南方醫科大學位於廣州市，深圳大學位於深圳市，兩座城市都屬於經濟發達城市。其實廣東省內發展也不平衡，只有珠三角地區經濟發達，其他地區經濟實力也不是很強。這兩所學校正好都位於珠三角地區，在廣東省內來講，兩所學校的實力都非常強，所以兩所高校在廣東省知名度極高。
南方醫科大學前身是創建於1951年的東北軍區軍醫學校。之所以建設這所學校，主要是因為當時部隊急需中級醫務幹部，同年全軍第二屆衛生教育會議決定，必須要加大力度培養中級軍醫，因此在齊齊哈爾市，以第二陸軍醫院為基礎，組建了這所學校。換句話說，這所學校是建立在醫院基礎之上的高校，先有醫院，後有學校。
南方醫科大學真正轉折是1958年。這年，南方醫科大學轉交地方管理，並且南方醫科大學由中專升級為高等醫學院校了，原來只是承擔醫療、教學任務，但是這一年徹底改變了，不僅僅要承擔醫療、教學任務，還要進行科研。1962年，南方醫科大學雖然再次回歸軍隊，但是學校級別未變，依舊是本科高校。此後，雖然經過多次搬遷，但是學校整體實力始終在提升，而且受重視程度越來越高。
深圳大學建於1983年，雖然接受多所國內名校援建，並且合併了原深圳師範專科學校，但是學校整體實力並不突出，始終沒有列入全國重點大學行列，這主要是因為深圳大學沒有特別突出的優勢學科所致，而且在國家戰略中影響力並不大。綜合來看，南方醫科大學的實力要勝過深圳大學，雖然深圳大學的規模遠大於南方醫科大學，但是在各自擅長的領域內來講，南方醫科大學的影響力和知名度要明顯高於深圳大學很多。