《機動戰士高達SEED DESTINY》是《機動戰士高達SEED》的續集，描繪「高達SEED」兩年後的世界。《高達SEED》主要設立在「非戰」的主題之上，而《機動戰士高達SEED DESTINY》則是描繪「為何會發生戰爭」這個主題。
在地球聯合軍發動的對中立國家奧布聯合酋長國的侵略中，本作的主角飛鳥真，在逃亡過程中親眼目睹了父母和妹妹的死亡。唯一的遺物，就只有妹妹掉落的手機……獲救之後，背負著仇恨的真黯然離開了故土奧布前往PLANT。兩年後，深受吉爾伯特·迪蘭達爾議長的信任飛鳥真成為了FAITH。
前期的真駕駛著脈衝高達在「軍火庫一號「事件（PLANT三架最新高達被奪走）後作為最新銳戰艦密涅瓦號的戰鬥駕駛轉戰四方。
我們記得真對史戴拉的溫柔，從這一點可以看出真善良和柔軟的一面。但是，當面對曾經救過自己的奧布上校特達嘎，真殘忍暴虐的一面盡顯無遺，他毫不猶豫地揮劍擊毀了御艦雷神。當特達嘎上校被大火吞噬時，畫面又重新切回到當年的情景，特達嘎上校安慰著慟哭的少年時的真·飛鳥…
然而在22話，當密涅瓦號瞄準敵護衛艦群即將開炮時，天空一聲巨響，基神閃亮登場，作為前一部的主角--基拉·大和攜自由高達出現在戰場，Freedom閃現擊中炮臺，救下了護衛艦群。在雙方的對峙下，戰鬥一觸即發，為了護衛卡嘉莉座機，擊沉了多艘敵對高達。初戰便是以驚人的戰鬥力震懾在場所有人。
隨著基拉駕駛自由高達出現在戰場上，飛鳥真的主角光環可謂是被掩蓋了不少，而基拉的上場也讓無數粉絲大呼過癮，而後期的劇情也完全是偏向了上一部的主人公。
真飛鳥和他的脈衝高達都是一路「飆」過來的，中前期有些「醬油」，但中期越衝越勇，直到他顛覆了基拉駕駛的自由高達，「主人公 」的光環終於照在了他的身上；不過誰都沒有想到，換上了命運高達的真飛鳥，才開始離開主人公的道路越來越遠。雖然連續將上一季度的兩個主人公基拉和阿斯蘭給擊落，但是無論誰都沒被真正的打敗，換上新機體的兩人「變本加厲」。
其實真確實是十分的命途多舛，而如同與他的後期座駕命運高達這般有著千絲萬縷的關係，想必命運高達的」命運「二字沒那麼簡單，而他的命運，在最終，終是與阿斯蘭、基拉相約為保衛他們共同的世界而戰。