ClinGen變異解讀工作組建議將PP5與BP6從變異解讀指南中移除

2021-03-01 基因檢測與解讀

2015年ACMG和AMP聯合發布了變異位點解讀指南,這份指南被廣泛地應用於全球臨床檢測機構,在提高變異解讀的一致性上起到了重要作用。當然這份指南只是起點,以後可以不斷改進與優化,ClinGen聚焦於為分子診斷的使用提供校準的基因組,其中變異位點解讀工作組(Sequence Variant Interpretation Working Group)的使命就是不斷優化ACMG/AMP解讀指南。工作組會定期地召開會議,深入基層,與臨床檢測各界人士充分溝通,通過這些交流中,工作組認識到在原來的指南中有兩個標準應該被移除。

PP5 「有可靠信譽來源的報告認為該變異為致病的,但證據尚不足以支持進行實驗室獨立評估」。

BP6 「有可靠信譽來源的報告認為該變異為良性的,但證據尚不足以支持進行實驗室獨立評估」。

 

我們強烈認為獲得原始數據要遠遠優於不能獲得原始數據的專家意見。PP5與BP6依賴於別人的結論而不是自己直接評估證據。在2015年這兩個標準還是比較合適的,本意是想讓業界能夠受益於其他臨床實驗室的結果和本地研究資料庫。但是現在ClinVar發展迅速,形勢喜人,截至2018年1月8號,已經對375106個變異有了580831個判斷,其中81%的提交者願意提供判斷依據,因此現在已經沒有必要依賴於沒有原始證據的可靠來源的判斷。

 

第二個支持移除這兩個標準的合理性在於 Sharing Clinical Reports Project,該項目在於收集在過去的十年裡一直不願意分享數據或提交判斷至ClinVar的大商業公司的檢測報告。由於遺傳性乳腺癌和卵巢癌易感等位基因的數據越來越多地來自其他實驗室,這種二級信息的必要性已經下降,這些數據的價值已經退去。

 

最後,我們擔心實驗室將原始數據納入變異評估(例如,功能數據,標準PS3和BP3),同時根據現有分類調用標準PP5和BP6,同一組數據被重複計數,從而被普遍濫用,可能導致分類錯誤。

 

基於以上考慮,我們建議實驗室停止使用標準PP5和BP6。但是,與所有類型的證據一樣,對變體的解釋是臨床檢驗實驗室主任的責任,他們應該對所有證據和數據來源進行說明,而這些建議不應另外解釋。

感謝小彩虹論壇提供素材來源!感謝哈佛大學沈珺老師建議!

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