筆者2000年拿到執業藥師證，2001年停薪留職先後在某醫藥公司（主板上市公司）、某大藥房（主板上市公司）工作過，從駐點執業藥師、門店經理到省區域經理都任過職，現在是一名醫院藥學副主任藥師，在湖南一家三級醫院藥學部工作，所以對執業藥師和醫院藥師的區別很清楚也很有體會。
執業藥師是執業資格，我國執業藥師面向對象主要是社會藥店和製藥企業，是指由國家食藥監部門與國家人社部門共同組織的，經全國執業藥師資格考試(一種從事藥學執業工作的資格準入性考試)，取得《執業藥師資格證書》並經註冊登記取得《執業藥師註冊證》，在藥品生產、經營、使用單位中執業的藥學技術人員。也就是說執業藥師的主管部門是食藥監部門，所以在食藥監部門管理下的製藥企業、醫藥公司、大藥房等單位，執業藥師是很重要的，有些崗位甚至是必須執業藥師。當然對醫院藥師有些崗位也會有選擇適當認可，比如營業員、導購員。
醫院藥師是國家衛計部門組織的職稱考試（分醫院藥學、中藥學和臨床藥學，各省衛計部門負責組織各省的職稱考試），也就是說醫院藥師的主管部門是國家衛計部門，在醫療機構工作的必須報考，是藥學專業技術職稱系列（包括藥士、藥師、主管藥師、副主任藥師和主任藥師）中的一種，主要對象是國家衛計部門下屬的各類醫院藥房，非醫療機構不能報考。在醫院似乎不承認執業藥師，醫院藥房必須是國家衛計部門的藥師以上職稱才可審方發藥。
從上述內容可以知曉，我國衛計部門下的藥學職稱模式和我國食藥監部門下的執業藥師模式目前其實是兩個獨立的系統，希望我國即將出臺的《中華人民共和國藥師法》能協調和明確兩個不同管理部門下的藥師的權益，給全國的各類藥師都帶來福利，為保障人民群眾的安全、合理用藥打下堅實的法律基礎。