot()繪製盒須圖

2021-03-06 小張聊科研

提到盒須圖（也叫箱線圖），諸位應該並不陌生，但要問這盒須圖中的「盒」和「須」所代表的含義，在看的各位可能不全能說出來，或者說理解有偏差，那我們在作圖前就很有必要來看看盒須圖到底該怎麼看。

我們以簡單的data向量繪製一個盒須圖



設h=第三四分位數值-第一四分位數值（h=79-25=54）；

盒形圖最上面的「須」表示數值≤（第三個四分位數值+1.5*h）的最大觀測值，具體來說，79+1.5*54=160，在data中160以下的最大值為99，故對應的值為99，而163和200均超出了160，於是這兩個值便成了所謂的離群值（異常值）；

盒形圖下方的「須」表示≥（第一個四分位數值-1.5*h）的最小的觀測值，對於本例，25-1.5*54=-56，data中大於-56的最小值為10，故下方橫線對應值為10。

不知道你會不會有這樣的疑問，上面那個1.5是怎麼來的，這個，這個……這個是函數默認的值，當然我們也可以修改。

setwd("E:/R-work/R語言學習第6天-boxplot")

trans<-read.table("transcript_exp_log2FPKM.txt",header=T,row.names=1,sep="\t")

下面我們要做的就是圖形的美化，美化所用的參數跟之前講的barplot都很類似

res<-boxplot(trans,col=c("DarkOrange","DarkCyan", "DarkOrchid", "RoyalBlue"),boxwex=0.6,main="boxplot",border="black",ylim=c(0,8),xlab="Sample name",cex.lab=1.2,ylab="log2FPKM",cex.main=1.5,las=1)


數據百度盤下載連結: https://pan.baidu.com/s/1slGOz9r 密碼: 599u

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