至於分化的原因，情況比較複雜，三言二語實在無法概括。首先就天主教與東正教的分化來說，簡單概括，大體有四個主要因素：其一是地理因素；其二是語言文化因素；其三是政治因素；其四是神學因素。
首先，就地理因素而言，其緣於公元4世紀末羅馬皇帝狄奧多西去世時囑咐兩個兒子分管羅馬帝國東西二個區域的舉措。這個方案使得羅馬帝國由此逐步形成兩個獨立的國家——以羅馬為首都的西羅馬帝國和以君士坦丁堡為首都的東羅馬帝國。隨著時間的推移，地理的區分也逐漸影響了各自區域之教會權柄的劃分，西羅馬帝國就逐漸成為以羅馬教區為主的區域（天主教的前身），而東羅馬帝國就逐漸形成以君士坦丁堡教區為主的區域（東正教的前身）。
其二是語言文化因素，由於西羅馬帝國主要以講拉丁語為主，東羅馬帝國主要以講希臘語為主，久而久之，語言的差異就逐漸生發文化和習俗方面的隔閡，這在一定程度上助推了天主教與東正教之間差異的形成。日後分裂時的情形便是：天主教都以拉丁語區域為主，東正教都以希臘語區域為主。
其三是政治因素，原先東西羅馬帝國還比較和諧，無論是政權還是教權基本以西羅馬帝國為首，但自公元476年西羅馬帝國被北方蠻族取締後，這種平衡就逐漸被打破。其典型便是東西方在「普世牧首」上的爭奪。西方教會大體強調「君權神授」，因此儘管西羅馬帝國因覆滅而失去政治威嚴，但西方教會卻在其後的法蘭克王國及神聖羅馬帝國裡一直強調「教權大於皇權」，因此他們認為「普世牧首」始終屬於西方。而東方拜佔庭帝國則由於體現的是「政權大於教權」，因此認為既然東方拜佔庭帝國在政治上已成為羅馬帝國的正統繼承者，那麼君士坦丁堡教區取代羅馬教區成為「普世牧首」似乎合情合理。
其四是神學思想因素。導致西方教會與東方教會最終大分裂並互相把對方驅逐教籍的主要神學問題便是「和子」問題。具體而言就是西方教會在雙方都認可的《尼西亞信經》裡加入了「和子」兩字，此事引起了東方教會強烈的不滿。由此便引發了雙方長達數百年的糾紛，並最終導致1054年的大分裂。東方教會認為西方教會在《信經》裡的「聖靈來自聖父」後加入「和子」——即「聖靈來自聖父和聖子」的做法違背正統的三位一體論，即將導致「聖靈來自二個來源」。而在西方教會看來，插入「和子」固然有做法上的不妥，但卻完全符合正統思想，因為他們認為三位一體是一種愛的關係體，聖靈起到了維繫這一互動關係的功能，因此「聖靈來自聖父和聖子」的說法是沒有錯誤的。期間雙方都譴責對方的舉動極為「不正統」，並互相指責對方為異端行徑，此後經多次磋商無果後，便逐漸走向決裂。
是的，的確如此。追溯天主教與東正教的分裂過程，首先不得不提有關「聖像」崇拜的問題。儘管這個問題發生在公元8-9世紀，但它的發生卻是導致1054東西大分裂的一次重要前奏，其根源就在於東西教會對於聖像問題所持不同神學立場的緣故，西方羅馬教會支持聖像崇拜，東方教會反對聖像崇拜。發生在東方拜佔庭帝國名為「聖像破壞運動」大體分為兩個階段：
第一階段是以拜佔庭帝國皇帝利奧三世（717-741在位）在公元726年頒發的《禁止崇拜偶像法令》為開端至公元780年幼帝君士坦丁六世（780-797年在位）繼位為止；
第二階段是公元815年至公元843年由利奧五世開啟的破壞聖像運動。無疑，這場運動造成了東西教會深深的裂痕，儘管「破壞聖像運動」最終以失敗告終，但這場運動給東西方所造成的疏離感已深入雙方的骨髓。它不僅使得拜佔庭帝國的政權在西方的影響力遭到徹底顛覆，同時也使得羅馬教會在東方的影響力一去不復返。反過來說，西方的神聖羅馬帝國因為這件事從而正式取代了拜佔庭帝國在西方的政治影響力，而東方的君士坦丁堡主教也正式取代了羅馬主教在東方的宗教影響力。
「聖餐問題」亦是東西教會分裂的一個重要神學因素。其實導致雙方在公元1054年最後時刻的決裂原因就是對「聖餐餅」構成的不同看法上：西方教會主張用無酵餅，而東方教會則主張用有酵餅。當時雙方都互不相讓並指責對方違背正統信仰。在東方教會看來，西方教會採用無酵餅的做法違背新約聖經的教導，是遵循舊約猶太人傳統的做法，為此他們稱西方教會為是「無酵派」，並指責其是「半個猶太人和半個外教人」。而在西方教會看來，東方教會採取有酵餅的做法本身就不符合聖經教導，沒有聖經依據。之後鑑於雙方都主張自己擁有最終決斷權，因此使得這一裂痕終於在1054年演化為公開分裂的導火索。
在大決裂前夕，東方教會主教曾寫信譴責西方教會，其中就重點抨擊對方使用「無酵餅」的錯誤做法。作為回應，西方教宗利奧九世則派欽差大使宏伯特、腓特烈、阿馬爾菲三人前往東方君士坦丁堡試圖調解，最終的結果是雙方不僅無法在聖餐問題上取得共識反而互除對方教籍，這種互除對方教籍的「絕罰」就直接導致了1054年的最後大決裂。
當年馬丁路德、加爾文等新教群體之所以要發起宗教改革並最終脫離天主教，也有幾個因素。
首先是神學和教制因素。其實宗教改革一開始既沒有組織發起，也沒有系統思想支撐，它只源起於馬丁路德對一個概念——「上帝的義」（羅馬書1:17節）的重新認識和領悟，即「因信稱義」的教義，這也成為馬丁路德發動宗教改革的根本原因。
路德認為，經過天主教長達一千多年的沉澱，教會的「稱義觀」事實上已形成了兩個條件，即「上帝的恩典」與「人的回應（善行）」。路德反對這種主張，他認為稱義只是人在仰賴上帝恩典的情況下被上帝「歸算」為義的一種狀態。既然義是一種外來的東西，那麼稱義的條件就不需要人做出什麼。
也就是說，稱義不是因為人做了什麼善工而換來「上帝的義」，而是人因信白白領受了「上帝的義」。善行不是人獲取救恩的條件，而是人因信白白得到恩典後的自然流露。繼而，路德認為既然人人可以因信稱義，那麼人人就應該都具有祭司的職分（人人皆祭司），即每位真信徒都可以直接與上帝互動。
鑑於此，路德逐漸認識到天主教諸多在傳統中形成的聖禮要廢棄，應只接受聖餐和洗禮這兩項聖經明確教導的禮儀。同時，路德認為能帶給人類救贖希望的唯有基於耶穌基督通過十字架這一「羞辱」方式所成就的「十架神學」，而不是天主教側重於人類理性、宇宙規律及倫理善行所建構的「榮耀神學」。前者強調認識上帝要基於承認人類徹底敗壞繼而仰賴耶穌十架救贖而成就恩典；後者則強調人類可以通過自由意志、善行功德和理性思辨認識上帝。
其二是政治和民族因素。宗教改革爆發前夕的社會及政治面臨這樣一個局面，就是某些處於「弱勢」的新興貴族群體已不滿於權勢掌握在諸多大諸侯及教會權貴手裡，他們正萌生變革利益格局的願望。要獲取更多的現實利益，則必須打破現有的由各主流諸侯及羅馬教廷主導的利益資源格局，這也使得西歐各領地的部分領主及民眾逐漸產生對教廷的疏離感。
就德意志而言，隨著民族主義意識的強化，某些社會群體也逐漸希望德國能早日形成統一的共同體，以體現德意志民族在整個歐洲的政治實力。
鑑於此，首先需要面對的便是如何打破羅馬教廷及德國教會對德意志在社會資源方面的長期壟斷格局（德國曾被稱為「教皇的乳牛」）：包括德國三分之一的土地資源、十分之二的諸侯勢力、高額的稅收以及因存在買賣聖職及官職腐敗造成的資源流失。這種民族情緒也為馬丁路德的改教創造了有利的政治氣氛，之後德國及歐洲某些諸侯積極支持路德的改教就是一個印證。
那宗教改革以後，基督新教的派系比較多，比如聖公會、浸信會、路德會、長老會、循道會、公理會，這麼多新教的宗派是如何形成的，它們都有哪些特點？
下面我簡單介紹一下這幾個宗派的形成及他們的信仰特點：聖公會：
指16世紀脫離於天主教但又保留諸多天主教色彩的英國國家教會。聖公會在新教中是和天主教差別最少的一個派系，其與天主教的不同僅體現為認同因信稱義、否認教宗權柄及不朝拜聖物和耶穌畫像。它的諸多教會制度及禮儀還是保持天主教的傳統。其影響範圍除了英國本土外，還包括英國殖民地的國家或大英國協國家。它是一個主教制教會，強調自己也是大公教會，強調其與早期教會的連續性。聖公會在全世界各地強調具有共同的教會結構，也非常重視禮儀。
浸信會：
起源可以追溯到17世紀，它代表了宗教改革中較為激進的一派，堅持教會是一個純粹由信仰者構成的群體，強調各教堂獨立，反對政府干預也反對主教制的教會建制。浸信會教會的大本營是在美國，20世紀最著名的新教徒——葛培理——就是浸信會的。
主要特點：堅持以受浸的方式施行洗禮，不贊同嬰兒受洗。在神學上持保守立場，由於非常強調聖經的至高地位，因此在會堂裡就有意調整講臺的設置。浸信會對固定化的禮儀持批評態度，認為這些都是信仰的形式化。
路德會：
它開始於馬丁路德於16世紀20年代在德國教會中的宗教改革。路德會的主要特質，在某種程度上，反映了路德個人在宗教改革上的一些核心主題。路德會今天主要分布在德國、波羅的海沿岸以及美國北部。
主要特徵：重視禮儀，並把它看作與以往歷史的連續性的保證。保留了對聖禮的重視，這一點可追溯到路德本人，而這在新教的其他宗派中可能已經不明顯了。路德宗在神學上的特點表現在奧斯堡信條和協同信條。
長老會：
長老會起源於加爾文，他的神學思想後來形成了改革宗神學，事實上很多的宗派都受改革宗直接影響，而長老會則是全面採用改革宗的宗派。長老會在世界上有廣泛的影響，尤其在歐洲、北美及亞洲的韓國。
主要特徵：大多數改革宗教會都肯定上帝在預定方面的主權，而且特別強調神對於自然和歷史的至高無上主權。在傳統上，改革宗的敬拜非常重視對上帝話語的閱讀和宣講。聖餐禮雖然是有規律的，但不是常常舉行。所強調的是講道，而不是聖禮，這從改革宗周日的常規敬拜中十分明顯地表明出來。改革宗在神學上體現在威斯敏斯特信條中。
循道會：
又稱衛理公會，是英國國教中出現的一個運動，後來形成了獨立的循道會宗派。約翰衛斯理是開創者和早期領袖，早期的循道者特別強調對個人聖潔的渴望，並表現出敬虔和克己的循道生活。總體來說，循道宗主要是建立在世界上講英語的地區，在這方面它與聖公會有相似的情況。
主要特徵：1、循道宗對平信徒特別重視。2、相當重視整合個人信仰和社會行為。3、在神學上被描述為「恩典的樂觀論」。
公理會：
該宗派起源於16世紀的英格蘭，起因是由於一些早期牧者不滿英國國教的教會體制而獨立出來。後來由於受到英國當局的壓制和迫害因此就流入北美，當時乘坐五月花帆船抵達美國的就是這批人。由於該宗獨立出來最主要的原因是不滿主教制的教會體制，因此他們的特徵主要是在教會組織體制上，他們主張教會的各堂點是由會眾組成的獨立教會，教會的事務是由信徒組成的教務會議來管理，牧師由教務會議聘任。該宗的神學觀點接近改革宗。