《重啟之極海聽雷第二季》為阻止賭氣蔓延，不傷及十一倉，吳邪帶領王胖子、張起靈重返南海王宮廟。張起靈用刀割破手，把鮮血塗抹到吳邪、王胖子的臉上，以躲避毒氣襲擊。鮮血只能保護他們十五分鐘，這一去預示著又是有去無回。故事的開頭就是他們三個一起出發尋找吳三省，現在馬上要結束了，又是他們三個一起出發。
王胖子很坦然地笑了笑，他知道自從跟了吳邪，生死早已置之度外，張起靈更是不怕死。為了不讓毒氣散發，吳邪表示先進去再說，出來的事情他再想辦法，反正這種命懸一線的事情又不是第一次幹了。
毒氣橫行，貳京和他的手下均倒地不省人事，屍體橫七豎八躺滿了地宮。吳邪將一盤名為「淨化」的磁帶裝入錄音機，隨著聲音地響起，一道古怪的雷聲穿過耳朵，地上的人像是接收到了什麼指令，成為被控制的殭屍，張牙舞爪向他們三人撲來。
想要結束這一切，必須等待磁帶播放完畢才行，而張起靈的血又不能支撐太久，所以他們必須拖延時間。吳邪帶領二人與殭屍打鬥起來，爆炸聲嘶喊聲打鬥聲交集在一起，場面混亂不堪。
貳京盯上了吳邪，並死死掐住他的脖子，張起靈趕緊用黑金石刀刺穿貳京的脖子，但貳京像是殺不死的怪物，沒有一點兒反映，反過來把張起靈打倒在地，並抽出古刀刺惡狠狠地向吳邪刺去。
白昊天等人將解藥扔出死當區，並通知童主管關閉入口，但奈何毒氣蔓延，眼看十一倉都要受到毒氣侵擾，童主管立馬下令炸毀並封死所有通風口。受到毒氣困擾，白昊天等人無處躲藏跑進076軍車車廂，偌大的車廂破漏不堪，根本沒有辦法抵擋毒氣蔓延，後邊還有蟲霧襲擾，他們決定躲進石棺裡邊。
眼看著吳邪被貳京刺死，張起靈奮不顧身衝上去，說時遲那時快，磁帶播放完畢，聲音停止，貳京竟然失去意識倒地身亡，剛才猙獰的人怪都不省人事。吳邪、王胖子、張起靈靜下心來後不由得笑出聲來，那是勝利者的微笑。同時白昊天等人的危機也解除，整個死當區恢復從前的寧靜。
白昊天等人在死當區的懸崖邊等待吳邪，一連五個小時過去了，仍不見他們上來。長久地等待讓他們懷疑鐵三角出現危險，直到王胖子笑聲傳來，眾人才鬆口氣。看見吳邪後，白昊天忍不住衝上去倆人幸福地抱在一起，這不僅是勝利地興奮，更是對愛情地期盼。所有人也都跟著開始歡呼雀躍，相互擁抱慶祝勝利。
回首往事，不管災難還是幸運都值得被懷念。貳京因為執念太深，自毀人生，他苦苦追尋的寶藏，到頭來就是個笑話。先是被吳三省唾棄，又遭到南海王戲耍，付出許多生命也要得到雷城寶物，可是什麼都沒有。現在又帶人來到南海王宮廟，終於發現了寶貝，還穿上南海王的衣服，裝起王的架勢，裝模作樣的當起王上來，沒想到磁帶早被吳三省做了手腳，讓他發現寶貝，卻沒命花。貪慾容易迷失人心，失去自我，說得就是貳京這種人。
蓮花神器在播放完兩盤磁帶後，自動銷毀，就剩下古銅片，吳邪將他們交給了研究所，繼續發揮他們剩餘價值。吳二白手術非常成功，好好休養很快就能站起來並能說話。吳邪把吳山居交給霍道夫打理，自己想親自照顧二叔，親情在經歷過磨難後，顯得更加珍貴。看著成長起來的吳邪，吳二白也該放心了。
王盟看見霍道夫在管理吳山居，以為吳邪把自己炒魷魚不讓自己幹了，正在鬱悶的時候，沒想到霍道夫拿出合同讓他籤署。他看後，嚎啕大哭起來，原來他保護吳山居，保護二叔有功，吳邪都記在心裡，願意拿出百分之十的股權作為獎勵，讓他成為合伙人。自己的工作和行動被認可，幸福的淚花不由自主就流了下來。不過王盟的哭著實讓人感覺可笑。
霍道夫繼續自己的專長，向醫院申請了實驗室，潛心研究青銅片毒素成分。黑眼鏡去公墓祭拜楚楚，往事一幕幕浮現眼前，後悔自己沒有善待楚楚的愛。楚楚臨死前視頻裡那句我愛你將成為他一輩子的遺憾，正當他沉浸在回憶和傷痛的時候，解雨臣出現，告訴他楚楚未死。
幸福總是來的那麼突然，黑眼鏡愣了一會兒，又開心笑起來，不由得佩服解雨臣，更替楚楚高興。那種失而復得的愛情，總是讓人倍感幸福，也讓他更加佩服解雨臣。
王胖子去學校為飄飄的女兒小梅辦理入學手續，卻被告知必須得親生父親才行，自己和小梅毫不相干，學校憑什麼相信他。經過這麼長時間地接觸，小梅早已認可了王胖子這個後爸，她願意王胖子成為自己法律意義上的監護人，成為真正的爸爸，他們辦了領養手續，父女倆個開始了幸福的生活。
張起靈繼續待在吳山居，經歷了這麼多的波折終於風平浪靜，他和吳邪、王胖子開始一起享受幸福寧靜的生活。現在，這裡又多了白昊天、黑眼鏡、霍道夫等人，他們晚上一起吃燒烤，一起喝酒，相談甚歡，那是一種共同經歷生死的友誼，是發自肺腑地高興。他們還要計劃一起出去旅遊，好好放鬆一下。
一群人在一起歡聲笑語，讓吳邪感慨頗多。從最開始的鐵三角，到現在的一群人，在探尋的路上，他們結下生死友誼，一起面對焦老闆和貳京設置得重重阻礙，最終因為他們的正義和善良，戰勝了貪婪和邪惡。生活正是因為他們地陪伴，才變得有意義，剩下的日子，相信有了他們，將會變得更加豐富多彩。吳邪在故事的最後，寫下了青山不改，綠水長流！